More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3901 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3901  putative regulator of cell autolysis-like  100 
 
 		 375 aa  762    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.78 
 
 		 357 aa  149  9e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0825  signal transduction histidine kinase, LytS  32.68 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  29.55 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  28.9 
 
 		 572 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0069  signal transduction histidine kinase, LytS  32.56 
 
 		 400 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0746502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  28.9 
 
 		 572 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0276  signal transduction histidine kinase, LytS  32.14 
 
 		 561 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04905  putative two-component system sensor but no kinase domain  30.54 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.339726  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0734  signal transduction histidine kinase, LytS  29.6 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  32.49 
 
 		 560 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1441  signal transduction histidine kinase, LytS  29.17 
 
 		 559 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.645903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2453  histidine kinase internal protein  32.49 
 
 		 568 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278514  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2134  signal transduction histidine kinase, LytS  29.78 
 
 		 387 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  26.96 
 
 		 576 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  30.61 
 
 		 558 aa  110  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4117  sensor histidine kinase  27.85 
 
 		 565 aa  110  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.645201 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  29.07 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4007  sensor histidine kinase  27.85 
 
 		 565 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1526  signal transduction histidine kinase, LytS  30.64 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  32.45 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  30.69 
 
 		 572 aa  108  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3378  signal transduction histidine kinase, LytS  30.4 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  27.23 
 
 		 576 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6326  signal transduction histidine kinase, LytS  31.56 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.521722 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  28.44 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  29.41 
 
 		 558 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  26.51 
 
 		 575 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  29.44 
 
 		 362 aa  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  29.56 
 
 		 557 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  29.56 
 
 		 557 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  29.28 
 
 		 394 aa  106  6e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0146  signal transduction histidine kinase, LytS  30.32 
 
 		 565 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.889074  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  26.17 
 
 		 580 aa  106  8e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 446 aa  105  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  29.9 
 
 		 557 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  30.05 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  32.34 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  27.1 
 
 		 568 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  29.73 
 
 		 578 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1724  signal transduction histidine kinase, LytS  27.57 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4523  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 365 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000285386  normal  0.910238 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  29.9 
 
 		 557 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  29.9 
 
 		 557 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  28.71 
 
 		 569 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  32.57 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  29.9 
 
 		 557 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  29.27 
 
 		 561 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  28.83 
 
 		 374 aa  104  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2792  signal transduction histidine kinase, LytS  27.91 
 
 		 564 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000275265  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  28.42 
 
 		 414 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  28.66 
 
 		 381 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  30.88 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  27.96 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0866  sensor histidine kinase  27.91 
 
 		 561 aa  103  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  27.31 
 
 		 408 aa  103  7e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1329  signal transduction histidine kinase LytS  30.69 
 
 		 432 aa  102  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.268235  normal  0.0194209 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2241  signal transduction histidine kinase, LytS  30.65 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3173  signal transduction histidine kinase, LytS  30.61 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0466454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3113  sensor histidine kinase  27.44 
 
 		 561 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  30.27 
 
 		 576 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  30.73 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3061  signal transduction histidine kinase, LytS  28.84 
 
 		 560 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3169  signal transduction histidine kinase, LytS  28.84 
 
 		 560 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12150  putative regulator of cell autolysis  31.34 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  27.31 
 
 		 408 aa  100  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2907  signal transduction histidine kinase, LytS  29.67 
 
 		 362 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  31.64 
 
 		 556 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  31.03 
 
 		 556 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1480  signal transduction histidine kinase, LytS  30.69 
 
 		 557 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336148  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3789  signal transduction histidine kinase, LytS  34.3 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.938742  normal  0.0445947 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02013  hypothetical protein  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  27.44 
 
 		 561 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 561 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  30.59 
 
 		 491 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  29.33 
 
 		 374 aa  100  6e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 561 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5382  signal transduction histidine kinase, LytS  29.29 
 
 		 344 aa  100  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 561 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  33.14 
 
 		 556 aa  99.8  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  29.84 
 
 		 394 aa  100  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3417  signal transduction histidine kinase, LytS  28.21 
 
 		 559 aa  100  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.076956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 561 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  26.98 
 
 		 561 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  29.12 
 
 		 558 aa  99.4  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2857  ATP-binding region, ATPase-like  29.41 
 
 		 363 aa  99.4  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  24.51 
 
 		 370 aa  99  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1178  histidine kinase internal region  27.16 
 
 		 414 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  24.78 
 
 		 465 aa  99.4  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2790  signal transduction histidine kinase, LytS  26.43 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.111676 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  28.21 
 
 		 563 aa  99.4  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3912  signal transduction histidine kinase, LytS  28.42 
 
 		 382 aa  99.4  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2958  signal transduction histidine kinase, LytS  28.16 
 
 		 568 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.177996  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2724  signal transduction histidine kinase, LytS  28.84 
 
 		 562 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1549  signal transduction histidine kinase, LytS  29.58 
 
 		 560 aa  99.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>