More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4852 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4852  putative ABC transporter (permease protein)  100 
 
 
291 aa  560  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.655706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.4 
 
 
286 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73 
 
 
318 aa  359  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.88 
 
 
262 aa  357  9.999999999999999e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.97 
 
 
286 aa  350  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7173  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  69.35 
 
 
292 aa  348  9e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.68 
 
 
286 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3155  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.59 
 
 
296 aa  302  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.18 
 
 
284 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296749  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05570  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  61.73 
 
 
288 aa  285  5.999999999999999e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0453011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
300 aa  273  4.0000000000000004e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517971  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.78 
 
 
271 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.569103 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.65 
 
 
332 aa  260  2e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.38 
 
 
311 aa  258  8e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5182  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.35 
 
 
282 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
280 aa  247  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34310  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  60.43 
 
 
324 aa  245  6e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4834  putative ABC transporter (permease protein)  49.05 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.521749 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.08 
 
 
292 aa  242  5e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.71 
 
 
283 aa  232  5e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000192809 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 
327 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.75 
 
 
280 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.884705  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.27 
 
 
304 aa  216  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3090  nickel ABC transporter, permease protein, putative  47.89 
 
 
305 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0450964  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2960  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.76 
 
 
310 aa  211  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
271 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0815898 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.68 
 
 
278 aa  199  7e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18690  ABC transporter, inner membrane permease component  50.78 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0807103  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
359 aa  193  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
287 aa  189  4e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
289 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
289 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
289 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
287 aa  185  7e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
285 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.66 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
296 aa  183  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
310 aa  182  4.0000000000000006e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.81 
 
 
299 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  34.81 
 
 
299 aa  181  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  34.81 
 
 
299 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.02 
 
 
285 aa  180  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
297 aa  181  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  34.81 
 
 
299 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.81 
 
 
299 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.16 
 
 
287 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.98 
 
 
298 aa  178  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  38.97 
 
 
302 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  38.97 
 
 
302 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
302 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
298 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.56 
 
 
298 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  37.13 
 
 
297 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.74 
 
 
284 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  38.56 
 
 
298 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.56 
 
 
298 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
280 aa  176  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.56 
 
 
298 aa  176  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.67 
 
 
300 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  38.56 
 
 
298 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  37.31 
 
 
304 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
297 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
297 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  40.08 
 
 
286 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.57 
 
 
290 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.2 
 
 
282 aa  176  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
308 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
301 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
283 aa  176  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.292218  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
280 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
298 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
299 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.14 
 
 
298 aa  175  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
299 aa  175  8e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
300 aa  175  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
297 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.5 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  36.16 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3221  ABC transporter, permease protein  48.24 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  36.53 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.23 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.9 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  36.9 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.49 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.81 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>