116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3919 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  71.62 
 
 
520 aa  738    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  100 
 
 
508 aa  1034    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  100 
 
 
508 aa  1034    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  53.1 
 
 
499 aa  477  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3052  carotenoid oxygenase  34.11 
 
 
515 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  36.98 
 
 
504 aa  283  5.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1244  carotenoid oxygenase  32.63 
 
 
556 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0442261  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1288  carotenoid oxygenase  31.5 
 
 
554 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.528505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1322  carotenoid oxygenase  31.64 
 
 
556 aa  269  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00487019 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3066  Carotenoid oxygenase  37.47 
 
 
558 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.061004  hitchhiker  0.0000000132751 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  31.63 
 
 
463 aa  206  7e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.85 
 
 
495 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  30.65 
 
 
495 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  32.82 
 
 
467 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  28.84 
 
 
510 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  32.06 
 
 
467 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  30.33 
 
 
486 aa  195  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  32.23 
 
 
517 aa  193  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  32.03 
 
 
467 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  28.42 
 
 
489 aa  193  5e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  32.53 
 
 
460 aa  193  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5321  Carotenoid oxygenase  29.48 
 
 
477 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  30.49 
 
 
477 aa  189  7e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  28.57 
 
 
493 aa  187  3e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  27.21 
 
 
468 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  27.21 
 
 
468 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  28.96 
 
 
464 aa  184  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  32.48 
 
 
467 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  32.68 
 
 
467 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  29.98 
 
 
514 aa  180  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.85 
 
 
483 aa  179  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  32.02 
 
 
464 aa  176  7e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  31.7 
 
 
481 aa  175  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  29.47 
 
 
509 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  28.69 
 
 
501 aa  173  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3688  carotenoid oxygenase  25.45 
 
 
485 aa  172  9e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  32.29 
 
 
478 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  27.05 
 
 
491 aa  170  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  28.26 
 
 
488 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  25.73 
 
 
472 aa  162  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.123356 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  29.81 
 
 
470 aa  161  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  27.18 
 
 
765 aa  160  7e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  28.54 
 
 
502 aa  157  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  29.03 
 
 
507 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  29.8 
 
 
488 aa  150  6e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  27.7 
 
 
495 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.19 
 
 
473 aa  147  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  28.07 
 
 
494 aa  147  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  26.33 
 
 
497 aa  143  6e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  28.09 
 
 
464 aa  144  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  30.46 
 
 
444 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  26.33 
 
 
497 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  28.72 
 
 
489 aa  141  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4083  Carotenoid oxygenase  27.41 
 
 
472 aa  136  7.000000000000001e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  29.84 
 
 
459 aa  136  9e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  28.51 
 
 
496 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  28.29 
 
 
496 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  28.29 
 
 
496 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  27.14 
 
 
494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  26.48 
 
 
494 aa  133  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  30.11 
 
 
451 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  29.89 
 
 
451 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  29.89 
 
 
451 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  29.32 
 
 
441 aa  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  26.53 
 
 
494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28795  predicted protein  25.35 
 
 
556 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.813535  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  21.98 
 
 
487 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  22.72 
 
 
488 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  28.93 
 
 
461 aa  126  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2809  carotenoid oxygenase  27.98 
 
 
497 aa  126  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.220593  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  28.34 
 
 
479 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  22.84 
 
 
470 aa  124  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  22.24 
 
 
487 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  24.95 
 
 
555 aa  123  9e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  27.66 
 
 
480 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.457029 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  27.87 
 
 
502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  27.53 
 
 
466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1008  carotenoid oxygenase  26.64 
 
 
498 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0158946  normal  0.495511 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  25.51 
 
 
495 aa  120  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0091  Carotenoid oxygenase  27.22 
 
 
477 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.848261  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  25.77 
 
 
533 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.990452 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4940  carotenoid oxygenase  25.92 
 
 
537 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.97423  normal  0.0157069 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1807  carotenoid oxygenase  25.68 
 
 
512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.581411  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  27.88 
 
 
469 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  26.21 
 
 
480 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  26.01 
 
 
479 aa  110  8.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  27.22 
 
 
914 aa  109  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  24.06 
 
 
480 aa  107  4e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  24.51 
 
 
481 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3058  carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase, putative  28.03 
 
 
443 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1562  putative dioxygenase  28.03 
 
 
443 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1233  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  28.03 
 
 
443 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0130033  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0635  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  28.03 
 
 
443 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1459  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  28.03 
 
 
443 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0518  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  28.03 
 
 
443 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.615695  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  26.9 
 
 
443 aa  100  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0281  carotenoid oxygenase  26.96 
 
 
445 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.772775  hitchhiker  0.000581153 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10667  dioxygenase  25.78 
 
 
501 aa  99.4  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.181912  normal  0.435726 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  27.76 
 
 
443 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  25.49 
 
 
467 aa  97.8  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>