287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3757 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3757  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
361 aa  686    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.673917  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4139  prephenate dehydrogenase  82.56 
 
 
348 aa  531  1e-150  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.343894  normal  0.0588335 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0799  Prephenate dehydrogenase  39.93 
 
 
329 aa  170  4e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.253718 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26030  prephenate dehydrogenase  44.35 
 
 
334 aa  149  7e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  36 
 
 
290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  36.12 
 
 
293 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  32.53 
 
 
299 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  36.4 
 
 
364 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3737  Prephenate dehydrogenase  39.36 
 
 
356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0795194 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.14 
 
 
735 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  34.24 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  37.02 
 
 
534 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  35.4 
 
 
294 aa  133  6e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  36.46 
 
 
289 aa  132  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.55 
 
 
746 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.49 
 
 
752 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.55 
 
 
746 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.55 
 
 
746 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  37.97 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.87 
 
 
746 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.43 
 
 
746 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.87 
 
 
746 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06830  prephenate dehydrogenase  35.27 
 
 
379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.397178 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  33.57 
 
 
292 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  36.77 
 
 
535 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4722  prephenate dehydrogenase  35.04 
 
 
292 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  32.48 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.24 
 
 
746 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0968  Prephenate dehydrogenase  43.62 
 
 
331 aa  127  3e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  38.79 
 
 
319 aa  126  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.15 
 
 
311 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  35.23 
 
 
294 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  35.23 
 
 
294 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  35.25 
 
 
286 aa  124  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  32.52 
 
 
292 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  36.24 
 
 
309 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2539  prephenate dehydrogenase  29.66 
 
 
369 aa  124  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.213601  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  35.95 
 
 
302 aa  123  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  36.2 
 
 
290 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  28.78 
 
 
365 aa  122  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4050  Prephenate dehydrogenase  38.92 
 
 
322 aa  122  8e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  36.33 
 
 
285 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5596  prephenate dehydrogenase  46.12 
 
 
325 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  38.31 
 
 
298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  36.05 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3283  prephenate dehydrogenase  35.69 
 
 
298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0269718  normal  0.62503 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 
286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0249  prephenate dehydrogenase  36.95 
 
 
354 aa  119  7e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.524671  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0483  prephenate dehydrogenase  33.76 
 
 
361 aa  119  7e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1349  prephenate dehydrogenase  36.25 
 
 
334 aa  119  7e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000774575  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  39.92 
 
 
364 aa  119  7e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.14 
 
 
742 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  38.82 
 
 
367 aa  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13786  prephenate dehydrogenase  43.18 
 
 
323 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  36.52 
 
 
302 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  34.6 
 
 
293 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  34.6 
 
 
293 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  33 
 
 
310 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  35.83 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2695  prephenate dehydrogenase  29.23 
 
 
366 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1212  prephenate dehydrogenase  37.5 
 
 
314 aa  117  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.827546  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.53 
 
 
310 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  30.71 
 
 
293 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2745  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2954  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.140403  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2954  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.0651000000000002e-25 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 
287 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  33.45 
 
 
292 aa  116  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.8 
 
 
311 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.8 
 
 
311 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2995  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
378 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15809  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  35.82 
 
 
373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2957  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  36.96 
 
 
302 aa  116  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  35.04 
 
 
288 aa  115  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  32.39 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  34.24 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0844  Prephenate dehydrogenase  24.82 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1455  prephenate dehydrogenase  27.17 
 
 
363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2674  prephenate dehydrogenase  28.17 
 
 
366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  36.5 
 
 
298 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  31.62 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1426  prephenate dehydrogenase  27.17 
 
 
363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0236  Prephenate dehydrogenase  39.78 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  29.43 
 
 
367 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.23 
 
 
313 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.43 
 
 
314 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1331  Prephenate dehydrogenase  36.71 
 
 
390 aa  113  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.762233  normal  0.318858 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.45 
 
 
311 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.69 
 
 
307 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  32.97 
 
 
286 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1333  prephenate dehydrogenase  36.47 
 
 
375 aa  113  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000339582  normal  0.134491 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
286 aa  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  35.88 
 
 
288 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  33.88 
 
 
334 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  35.64 
 
 
292 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  31.93 
 
 
293 aa  112  9e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  34.56 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3001  prephenate dehydrogenase  28.52 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000103153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>