More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5182 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
282 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  81.16 
 
 
280 aa  441  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75 
 
 
280 aa  395  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.29 
 
 
283 aa  342  5e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.23 
 
 
286 aa  246  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.23 
 
 
286 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.46 
 
 
262 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.24 
 
 
292 aa  235  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.52 
 
 
318 aa  234  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.03 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.96 
 
 
300 aa  229  3e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  56.28 
 
 
324 aa  223  3e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.58 
 
 
286 aa  222  7e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  50.78 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  51.94 
 
 
288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 
296 aa  211  7.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
280 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.63 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.94 
 
 
311 aa  196  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.88 
 
 
310 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.95 
 
 
271 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.42 
 
 
271 aa  190  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  47.44 
 
 
305 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
292 aa  186  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  48.74 
 
 
300 aa  185  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
310 aa  181  1e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
298 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.19 
 
 
306 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
268 aa  170  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
280 aa  170  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
313 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
287 aa  170  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
298 aa  169  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.72 
 
 
298 aa  168  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  34.72 
 
 
298 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  34.72 
 
 
298 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.72 
 
 
298 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  49.01 
 
 
302 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.72 
 
 
298 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.25 
 
 
278 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
280 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.71 
 
 
289 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.72 
 
 
298 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.34 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 
298 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
295 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.34 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
304 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.65 
 
 
299 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  34.65 
 
 
299 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  37.22 
 
 
276 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.65 
 
 
299 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
309 aa  163  3e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  38.46 
 
 
299 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  34.65 
 
 
299 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  34.65 
 
 
299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  33.71 
 
 
295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  38.8 
 
 
299 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.91 
 
 
303 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
294 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
301 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.07 
 
 
300 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
301 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.72 
 
 
294 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.36 
 
 
290 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
311 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
304 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
294 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249945  normal  0.298261 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.81 
 
 
282 aa  159  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
286 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115712  normal  0.273152 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.91 
 
 
303 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.91 
 
 
303 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
297 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.56 
 
 
258 aa  159  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
303 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.91 
 
 
303 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.91 
 
 
303 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.45 
 
 
303 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
303 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  39.45 
 
 
303 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
289 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
289 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.61 
 
 
301 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
304 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  38.99 
 
 
303 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24420  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
290 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234365  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  38.99 
 
 
303 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
300 aa  157  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
298 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
304 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  38.99 
 
 
303 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  38.99 
 
 
303 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>