More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2661 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
280 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.47 
 
 
300 aa  271  6e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  58.9 
 
 
324 aa  251  7e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.97 
 
 
332 aa  246  2e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
286 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.63 
 
 
262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.94 
 
 
318 aa  231  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.23 
 
 
286 aa  230  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.96 
 
 
282 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.56 
 
 
286 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  48.05 
 
 
280 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  50.39 
 
 
292 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.87 
 
 
288 aa  223  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.78 
 
 
327 aa  219  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
280 aa  212  3.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
283 aa  212  7e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.87 
 
 
296 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  52.87 
 
 
291 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.29 
 
 
310 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.72 
 
 
271 aa  202  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  49.57 
 
 
305 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.43 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.85 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  49.17 
 
 
300 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
304 aa  189  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
268 aa  189  4e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.16 
 
 
271 aa  186  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
297 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
296 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
295 aa  185  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
283 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
280 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
313 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  40.97 
 
 
867 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.69 
 
 
282 aa  180  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
359 aa  181  2e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
301 aa  180  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
280 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.59 
 
 
287 aa  179  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
280 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.39 
 
 
284 aa  176  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
307 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
307 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  34.26 
 
 
299 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.26 
 
 
299 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  34.26 
 
 
299 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.26 
 
 
299 aa  176  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
285 aa  176  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
300 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  34.26 
 
 
299 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
359 aa  175  7e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
289 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
289 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
289 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
300 aa  175  9e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
309 aa  175  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
304 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  52.29 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.44 
 
 
290 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.69 
 
 
290 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
310 aa  171  9e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  36.08 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  36.08 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
300 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.01 
 
 
303 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.08 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.08 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.08 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
298 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
300 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.08 
 
 
298 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
285 aa  169  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  37.25 
 
 
301 aa  170  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
303 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
293 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  35.69 
 
 
298 aa  169  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
301 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.01 
 
 
303 aa  169  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.01 
 
 
303 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.01 
 
 
303 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.01 
 
 
303 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
258 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.01 
 
 
303 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
303 aa  169  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
303 aa  169  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  37.01 
 
 
303 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
299 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
285 aa  168  9e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
363 aa  168  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
289 aa  168  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.78 
 
 
282 aa  168  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  36.12 
 
 
301 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
299 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
280 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
303 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>