More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2117 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
286 aa  530  1e-149  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115712  normal  0.273152 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.58 
 
 
287 aa  227  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  49.08 
 
 
278 aa  227  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.98 
 
 
289 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.98 
 
 
289 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
289 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.77 
 
 
290 aa  217  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
297 aa  208  8e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.95 
 
 
304 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.05 
 
 
287 aa  199  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  42.15 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
287 aa  192  5e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
268 aa  192  7e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
285 aa  189  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
282 aa  188  7e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
262 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.78 
 
 
284 aa  186  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
280 aa  186  4e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.47 
 
 
300 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
300 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.43 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.27 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.27 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
304 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
288 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.538661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
280 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
285 aa  182  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.07 
 
 
299 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.07 
 
 
299 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.07 
 
 
299 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
274 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.07 
 
 
299 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.07 
 
 
299 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
285 aa  180  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.27 
 
 
298 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
294 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.68 
 
 
292 aa  179  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.93 
 
 
321 aa  179  5.999999999999999e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.29 
 
 
298 aa  178  9e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  38.29 
 
 
298 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  38.29 
 
 
298 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.29 
 
 
298 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.29 
 
 
298 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
309 aa  177  2e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.25 
 
 
279 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.84 
 
 
298 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.91 
 
 
298 aa  176  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
286 aa  176  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
300 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
300 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
303 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
310 aa  176  5e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.06 
 
 
294 aa  176  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
278 aa  176  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  44.81 
 
 
276 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
302 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
305 aa  175  7e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.48 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.14 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12200  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.42 
 
 
289 aa  174  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
286 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  40 
 
 
298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.77 
 
 
282 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
284 aa  172  5e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
291 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
285 aa  172  5e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  39.84 
 
 
867 aa  172  5e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  40.95 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.44 
 
 
282 aa  172  7.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
293 aa  172  7.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
286 aa  172  7.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.23 
 
 
289 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.05 
 
 
324 aa  171  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
304 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
327 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
322 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.79 
 
 
290 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.5 
 
 
293 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
289 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
300 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.4 
 
 
285 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
300 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
283 aa  169  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.18 
 
 
295 aa  168  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>