More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1041 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
381 aa  769    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04845  oligopeptide ABC transporter permease  48.16 
 
 
368 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279335  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.47 
 
 
363 aa  374  1e-102  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.29649 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2180  oligopeptide ABC transporter, permease  44.5 
 
 
412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0605837  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.22 
 
 
307 aa  222  8e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  35.92 
 
 
479 aa  219  6e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 
497 aa  218  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.01 
 
 
494 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
495 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
496 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
304 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
485 aa  208  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  32.74 
 
 
473 aa  205  9e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.11 
 
 
284 aa  202  7e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
285 aa  202  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
274 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  47.73 
 
 
288 aa  201  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
301 aa  199  7.999999999999999e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.27 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
309 aa  196  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
280 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
285 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  42.67 
 
 
282 aa  193  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
280 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
299 aa  192  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
293 aa  192  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
284 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
278 aa  190  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
300 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
312 aa  189  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
258 aa  189  7e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
294 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
293 aa  188  1e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
287 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
280 aa  188  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
296 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  46.33 
 
 
299 aa  187  3e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  46.33 
 
 
299 aa  187  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  46.33 
 
 
299 aa  187  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  46.33 
 
 
299 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  46.33 
 
 
299 aa  187  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  44.34 
 
 
284 aa  187  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
298 aa  187  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.5 
 
 
293 aa  186  5e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  43.78 
 
 
300 aa  186  6e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
310 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  45.25 
 
 
867 aa  186  7e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.26 
 
 
317 aa  186  7e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
542 aa  184  2.0000000000000003e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  43.12 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
344 aa  184  3e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.73 
 
 
290 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.71 
 
 
277 aa  183  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.85 
 
 
302 aa  182  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
345 aa  182  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.1 
 
 
288 aa  182  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
294 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
302 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.89 
 
 
325 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.11 
 
 
289 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
273 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.42 
 
 
364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.853093  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
309 aa  180  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
379 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0337  oligopeptide transport system permease protein OppC  28.61 
 
 
349 aa  179  4.999999999999999e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0317514  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
313 aa  179  4.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
359 aa  179  8e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
340 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.74 
 
 
300 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.25 
 
 
360 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.390668  normal  0.152299 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
301 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.54 
 
 
305 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
291 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
300 aa  177  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.44 
 
 
301 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.44 
 
 
300 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.58 
 
 
301 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
300 aa  177  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
291 aa  177  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
301 aa  177  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.79 
 
 
300 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
300 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
285 aa  176  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.614915  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
301 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.36 
 
 
279 aa  176  5e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
301 aa  176  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
379 aa  176  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.750131  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 
292 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
299 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 
305 aa  176  8e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
300 aa  176  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  42.66 
 
 
299 aa  175  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.58 
 
 
299 aa  175  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.44 
 
 
303 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>