139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2711 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2711  hypothetical protein  100 
 
 		 170 aa  344  3e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1697  cupin 2 domain-containing protein  62.41 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3051  cupin 2 domain-containing protein  64.34 
 
 		 162 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2281  transcriptional regulator  52.35 
 
 		 171 aa  159  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.853806 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6791  cupin 2 domain-containing protein  50.38 
 
 		 136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.399896 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2195  cupin 2 domain-containing protein  49.03 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  47.92 
 
 		 276 aa  141  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1135  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.04 
 
 		 131 aa  141  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4794  cupin 2 domain-containing protein  49.24 
 
 		 136 aa  141  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6730  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.49 
 
 		 131 aa  141  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4054  cupin 2 domain-containing protein  52.71 
 
 		 131 aa  140  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6792  cupin 2 domain-containing protein  51.94 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  0.518208 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1415  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.73 
 
 		 219 aa  139  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2087  cupin domain-containing protein  48.39 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000586329  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2483  cupin domain-containing protein  48.39 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229564  normal  0.0414052 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32560  Conserved hypothetical cupin family protein  45.45 
 
 		 164 aa  138  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157773  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3098  cupin 2 domain-containing protein  51.91 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0926795 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.6 
 
 		 140 aa  137  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.972022  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3850  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.81 
 
 		 131 aa  137  8.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226784  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2800  cupin 2, barrel  54.26 
 
 		 135 aa  135  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.116084  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5714  cupin 2, conserved barrel domain protein  47.69 
 
 		 134 aa  136  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.721902  normal  0.850928 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2013  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.77 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.706602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.28 
 
 		 131 aa  135  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670448  hitchhiker  0.00191403 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  54.7 
 
 		 387 aa  134  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2400  cupin 2 domain-containing protein  54.92 
 
 		 131 aa  134  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2917  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.45 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  50.34 
 
 		 298 aa  133  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2866  cupin family protein  50.85 
 
 		 133 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105692  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1695  cupin 2 domain-containing protein  48.82 
 
 		 145 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.16 
 
 		 131 aa  133  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38060  hypothetical protein  51.16 
 
 		 156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.85 
 
 		 131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1951  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.85 
 
 		 131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.578106  normal  0.399763 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2095  cupin 2 domain-containing protein  54.24 
 
 		 132 aa  132  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.15 
 
 		 132 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0911719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04818  cupin domain  51.56 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4635  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.64 
 
 		 135 aa  130  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2098  transcriptional regulator  50.76 
 
 		 142 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5693  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.06 
 
 		 131 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.791628 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2270  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.84 
 
 		 131 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0010273  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1351  cupin 2 domain-containing protein  50.38 
 
 		 132 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.300773  normal  0.281811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.12 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.557763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6145  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.84 
 
 		 131 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1414  cupin 2 conserved barrel domain protein  51.15 
 
 		 141 aa  128  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3088  cupin 2 domain-containing protein  49.15 
 
 		 162 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8338  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.16 
 
 		 157 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0880  cupin 2 domain-containing protein  49.61 
 
 		 132 aa  127  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.78 
 
 		 137 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2046  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.29 
 
 		 131 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.090507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3255  cupin 2 domain-containing protein  45.74 
 
 		 131 aa  125  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.162447  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3486  hypothetical protein  48.06 
 
 		 133 aa  123  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0847  cupin 2 domain-containing protein  53.57 
 
 		 153 aa  123  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0541373 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2945  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.95 
 
 		 165 aa  123  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449546 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0847  hypothetical protein  51.28 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166508  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0405  hypothetical protein  50.43 
 
 		 132 aa  122  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  43.48 
 
 		 396 aa  122  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 		 398 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  45.93 
 
 		 135 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2510  hypothetical protein  47.33 
 
 		 131 aa  118  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.179837 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3259  cupin 2 domain-containing protein  42.97 
 
 		 167 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0115338  normal  0.0903256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0466  hypothetical protein  49.57 
 
 		 132 aa  118  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  47.76 
 
 		 403 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1435  cupin 2 domain-containing protein  51.28 
 
 		 134 aa  116  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  45.74 
 
 		 135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3909  cupin 2, barrel  42.86 
 
 		 157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2919  cupin 2 domain-containing protein  46.56 
 
 		 133 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1052  cupin 2 domain-containing protein  45.74 
 
 		 131 aa  116  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.379214 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2039  cupin 2, barrel  46.92 
 
 		 136 aa  115  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.454361  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  45.97 
 
 		 135 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1345  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.96 
 
 		 133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.960003  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.97 
 
 		 174 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1500  cupin region  46.15 
 
 		 136 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0870616 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3217  cupin 2 domain-containing protein  43.08 
 
 		 141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.61 
 
 		 149 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001033  hypothetical protein  41.25 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.61 
 
 		 133 aa  111  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.340481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35570  hypothetical protein  53.92 
 
 		 105 aa  110  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467993  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5748  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.41 
 
 		 163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  43.55 
 
 		 164 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4130  hypothetical protein  44.64 
 
 		 134 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.830739 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.88 
 
 		 165 aa  106  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000592158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.64 
 
 		 135 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  46.15 
 
 		 268 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2195  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.95 
 
 		 189 aa  102  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192313  decreased coverage  0.00112961 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.69 
 
 		 143 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167413 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0273  cupin 2 domain-containing protein  39.32 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3184  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.54 
 
 		 134 aa  100  8e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.93212 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3373  cupin 2 domain-containing protein  43.75 
 
 		 138 aa  99.4  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.789757  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0295  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.03 
 
 		 134 aa  99  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1795  cupin 2 domain-containing protein  42.98 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00267571  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7206  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.27 
 
 		 260 aa  98.2  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  0.799003 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0625  cupin 2 domain-containing protein  43.33 
 
 		 135 aa  98.2  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.285367  decreased coverage  0.00129861 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0772  hypothetical protein  40 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000766165 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24670  uncharacterized conserved protein, contains double-stranded beta-helix domain  40.8 
 
 		 138 aa  97.1  9e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1948  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.34 
 
 		 161 aa  95.9  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.161363 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1740  cupin 2 domain-containing protein  42.37 
 
 		 135 aa  96.3  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1460  cupin 2 domain-containing protein  39.13 
 
 		 141 aa  96.3  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0253836 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0949  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 143 aa  95.1  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.379941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0776  hypothetical protein  37.39 
 
 		 141 aa  94.7  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  unclonable  0.000000000433123 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1727  hypothetical protein  39.69 
 
 		 139 aa  93.6  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>