More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2800 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3718  lysyl-tRNA synthetase  84.27 
 
 		 498 aa  876    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.448717  normal  0.332972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2800  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 498 aa  1031    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.366635  normal  0.285218 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3420  lysyl-tRNA synthetase  85.54 
 
 		 497 aa  906    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.491262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3856  lysyl-tRNA synthetase  80.92 
 
 		 498 aa  848    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 		 510 aa  480  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 		 491 aa  476  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 		 494 aa  475  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 489 aa  477  1e-133  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  49.69 
 
 		 494 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0116  lysyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 493 aa  474  1e-132  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0354257  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0131  lysyl-tRNA synthetase  49.59 
 
 		 490 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000275305  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  48.57 
 
 		 499 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0156  lysyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 		 495 aa  467  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.033113  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0726  lysyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 		 507 aa  467  9.999999999999999e-131  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0163  lysyl-tRNA synthetase  48.06 
 
 		 488 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000142799  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 		 515 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5232  lysyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 		 499 aa  464  1e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0118491  hitchhiker  0.00000000172197 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0072  lysyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 		 499 aa  464  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000341012  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0553  lysyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 		 515 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0075  lysyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 		 499 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0076  lysyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 499 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0629827  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0072  lysyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 499 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0072  lysyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 499 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.172835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0084  lysyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 		 499 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.016168  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0209  lysyl-tRNA synthetase  48.25 
 
 		 495 aa  458  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000164497  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0076  lysyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 499 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0085  lysyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 499 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000436352 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0072  lysyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 499 aa  458  9.999999999999999e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.407963  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0088  lysyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 		 499 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.863253  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  49.59 
 
 		 498 aa  456  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  47.86 
 
 		 498 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0117  lysyl-tRNA synthetase  47.46 
 
 		 489 aa  452  1.0000000000000001e-126  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000338438  hitchhiker  0.00843463 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0345  lysyl-tRNA synthetase  47.7 
 
 		 573 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0019  lysyl-tRNA synthetase  50.11 
 
 		 494 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00231338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2360  lysyl-tRNA synthetase, class-2  46.14 
 
 		 491 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  48.63 
 
 		 497 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  45.36 
 
 		 499 aa  442  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0856  lysyl-tRNA synthetase  46 
 
 		 573 aa  444  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  46.83 
 
 		 489 aa  444  1e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0007  lysyl-tRNA synthetase  47.54 
 
 		 497 aa  442  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  47.12 
 
 		 499 aa  445  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0883  lysyl-tRNA synthetase  45.8 
 
 		 573 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.158887  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  46.47 
 
 		 491 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  44.85 
 
 		 504 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3150  lysyl-tRNA synthetase  45.51 
 
 		 561 aa  439  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000153086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2415  lysyl-tRNA synthetase  47.37 
 
 		 504 aa  441  9.999999999999999e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0221722 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0628  lysyl-tRNA synthetase  49.77 
 
 		 631 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.350218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1438  lysyl-tRNA synthetase  47.5 
 
 		 501 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16530  lysyl-tRNA synthetase  47.5 
 
 		 501 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.530256  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  48.87 
 
 		 498 aa  437  1e-121  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1118  lysyl-tRNA synthetase  47.74 
 
 		 505 aa  437  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2331  lysyl-tRNA synthetase  46.48 
 
 		 514 aa  436  1e-121  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3296  lysyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 505 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  46.09 
 
 		 505 aa  435  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02722  lysine tRNA synthetase, constitutive  46.12 
 
 		 505 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04000  lysine tRNA synthetase, inducible  45.92 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0802  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 505 aa  435  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000973431  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3862  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3208  lysyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3384  lysyl-tRNA synthetase  44.28 
 
 		 502 aa  432  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3370  lysyl-tRNA synthetase  47.08 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.234173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5645  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3023  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3271  lysyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  46.12 
 
 		 505 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0009  lysyl-tRNA synthetase  48.03 
 
 		 489 aa  432  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00617172  hitchhiker  0.00000378083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  47.22 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3240  lysyl-tRNA synthetase  45.42 
 
 		 494 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000008657  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3898  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3274  lysyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0078  lysyl-tRNA synthetase  47.83 
 
 		 489 aa  434  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00518607  normal  0.367083 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03962  hypothetical protein  45.92 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3049  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 505 aa  435  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4370  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.119358  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4684  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2781  lysyl-tRNA synthetase  46.63 
 
 		 501 aa  432  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2467  lysyl-tRNA synthetase  46.63 
 
 		 501 aa  432  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4180  lysyl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  47.11 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0819  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 505 aa  435  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4598  lysyl-tRNA synthetase  45.71 
 
 		 505 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.221304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 		 505 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3309  lysyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 		 505 aa  434  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.97294  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0836  lysyl-tRNA synthetase  43.98 
 
 		 492 aa  432  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000359337  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2341  lysyl-tRNA synthetase  48.64 
 
 		 508 aa  432  1e-120  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1496  lysyl-tRNA synthetase  46.2 
 
 		 500 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103111  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2354  lysyl-tRNA synthetase  44.99 
 
 		 496 aa  430  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0808673  decreased coverage  0.00196891 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3424  lysyl-tRNA synthetase  44.31 
 
 		 492 aa  431  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1365  lysyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 		 532 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.040149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  46.09 
 
 		 505 aa  431  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2993  lysyl-tRNA synthetase  46.5 
 
 		 501 aa  431  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4121  lysyl-tRNA synthetase  46.11 
 
 		 500 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0757  lysyl-tRNA synthetase  46.07 
 
 		 492 aa  430  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0478688  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0384  lysyl-tRNA synthetase  45.93 
 
 		 509 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.808438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  45.98 
 
 		 505 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3014  lysyl-tRNA synthetase  45.45 
 
 		 503 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.270584  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1034  lysyl-tRNA synthetase  47.44 
 
 		 496 aa  429  1e-119  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4226  lysyl-tRNA synthetase  46 
 
 		 500 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.366371  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>