120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1216 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  100 
 
 		 467 aa  959    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  75.38 
 
 		 467 aa  717    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  95.72 
 
 		 467 aa  921    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  71.87 
 
 		 467 aa  678    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  91.22 
 
 		 467 aa  889    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  54.68 
 
 		 478 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  52.08 
 
 		 460 aa  455  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  46.71 
 
 		 477 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  39.43 
 
 		 463 aa  322  9.999999999999999e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  35.32 
 
 		 488 aa  292  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  35.89 
 
 		 494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  35.42 
 
 		 464 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  37.09 
 
 		 464 aa  279  9e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  37.47 
 
 		 765 aa  276  5e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  39.35 
 
 		 451 aa  269  8.999999999999999e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  39.44 
 
 		 444 aa  266  7e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  38.56 
 
 		 451 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  38.56 
 
 		 451 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  39.09 
 
 		 459 aa  257  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  37.88 
 
 		 480 aa  256  5e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.457029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  35.09 
 
 		 479 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  35.65 
 
 		 483 aa  243  5e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  36.6 
 
 		 480 aa  237  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0281  carotenoid oxygenase  36.42 
 
 		 445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.772775  hitchhiker  0.000581153 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2806  carotenoid oxygenase  36.99 
 
 		 445 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0300  carotenoid oxygenase  36.99 
 
 		 445 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473918  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  35.42 
 
 		 461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  34.96 
 
 		 481 aa  234  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2809  carotenoid oxygenase  32.98 
 
 		 497 aa  233  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.220593  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0219  carotenoid oxygenase  37.5 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0227  carotenoid oxygenase  38.15 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000205038 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  37.25 
 
 		 469 aa  230  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  35.41 
 
 		 441 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  32.91 
 
 		 555 aa  228  3e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  36.46 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3058  carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase, putative  38.03 
 
 		 443 aa  223  8e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1562  putative dioxygenase  38.03 
 
 		 443 aa  223  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1233  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  38.03 
 
 		 443 aa  223  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0130033  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0635  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  38.03 
 
 		 443 aa  223  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1459  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  38.03 
 
 		 443 aa  223  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0518  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  38.03 
 
 		 443 aa  223  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.615695  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  30.48 
 
 		 488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  34.42 
 
 		 479 aa  219  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  35.79 
 
 		 464 aa  217  4e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  37.61 
 
 		 443 aa  216  7e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  28.95 
 
 		 487 aa  216  9e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  28.73 
 
 		 487 aa  213  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10667  dioxygenase  33.93 
 
 		 501 aa  211  3e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.181912  normal  0.435726 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  31.37 
 
 		 480 aa  205  2e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  35.46 
 
 		 481 aa  203  6e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  30.35 
 
 		 495 aa  201  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  33.05 
 
 		 520 aa  199  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.35 
 
 		 495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  33.76 
 
 		 466 aa  196  1e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  33.47 
 
 		 501 aa  195  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  32.03 
 
 		 508 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  32.03 
 
 		 508 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  33.48 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  30.63 
 
 		 467 aa  190  4e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  31.89 
 
 		 517 aa  189  8e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  29.57 
 
 		 491 aa  189  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  30.34 
 
 		 510 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  32.24 
 
 		 496 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  29.46 
 
 		 489 aa  185  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  32.24 
 
 		 496 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  33.12 
 
 		 473 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  31.4 
 
 		 502 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  31.87 
 
 		 496 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  33.04 
 
 		 493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  32.64 
 
 		 489 aa  176  9e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  30.97 
 
 		 495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3269  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  31.91 
 
 		 419 aa  173  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  31.58 
 
 		 488 aa  173  6.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1272  carotenoid oxygenase  30.8 
 
 		 487 aa  172  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261404  hitchhiker  0.00803245 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1807  carotenoid oxygenase  31.75 
 
 		 512 aa  172  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.581411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  31.82 
 
 		 514 aa  171  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1008  carotenoid oxygenase  27.73 
 
 		 498 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0158946  normal  0.495511 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  32.43 
 
 		 507 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  31.05 
 
 		 502 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  29.14 
 
 		 497 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  29.25 
 
 		 497 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  31.37 
 
 		 499 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  27.15 
 
 		 914 aa  159  1e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4940  carotenoid oxygenase  30.66 
 
 		 537 aa  157  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.97423  normal  0.0157069 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  28.1 
 
 		 486 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  26.33 
 
 		 468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  26.33 
 
 		 468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3052  carotenoid oxygenase  27.06 
 
 		 515 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  28.63 
 
 		 495 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  30.13 
 
 		 504 aa  145  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  30.87 
 
 		 470 aa  143  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3688  carotenoid oxygenase  27.06 
 
 		 485 aa  140  7e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  27.56 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  27.72 
 
 		 494 aa  137  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  27.18 
 
 		 470 aa  137  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0091  Carotenoid oxygenase  30.82 
 
 		 477 aa  134  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.848261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  26.65 
 
 		 494 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1244  carotenoid oxygenase  25.2 
 
 		 556 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0442261  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  26.11 
 
 		 472 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.123356 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  28.06 
 
 		 533 aa  124  4e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.990452 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>