More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0426 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
288 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.538661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.22 
 
 
288 aa  530  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.82 
 
 
287 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.04 
 
 
303 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.37 
 
 
304 aa  224  1e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  50.45 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24420  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
290 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234365  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
296 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.09 
 
 
290 aa  199  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  43.89 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.27 
 
 
278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
297 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
286 aa  194  1e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115712  normal  0.273152 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
287 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
309 aa  191  9e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
289 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
289 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
289 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
287 aa  188  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
280 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
287 aa  186  4e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12200  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.28 
 
 
289 aa  185  7e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
286 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
304 aa  182  7e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
285 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
280 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.85 
 
 
299 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.85 
 
 
299 aa  179  4e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
299 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.85 
 
 
299 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.85 
 
 
299 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.85 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
287 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.36 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
285 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.26 
 
 
282 aa  177  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.01 
 
 
299 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1099  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.15 
 
 
277 aa  178  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
268 aa  177  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
286 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
285 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
296 aa  176  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.01 
 
 
288 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
297 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
359 aa  176  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
277 aa  175  6e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
359 aa  175  9e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
278 aa  175  9e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.94 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.91 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.43 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
262 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.77 
 
 
297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
297 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
297 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.08 
 
 
282 aa  172  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
303 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
294 aa  172  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.43 
 
 
303 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.43 
 
 
303 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
292 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000142566  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.43 
 
 
303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.43 
 
 
303 aa  171  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.06 
 
 
303 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
303 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  36.06 
 
 
303 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
301 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 
285 aa  170  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  36.86 
 
 
303 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  36.86 
 
 
303 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
274 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
297 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
301 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
297 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  36.86 
 
 
303 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  36.86 
 
 
303 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  36.86 
 
 
303 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
301 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
286 aa  170  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.87 
 
 
310 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
310 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  35.21 
 
 
299 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
292 aa  169  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
299 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.45 
 
 
292 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.45 
 
 
324 aa  169  6e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
302 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
302 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
302 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 
302 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
295 aa  168  8e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
313 aa  168  9e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
299 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  36.13 
 
 
302 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>