More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4176 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
286 aa  555  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.2 
 
 
286 aa  541  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.57 
 
 
286 aa  438  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  68.07 
 
 
292 aa  362  4e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.07 
 
 
318 aa  349  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.03 
 
 
284 aa  347  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.03 
 
 
262 aa  343  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.65 
 
 
296 aa  331  7.000000000000001e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  69.29 
 
 
291 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  59.44 
 
 
288 aa  288  7e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.79 
 
 
311 aa  267  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.94 
 
 
332 aa  258  9e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  61.3 
 
 
324 aa  256  3e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.33 
 
 
283 aa  253  3e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.26 
 
 
300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.63 
 
 
271 aa  249  4e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.23 
 
 
282 aa  248  6e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
280 aa  246  4e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  48.85 
 
 
280 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
327 aa  224  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.23 
 
 
280 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.89 
 
 
310 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.69 
 
 
271 aa  203  3e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
289 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
289 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
289 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.95 
 
 
359 aa  199  5e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  47.41 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
313 aa  193  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  49.44 
 
 
300 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.79 
 
 
300 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
312 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
296 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
295 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.24 
 
 
297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
280 aa  189  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
301 aa  189  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
298 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
297 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
297 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.1 
 
 
301 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
299 aa  188  8e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
287 aa  188  9e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
299 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
280 aa  187  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.13 
 
 
300 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
285 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
300 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.26 
 
 
303 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.64 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  38.64 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
297 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.26 
 
 
303 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.26 
 
 
303 aa  186  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
287 aa  186  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.26 
 
 
303 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
303 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
299 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.26 
 
 
303 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
297 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
304 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
297 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  44.4 
 
 
288 aa  186  6e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
301 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
274 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
301 aa  185  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
289 aa  185  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  42.86 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  43.32 
 
 
300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.94 
 
 
301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
298 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.32 
 
 
302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.32 
 
 
302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
310 aa  182  4.0000000000000006e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  43.32 
 
 
302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.32 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.32 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.32 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.32 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  33.92 
 
 
299 aa  182  6e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  33.92 
 
 
299 aa  182  6e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
294 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  33.92 
 
 
299 aa  182  6e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  33.92 
 
 
299 aa  182  6e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  33.92 
 
 
299 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.86 
 
 
303 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.01 
 
 
282 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 
297 aa  181  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.43 
 
 
284 aa  181  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.39 
 
 
295 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
300 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>