More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3221 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 302 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  77.4 
 
 		 310 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  76.39 
 
 		 305 aa  384  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  77.78 
 
 		 300 aa  360  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.43 
 
 		 327 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.94 
 
 		 324 aa  238  8e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 		 292 aa  233  3e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.52 
 
 		 332 aa  231  8.000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 		 286 aa  230  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.85 
 
 		 283 aa  225  7e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.16 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.16 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.16 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.16 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.16 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49 
 
 		 280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 		 286 aa  219  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  49.23 
 
 		 280 aa  219  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.89 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 		 262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.01 
 
 		 282 aa  216  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.84 
 
 		 195 aa  215  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.686151  normal  0.454248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.73 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.79 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 		 287 aa  208  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 		 286 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.89 
 
 		 280 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.33 
 
 		 271 aa  203  3e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 		 268 aa  198  9e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 		 280 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 		 280 aa  196  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.21 
 
 		 271 aa  195  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  41.9 
 
 		 867 aa  195  8.000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.91 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  49.04 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.8 
 
 		 284 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  42.13 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.58 
 
 		 282 aa  189  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 359 aa  189  4e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.29 
 
 		 298 aa  188  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 		 280 aa  188  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  39.29 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39.29 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.29 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.29 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24420  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234365  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.63 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0192  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0198  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.955086  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  41.22 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  48.16 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.93 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.21 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 		 359 aa  186  3e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  43.18 
 
 		 276 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  40.7 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.41 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.4 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 		 285 aa  186  6e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  49.33 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.58 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  46.98 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>