117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3580 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3580  carotenoid oxygenase  100 
 
 
469 aa  956    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1698  carotenoid oxygenase  53.62 
 
 
480 aa  498  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.459113  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6035  carotenoid oxygenase  53.23 
 
 
479 aa  498  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.96012  normal  0.0939223 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2484  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  47.57 
 
 
461 aa  378  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.217647  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2111  carotenoid oxygenase  43.15 
 
 
480 aa  355  7.999999999999999e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.457029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4595  carotenoid oxygenase  43.42 
 
 
479 aa  344  2e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10667  dioxygenase  39.32 
 
 
501 aa  318  2e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.181912  normal  0.435726 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5235  carotenoid oxygenase  40.13 
 
 
451 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5460  carotenoid oxygenase  40.39 
 
 
459 aa  291  1e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1332  carotenoid oxygenase  40.09 
 
 
444 aa  289  9e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.447717 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4867  carotenoid oxygenase  39.24 
 
 
451 aa  283  6.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4956  carotenoid oxygenase  39.24 
 
 
451 aa  283  6.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3269  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  38.82 
 
 
419 aa  273  7e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3710  retinal pigment epithelial membrane protein  34.8 
 
 
463 aa  258  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5477  putative carotenoid oxygenase  37.77 
 
 
467 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0935  Carotenoid oxygenase  31.63 
 
 
488 aa  243  5e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934106 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0359  Carotenoid oxygenase  30.84 
 
 
487 aa  242  1e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.235865  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0441  carotenoid oxygenase  37.39 
 
 
460 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.786971  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2047  retinal pigment epithelial membrane protein  34.18 
 
 
765 aa  239  5.999999999999999e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.211058  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0352  Carotenoid oxygenase  30.4 
 
 
487 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5723  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  36.98 
 
 
441 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00560936  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1401  Carotenoid oxygenase  37.61 
 
 
467 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1216  carotenoid oxygenase  36.93 
 
 
467 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1317  carotenoid oxygenase  36.72 
 
 
467 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0281  carotenoid oxygenase  35.27 
 
 
445 aa  226  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.772775  hitchhiker  0.000581153 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3399  retinal pigment epithelial membrane protein  34.45 
 
 
443 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.802561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2806  carotenoid oxygenase  35.04 
 
 
445 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0300  carotenoid oxygenase  35.04 
 
 
445 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473918  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1536  carotenoid oxygenase  34.13 
 
 
467 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0771367  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5644  carotenoid oxygenase  36.6 
 
 
478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.427984 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0219  carotenoid oxygenase  35.04 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0227  carotenoid oxygenase  34.6 
 
 
445 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000205038 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3794  carotenoid oxygenase  32.39 
 
 
464 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0662225  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4841  Carotenoid oxygenase  31.45 
 
 
464 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.659326 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3058  carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase, putative  35.54 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1562  putative dioxygenase  35.54 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1233  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  35.54 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0130033  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0635  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  35.54 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1459  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  35.54 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0518  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  35.54 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.615695  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2656  carotenoid oxygenase  32.05 
 
 
477 aa  209  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1428  putative carotenoid 9,10-9',10' cleavage dioxygenase  35.1 
 
 
443 aa  208  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1535  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  32.7 
 
 
483 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.194369  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5950  crocetin dialdehyde  31.46 
 
 
488 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2946  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  32.28 
 
 
473 aa  190  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000652034  hitchhiker  0.000168571 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6365  Carotenoid oxygenase  32.07 
 
 
408 aa  177  4e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.259005 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4053  Carotenoid oxygenase  31.14 
 
 
466 aa  177  5e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0802  carotenoid oxygenase  29.81 
 
 
494 aa  170  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.957651  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1008  carotenoid oxygenase  27.88 
 
 
498 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0158946  normal  0.495511 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0611  carotenoid oxygenase  29.88 
 
 
481 aa  159  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.951978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1272  carotenoid oxygenase  30.63 
 
 
487 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261404  hitchhiker  0.00803245 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3050  predicted protein  29.17 
 
 
467 aa  156  9e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.601284  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07062  conserved hypothetical protein  28.78 
 
 
555 aa  155  1e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0203  carotenoid oxygenase  31.39 
 
 
464 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.297924  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0196  Beta-carotene 15,15'-dioxygenase  29.87 
 
 
493 aa  154  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4402  9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase  30.35 
 
 
495 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371573 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4340  Carotenoid oxygenase  29.94 
 
 
495 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1807  carotenoid oxygenase  28.84 
 
 
512 aa  147  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.581411  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5459  Carotenoid oxygenase  28.97 
 
 
514 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176097  normal  0.349671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3212  carotenoid oxygenase  28.94 
 
 
489 aa  145  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415925  normal  0.375816 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01643  lignostilbene dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01500)  28.45 
 
 
480 aa  144  3e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.600702  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3417  dioxygenase, putative  29.86 
 
 
509 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2446  twin-arginine translocation pathway signal  30.36 
 
 
517 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000341259  normal  0.858746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4537  carotenoid oxygenase  30.18 
 
 
411 aa  142  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3098  carotenoid oxygenase  27.27 
 
 
496 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3158  carotenoid oxygenase  27.27 
 
 
496 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.350488 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3118  carotenoid oxygenase  27.27 
 
 
496 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704266  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119472  Carotenoid dioxygenase plastidic fusion protein, putative  25.48 
 
 
914 aa  139  7.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0452333  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10931  dioxygenase  27.42 
 
 
502 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2809  carotenoid oxygenase  27.8 
 
 
497 aa  137  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.220593  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4940  carotenoid oxygenase  27.29 
 
 
537 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.97423  normal  0.0157069 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0449  Carotenoid oxygenase  27.56 
 
 
491 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3944  Carotenoid oxygenase  31.83 
 
 
481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3952  Carotenoid oxygenase  28.29 
 
 
499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273513  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1236  retinal pigment epithelial membrane protein  27.87 
 
 
510 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229916  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05214  dioxygenase signal peptide protein  28.1 
 
 
520 aa  124  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25111  retinal pigment epithelial membrane protein  29.42 
 
 
507 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0221  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  28.22 
 
 
488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3919  Carotenoid oxygenase  27.88 
 
 
508 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5321  Carotenoid oxygenase  25.11 
 
 
477 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4033  Carotenoid oxygenase  27.88 
 
 
508 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.804116  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4222  Carotenoid oxygenase  28.57 
 
 
501 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0865656 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03131  retinal pigment epithelial membrane protein  26.29 
 
 
495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.608355  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3964  Carotenoid oxygenase  27.06 
 
 
486 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.99286  normal  0.591573 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0013  Carotenoid oxygenase  24.94 
 
 
468 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.768827  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0015  Carotenoid oxygenase  24.94 
 
 
468 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1646  retinal pigment epithelial membrane protein  26.99 
 
 
497 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03601  retinal pigment epithelial membrane protein  26.99 
 
 
497 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03031  retinal pigment epithelial membrane protein  26.09 
 
 
494 aa  110  6e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03041  retinal pigment epithelial membrane protein  25.1 
 
 
494 aa  110  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0282  retinal pigment epithelial membrane protein  25.47 
 
 
494 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0182948  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4862  Beta-carotene 15,15'-monooxygenase  28.17 
 
 
470 aa  107  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169022  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2824  carotenoid oxygenase  27.81 
 
 
504 aa  107  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2168  retinal pigment epithelial membrane protein  25.89 
 
 
472 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.123356 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_48352  predicted protein  22.78 
 
 
551 aa  103  5e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03071  retinal pigment epithelial membrane protein  25.94 
 
 
495 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1036  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase  24.37 
 
 
470 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0248  lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase and related enzyme-like  26.77 
 
 
489 aa  101  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3359  carotenoid oxygenase  25.96 
 
 
502 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30717  predicted protein  23.17 
 
 
533 aa  97.8  3e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.990452 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>