120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3944 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  100 
 
 		 481 aa  966    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  40.3 
 
 		 464 aa  291  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  38.07 
 
 		 502 aa  260  3e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  33.6 
 
 		 495 aa  237  4e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  33.6 
 
 		 495 aa  234  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  35.54 
 
 		 501 aa  222  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  34.18 
 
 		 489 aa  221  3e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  33.4 
 
 		 510 aa  212  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  35.29 
 
 		 467 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  34.61 
 
 		 493 aa  209  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  31.39 
 
 		 491 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  35.46 
 
 		 467 aa  203  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  35.05 
 
 		 467 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5321  Carotenoid oxygenase  31.06 
 
 		 477 aa  196  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  34.94 
 
 		 467 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  34.32 
 
 		 520 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  34.74 
 
 		 467 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  32.35 
 
 		 486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  31.69 
 
 		 495 aa  187  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  30.29 
 
 		 472 aa  186  8e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.123356 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  33.55 
 
 		 517 aa  186  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  29.51 
 
 		 468 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  29.51 
 
 		 468 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  29.39 
 
 		 497 aa  186  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  32.64 
 
 		 765 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  29.39 
 
 		 497 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  33.55 
 
 		 514 aa  181  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  31.84 
 
 		 460 aa  179  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  31.7 
 
 		 508 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  31.7 
 
 		 508 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  33.19 
 
 		 509 aa  172  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  32.65 
 
 		 488 aa  172  9e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  32.24 
 
 		 489 aa  169  1e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  30.96 
 
 		 464 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  31.38 
 
 		 507 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  31.24 
 
 		 463 aa  161  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  27.64 
 
 		 488 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3688  carotenoid oxygenase  29.36 
 
 		 485 aa  156  7e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28795  predicted protein  28.71 
 
 		 556 aa  155  1e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.813535  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  31.64 
 
 		 464 aa  154  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  31.04 
 
 		 478 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  29.63 
 
 		 477 aa  149  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  27.66 
 
 		 488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  31.34 
 
 		 466 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  28.87 
 
 		 494 aa  146  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  31.1 
 
 		 504 aa  145  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  31.72 
 
 		 483 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  31.76 
 
 		 499 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  29.13 
 
 		 470 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  28.74 
 
 		 481 aa  143  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  28.54 
 
 		 494 aa  143  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  28.31 
 
 		 494 aa  143  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  30.46 
 
 		 443 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  28.77 
 
 		 495 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  28 
 
 		 914 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  28.11 
 
 		 494 aa  140  6e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0281  carotenoid oxygenase  31.24 
 
 		 445 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.772775  hitchhiker  0.000581153 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.38 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  30.6 
 
 		 480 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.457029 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  27.15 
 
 		 555 aa  136  9e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2806  carotenoid oxygenase  30.74 
 
 		 445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0300  carotenoid oxygenase  30.74 
 
 		 445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473918  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  26.01 
 
 		 470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  29.2 
 
 		 479 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  26 
 
 		 487 aa  133  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  32.83 
 
 		 441 aa  133  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  30.09 
 
 		 451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  25.58 
 
 		 487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  29.84 
 
 		 467 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0219  carotenoid oxygenase  31.6 
 
 		 445 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48408  predicted protein  28.35 
 
 		 577 aa  129  9.000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  29.42 
 
 		 451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  29.42 
 
 		 451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  30.54 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0091  Carotenoid oxygenase  30.06 
 
 		 477 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.848261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  31.83 
 
 		 461 aa  128  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0227  carotenoid oxygenase  31.34 
 
 		 445 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000205038 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4083  Carotenoid oxygenase  29.59 
 
 		 472 aa  126  8.000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2809  carotenoid oxygenase  28.23 
 
 		 497 aa  126  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.220593  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  32.9 
 
 		 479 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  29.17 
 
 		 459 aa  124  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3052  carotenoid oxygenase  26.26 
 
 		 515 aa  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_48352  predicted protein  26.76 
 
 		 551 aa  122  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  26.31 
 
 		 533 aa  122  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.990452 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  29.04 
 
 		 480 aa  118  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1272  carotenoid oxygenase  29.49 
 
 		 487 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261404  hitchhiker  0.00803245 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  29.29 
 
 		 496 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  29.29 
 
 		 496 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  29.29 
 
 		 496 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  29.74 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1288  carotenoid oxygenase  23.96 
 
 		 554 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.528505  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  27.49 
 
 		 502 aa  113  8.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.36 
 
 		 443 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  26.8 
 
 		 480 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3058  carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase, putative  30.11 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1562  putative dioxygenase  30.11 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1233  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.11 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0130033  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0635  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.11 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1459  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.11 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0518  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  30.11 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.615695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>