116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3952 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  100 
 
 		 499 aa  1004    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  53.22 
 
 		 508 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  53.22 
 
 		 508 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  51.54 
 
 		 520 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3052  carotenoid oxygenase  34.15 
 
 		 515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  38.19 
 
 		 504 aa  280  5e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1288  carotenoid oxygenase  32.28 
 
 		 554 aa  273  6e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.528505  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1244  carotenoid oxygenase  32.52 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0442261  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1322  carotenoid oxygenase  32.34 
 
 		 556 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487019 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3066  Carotenoid oxygenase  32.12 
 
 		 558 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.061004  hitchhiker  0.0000000132751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  30.36 
 
 		 468 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  30.36 
 
 		 468 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5321  Carotenoid oxygenase  32.57 
 
 		 477 aa  200  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  30.74 
 
 		 486 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  28.97 
 
 		 765 aa  180  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  28.72 
 
 		 495 aa  180  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  31.49 
 
 		 517 aa  178  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  28.93 
 
 		 495 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  27.57 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  30.6 
 
 		 501 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  31.02 
 
 		 509 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  28.75 
 
 		 510 aa  171  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  32.33 
 
 		 460 aa  171  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  29.4 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  32.32 
 
 		 467 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  32.98 
 
 		 467 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  28.99 
 
 		 514 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  28.27 
 
 		 491 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3688  carotenoid oxygenase  27.86 
 
 		 485 aa  166  9e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  29.5 
 
 		 463 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  30.36 
 
 		 464 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  33.12 
 
 		 478 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  31.37 
 
 		 467 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  27.41 
 
 		 472 aa  162  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.123356 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  29.9 
 
 		 502 aa  158  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  31.22 
 
 		 467 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  32.61 
 
 		 467 aa  156  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  28.85 
 
 		 488 aa  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  30.51 
 
 		 470 aa  150  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  29.57 
 
 		 477 aa  149  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  28.54 
 
 		 495 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  31.56 
 
 		 464 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  31.76 
 
 		 481 aa  145  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  25.87 
 
 		 497 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  29.03 
 
 		 483 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  25.66 
 
 		 497 aa  140  7e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  29.52 
 
 		 488 aa  139  8.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  26.71 
 
 		 507 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  29.76 
 
 		 479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  27.74 
 
 		 494 aa  133  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  27.44 
 
 		 489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  28.06 
 
 		 469 aa  122  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  26.53 
 
 		 533 aa  119  9.999999999999999e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.990452 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  23.06 
 
 		 470 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  25.54 
 
 		 494 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  28.51 
 
 		 480 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.457029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  28.35 
 
 		 479 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  26.1 
 
 		 466 aa  117  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  25.11 
 
 		 494 aa  116  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  24.69 
 
 		 494 aa  116  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28795  predicted protein  26.63 
 
 		 556 aa  116  7.999999999999999e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.813535  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  28.57 
 
 		 473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  26.64 
 
 		 464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4083  Carotenoid oxygenase  28.09 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  28.21 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  28.21 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  28.05 
 
 		 441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  23.42 
 
 		 488 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  27.78 
 
 		 451 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  28.12 
 
 		 444 aa  110  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0091  Carotenoid oxygenase  26.47 
 
 		 477 aa  109  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.848261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  28.42 
 
 		 461 aa  108  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  25.05 
 
 		 495 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  25.6 
 
 		 914 aa  105  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  22.25 
 
 		 487 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  27.27 
 
 		 480 aa  103  8e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  27.45 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10667  dioxygenase  26.37 
 
 		 501 aa  102  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.181912  normal  0.435726 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  22.27 
 
 		 487 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  25.47 
 
 		 496 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  25.47 
 
 		 496 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  25.7 
 
 		 496 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  26.12 
 
 		 481 aa  100  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1008  carotenoid oxygenase  25 
 
 		 498 aa  99.8  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0158946  normal  0.495511 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  23.36 
 
 		 555 aa  98.6  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3058  carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase, putative  30.34 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1562  putative dioxygenase  30.34 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1233  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.34 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0130033  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0635  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.34 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1459  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.34 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0518  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.34 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.615695  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  27.73 
 
 		 443 aa  97.8  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  27.1 
 
 		 459 aa  96.7  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  27.1 
 
 		 480 aa  95.5  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.06 
 
 		 443 aa  95.1  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4940  carotenoid oxygenase  23.89 
 
 		 537 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.97423  normal  0.0157069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  24.43 
 
 		 502 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0281  carotenoid oxygenase  27.45 
 
 		 445 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.772775  hitchhiker  0.000581153 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1807  carotenoid oxygenase  23.87 
 
 		 512 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.581411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2806  carotenoid oxygenase  27.39 
 
 		 445 aa  87  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>