More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34310 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
324 aa  615  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.16 
 
 
300 aa  323  2e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.04 
 
 
332 aa  298  1e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.83 
 
 
286 aa  294  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.98 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  56.57 
 
 
292 aa  272  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.91 
 
 
286 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.98 
 
 
327 aa  267  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  56.25 
 
 
280 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.16 
 
 
318 aa  266  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
262 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.47 
 
 
280 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.98 
 
 
292 aa  262  6e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  60.07 
 
 
288 aa  261  1e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  54.3 
 
 
282 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.22 
 
 
280 aa  255  7e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.98 
 
 
310 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.13 
 
 
283 aa  246  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  59.35 
 
 
291 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.92 
 
 
296 aa  239  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.95 
 
 
311 aa  239  5.999999999999999e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  55.38 
 
 
305 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.11 
 
 
271 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  55.13 
 
 
300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.12 
 
 
271 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.88 
 
 
284 aa  222  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
304 aa  219  5e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.78 
 
 
359 aa  212  7.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
313 aa  212  9e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  56.54 
 
 
302 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
287 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
298 aa  206  6e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
295 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  43.87 
 
 
867 aa  204  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
287 aa  203  4e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
296 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.04 
 
 
299 aa  200  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.04 
 
 
299 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.04 
 
 
299 aa  200  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
304 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.04 
 
 
299 aa  200  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.04 
 
 
299 aa  200  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.14 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
285 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.32 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.88 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
293 aa  197  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.72 
 
 
287 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
289 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
289 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
289 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  45.58 
 
 
282 aa  195  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.25 
 
 
280 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.64 
 
 
300 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
287 aa  193  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
285 aa  193  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
310 aa  192  5e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 
309 aa  192  6e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
359 aa  192  9e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.65 
 
 
309 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
280 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.15 
 
 
292 aa  191  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
284 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  42.15 
 
 
278 aa  189  5e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.92 
 
 
290 aa  189  7e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
297 aa  188  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
280 aa  188  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.320846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
280 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.54 
 
 
303 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.52 
 
 
290 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
307 aa  187  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.94 
 
 
301 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
285 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
287 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  39.68 
 
 
283 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.54 
 
 
303 aa  187  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.54 
 
 
303 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.54 
 
 
303 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.54 
 
 
303 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
303 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
301 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  38.13 
 
 
300 aa  186  5e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.16 
 
 
303 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
303 aa  186  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  39.16 
 
 
303 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
287 aa  186  6e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
301 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.92 
 
 
301 aa  185  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
301 aa  185  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
280 aa  185  8e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.18 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
299 aa  183  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
258 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>