114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3052 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3052  carotenoid oxygenase  100 
 
 		 515 aa  1067    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1244  carotenoid oxygenase  51.68 
 
 		 556 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0442261  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1288  carotenoid oxygenase  51.51 
 
 		 554 aa  561  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.528505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1322  carotenoid oxygenase  51.33 
 
 		 556 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487019 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3066  Carotenoid oxygenase  50.97 
 
 		 558 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.061004  hitchhiker  0.0000000132751 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  34.83 
 
 		 508 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  34.83 
 
 		 508 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  33.46 
 
 		 520 aa  296  5e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  34.15 
 
 		 499 aa  284  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  32.54 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  26.27 
 
 		 486 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  27.22 
 
 		 464 aa  161  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3688  carotenoid oxygenase  26.63 
 
 		 485 aa  158  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  27.64 
 
 		 467 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  26.46 
 
 		 517 aa  157  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  25.58 
 
 		 509 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  27.54 
 
 		 467 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  30.93 
 
 		 467 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  27.31 
 
 		 468 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  27.31 
 
 		 468 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  26.85 
 
 		 467 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  28.8 
 
 		 514 aa  152  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5321  Carotenoid oxygenase  26.67 
 
 		 477 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  26.18 
 
 		 472 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.123356 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  26.86 
 
 		 488 aa  149  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  27.62 
 
 		 495 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  26.55 
 
 		 467 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  27.41 
 
 		 495 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  29.49 
 
 		 491 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  28.18 
 
 		 477 aa  143  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  27.18 
 
 		 493 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  27.13 
 
 		 489 aa  140  6e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  27.56 
 
 		 501 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  26.69 
 
 		 463 aa  139  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  26.45 
 
 		 489 aa  138  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  26.78 
 
 		 765 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  26.4 
 
 		 460 aa  136  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  24.85 
 
 		 470 aa  134  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  25.89 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  26.11 
 
 		 478 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  25.39 
 
 		 507 aa  131  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  25.2 
 
 		 502 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  25.97 
 
 		 464 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  25.57 
 
 		 494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  24.91 
 
 		 487 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  25.72 
 
 		 495 aa  127  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  25.76 
 
 		 494 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  25 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  24.58 
 
 		 488 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  25.1 
 
 		 497 aa  124  5e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  26.26 
 
 		 481 aa  123  7e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0091  Carotenoid oxygenase  24.53 
 
 		 477 aa  123  9e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.848261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  24.9 
 
 		 497 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  23.22 
 
 		 470 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  23.73 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  25.1 
 
 		 488 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  25.93 
 
 		 483 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28795  predicted protein  24.03 
 
 		 556 aa  120  6e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.813535  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  24.3 
 
 		 495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  23.61 
 
 		 481 aa  114  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  24.09 
 
 		 494 aa  113  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4083  Carotenoid oxygenase  21.95 
 
 		 472 aa  99.4  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  22.33 
 
 		 533 aa  98.6  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.990452 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  24.21 
 
 		 459 aa  98.2  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  23.75 
 
 		 444 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  25.16 
 
 		 451 aa  95.1  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  25.16 
 
 		 451 aa  95.1  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  24.95 
 
 		 451 aa  92  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  22.75 
 
 		 464 aa  91.3  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  23.28 
 
 		 441 aa  90.9  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  23.59 
 
 		 555 aa  89  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2809  carotenoid oxygenase  27.4 
 
 		 497 aa  89  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.220593  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  22.33 
 
 		 466 aa  88.6  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  22.67 
 
 		 496 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  22.67 
 
 		 496 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  22.67 
 
 		 496 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_4021  predicted protein  36.09 
 
 		 163 aa  86.7  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.274127  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  23.82 
 
 		 914 aa  82.4  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  28.25 
 
 		 480 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.457029 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  23.69 
 
 		 502 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  23.29 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  21.49 
 
 		 473 aa  79.7  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1008  carotenoid oxygenase  22.61 
 
 		 498 aa  77  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0158946  normal  0.495511 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86865  predicted protein  31.55 
 
 		 554 aa  77  0.0000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.241734 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  27.4 
 
 		 480 aa  76.6  0.0000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  28.24 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  23.03 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1272  carotenoid oxygenase  24.31 
 
 		 487 aa  74.3  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261404  hitchhiker  0.00803245 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43490  predicted protein  23.22 
 
 		 630 aa  73.2  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.416955  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_48352  predicted protein  21.14 
 
 		 551 aa  72.8  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1807  carotenoid oxygenase  22.96 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.581411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  21.19 
 
 		 479 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  20.72 
 
 		 469 aa  69.7  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4940  carotenoid oxygenase  20.95 
 
 		 537 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.97423  normal  0.0157069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10667  dioxygenase  25.11 
 
 		 501 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.181912  normal  0.435726 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48408  predicted protein  22.32 
 
 		 577 aa  67  0.0000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  22.25 
 
 		 480 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43374  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  22.12 
 
 		 617 aa  64.7  0.000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0989754  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  21.4 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  20.63 
 
 		 443 aa  62  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>