More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3090 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 
305 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  90.65 
 
 
310 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  84.75 
 
 
300 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.16 
 
 
327 aa  351  8e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  78.81 
 
 
302 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.9 
 
 
300 aa  245  6e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.5 
 
 
332 aa  240  2e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  55.38 
 
 
324 aa  237  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.32 
 
 
292 aa  237  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
286 aa  229  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.65 
 
 
280 aa  228  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  47.88 
 
 
280 aa  225  9e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  48.03 
 
 
292 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.36 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.36 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.36 
 
 
299 aa  223  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.36 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.36 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.84 
 
 
195 aa  222  6e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.686151  normal  0.454248 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
283 aa  221  8e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
262 aa  219  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.74 
 
 
286 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.95 
 
 
282 aa  216  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
287 aa  216  5e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
286 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
318 aa  205  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
271 aa  204  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  49.6 
 
 
291 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
310 aa  204  1e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
287 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.18 
 
 
280 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
309 aa  202  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  50.82 
 
 
288 aa  200  3e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
285 aa  200  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
296 aa  199  5e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
304 aa  198  7.999999999999999e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
280 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  41.67 
 
 
867 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.32 
 
 
271 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  44.02 
 
 
279 aa  194  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
289 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
359 aa  195  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.98 
 
 
284 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
295 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.7 
 
 
290 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
268 aa  194  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
300 aa  193  3e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
289 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
296 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
289 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
304 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
289 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  40.94 
 
 
299 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
280 aa  189  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
280 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
309 aa  189  5.999999999999999e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.56 
 
 
282 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
304 aa  187  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
308 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
296 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
285 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
313 aa  186  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
301 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.21 
 
 
298 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.21 
 
 
298 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
298 aa  186  5e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.21 
 
 
298 aa  186  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  42.86 
 
 
276 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  42.21 
 
 
298 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
359 aa  186  6e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.21 
 
 
298 aa  186  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
301 aa  186  6e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  42.21 
 
 
298 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
298 aa  185  8e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.19 
 
 
305 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.46 
 
 
282 aa  185  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.39 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.35 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24420  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234365  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
299 aa  182  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
294 aa  182  8.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
294 aa  181  9.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.19 
 
 
304 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.47 
 
 
278 aa  181  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.13 
 
 
284 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.96 
 
 
300 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
301 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
285 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.62 
 
 
321 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  42.19 
 
 
286 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
300 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
299 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.46 
 
 
295 aa  179  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
309 aa  179  4.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>