More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12200 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_12200  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
289 aa  540  9.999999999999999e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  50.19 
 
 
299 aa  245  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.44 
 
 
285 aa  243  3e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.12 
 
 
287 aa  216  5e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  51.52 
 
 
287 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 
304 aa  205  9e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
288 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.538661  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.53 
 
 
278 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
288 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
310 aa  196  3e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
296 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.93 
 
 
287 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
359 aa  192  4e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
280 aa  192  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
289 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
285 aa  190  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
280 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.26 
 
 
283 aa  188  8e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.49 
 
 
290 aa  188  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.71 
 
 
299 aa  187  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.71 
 
 
299 aa  187  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  35.71 
 
 
299 aa  187  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.71 
 
 
299 aa  187  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.71 
 
 
299 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  38.64 
 
 
283 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  38.15 
 
 
283 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.64 
 
 
283 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37 
 
 
283 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
285 aa  186  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  37 
 
 
283 aa  185  9e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.02 
 
 
282 aa  185  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1099  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.08 
 
 
277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.26 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.92 
 
 
290 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24420  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
290 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234365  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
303 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115712  normal  0.273152 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.67 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  43.67 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.99 
 
 
284 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
280 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
304 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40 
 
 
282 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.99 
 
 
282 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
287 aa  180  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.37 
 
 
301 aa  180  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.46 
 
 
287 aa  179  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.57 
 
 
303 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  44.16 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
309 aa  179  4.999999999999999e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
302 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
301 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
294 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
299 aa  178  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
301 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
292 aa  178  9e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.57 
 
 
303 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.93 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
268 aa  177  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  39.93 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.57 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
301 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
292 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000142566  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.57 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.57 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
359 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  42.06 
 
 
299 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
262 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
303 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  176  5e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
299 aa  176  6e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.82 
 
 
279 aa  175  7e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
313 aa  175  7e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.68 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  37.68 
 
 
867 aa  174  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.72 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.44 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.68 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.805329  normal  0.0512458 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.46 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  37.4 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>