More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7173 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
292 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.42 
 
 
286 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.52 
 
 
286 aa  365  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
286 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.5 
 
 
262 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.32 
 
 
318 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.09 
 
 
284 aa  308  8e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  69.2 
 
 
291 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.05 
 
 
296 aa  298  7e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  61.62 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.42 
 
 
300 aa  265  5e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.27 
 
 
311 aa  257  1e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.85 
 
 
271 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  50.19 
 
 
280 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.13 
 
 
283 aa  245  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.38 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.24 
 
 
282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  60 
 
 
324 aa  242  7e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
280 aa  241  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
327 aa  239  5e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.85 
 
 
292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.25 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.1 
 
 
310 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  48.03 
 
 
305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.74 
 
 
271 aa  202  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  49.04 
 
 
300 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
304 aa  190  2e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
287 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
310 aa  186  6e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
295 aa  185  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
359 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
280 aa  180  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
307 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
301 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
286 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  47.89 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
289 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
289 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
289 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
307 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
258 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.08 
 
 
310 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  40.47 
 
 
278 aa  175  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
301 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.46 
 
 
300 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
300 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.33 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
280 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.47 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
298 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.26 
 
 
303 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  38.18 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.18 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.55 
 
 
284 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
280 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
287 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.18 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
300 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
287 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.18 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
299 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  38.18 
 
 
298 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.18 
 
 
298 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
310 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
294 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
301 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
299 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.83 
 
 
301 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40.98 
 
 
301 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
304 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.82 
 
 
298 aa  169  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
313 aa  169  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  39.39 
 
 
299 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.73 
 
 
304 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  33.45 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  33.45 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  33.45 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  38.4 
 
 
286 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  33.45 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  33.45 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
300 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
294 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
285 aa  169  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  34.88 
 
 
303 aa  168  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
294 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
303 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
297 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  38.28 
 
 
297 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
303 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.33 
 
 
301 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.35 
 
 
325 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
296 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
300 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  34.88 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>