More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0403 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
363 aa  729    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.47 
 
 
381 aa  386  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04845  oligopeptide ABC transporter permease  51.78 
 
 
368 aa  377  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279335  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2180  oligopeptide ABC transporter, permease  42.79 
 
 
412 aa  291  2e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0605837  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
495 aa  219  7.999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
497 aa  212  7.999999999999999e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 
309 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
496 aa  207  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
301 aa  206  7e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.23 
 
 
473 aa  202  5e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  48.43 
 
 
288 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.63 
 
 
479 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
485 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.18 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
494 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.98 
 
 
258 aa  197  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
274 aa  195  9e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.25 
 
 
287 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.21 
 
 
284 aa  193  4e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  44.39 
 
 
293 aa  193  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
280 aa  192  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
285 aa  192  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
280 aa  192  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
318 aa  191  1e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
299 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
285 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.48 
 
 
302 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.85 
 
 
288 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.75 
 
 
282 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.01 
 
 
376 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.161422  normal  0.279284 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
278 aa  190  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
542 aa  189  9e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.74 
 
 
294 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  43.5 
 
 
284 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
300 aa  186  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
313 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0337  oligopeptide transport system permease protein OppC  33.06 
 
 
349 aa  186  5e-46  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0317514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
301 aa  185  9e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  42.99 
 
 
867 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1077  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
273 aa  184  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
299 aa  183  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  44.78 
 
 
301 aa  184  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
291 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
280 aa  184  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
284 aa  184  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.5 
 
 
293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.79 
 
 
285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
305 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.24 
 
 
379 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1403  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  33.52 
 
 
373 aa  182  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
291 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
310 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.59 
 
 
301 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.99 
 
 
317 aa  182  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
280 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
340 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.93 
 
 
277 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  33.98 
 
 
341 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
379 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.750131  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  41.37 
 
 
300 aa  180  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
284 aa  179  4.999999999999999e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
293 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
290 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.48 
 
 
283 aa  179  8e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.8 
 
 
309 aa  179  8e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
353 aa  179  9e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.28935  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
300 aa  179  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.48 
 
 
283 aa  178  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  41.48 
 
 
283 aa  178  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
283 aa  178  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
294 aa  178  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
377 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0465  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.88 
 
 
386 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0535  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.88 
 
 
386 aa  178  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  41.48 
 
 
283 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  41.48 
 
 
283 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
293 aa  177  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
316 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  41.48 
 
 
283 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.48 
 
 
283 aa  178  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.48 
 
 
283 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
303 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
299 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4454  opine ABC transporter, permease protein, putative  44.26 
 
 
290 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000504442 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
300 aa  177  4e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
286 aa  176  5e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
300 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
379 aa  176  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
303 aa  176  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  42.5 
 
 
304 aa  176  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  42.5 
 
 
304 aa  176  7e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>