More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4903 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
262 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.03 
 
 
286 aa  344  8e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.03 
 
 
286 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.5 
 
 
318 aa  333  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  64.5 
 
 
292 aa  330  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.43 
 
 
286 aa  328  5.0000000000000004e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  70.24 
 
 
291 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.25 
 
 
284 aa  289  4e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.88 
 
 
296 aa  288  7e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  63.56 
 
 
288 aa  280  1e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.65 
 
 
300 aa  257  1e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.87 
 
 
311 aa  248  5e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.66 
 
 
271 aa  247  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  48.46 
 
 
282 aa  239  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  48.44 
 
 
280 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.49 
 
 
332 aa  233  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
280 aa  230  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.91 
 
 
292 aa  228  5e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.38 
 
 
324 aa  221  9e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
283 aa  219  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.17 
 
 
280 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.89 
 
 
327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
285 aa  193  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
296 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
285 aa  192  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
280 aa  192  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.33 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.33 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.33 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.33 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.33 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
304 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.68 
 
 
287 aa  191  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
280 aa  191  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
289 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
289 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
344 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
301 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
289 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
287 aa  188  5.999999999999999e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  46.67 
 
 
288 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.89 
 
 
297 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
310 aa  187  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
285 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.41 
 
 
278 aa  186  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
309 aa  186  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
297 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
299 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
297 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
297 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
295 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
294 aa  185  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.95 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  43.88 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
359 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.27 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  43.98 
 
 
300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.05 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
297 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
301 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
280 aa  182  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
297 aa  182  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.27 
 
 
301 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
310 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
300 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 
271 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
304 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
258 aa  180  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  38.74 
 
 
299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.04 
 
 
313 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
301 aa  179  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  40.91 
 
 
300 aa  178  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  45.33 
 
 
300 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.33 
 
 
300 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
300 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  39.82 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.82 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.64 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39.82 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
286 aa  177  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115712  normal  0.273152 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
307 aa  177  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.82 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
308 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
495 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.82 
 
 
298 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
299 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.68 
 
 
321 aa  176  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.13 
 
 
301 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
307 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
301 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
304 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
301 aa  176  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
345 aa  176  4e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.37 
 
 
298 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
302 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>