149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2039 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2039  cupin 2, barrel  100 
 
 
136 aa  275  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.454361  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1500  cupin region  84.56 
 
 
136 aa  240  6e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0870616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  71.54 
 
 
135 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  69.17 
 
 
135 aa  193  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  70 
 
 
135 aa  191  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1345  Cupin 2 conserved barrel domain protein  68.66 
 
 
133 aa  188  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.960003  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4130  hypothetical protein  65.19 
 
 
134 aa  188  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.830739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1135  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.41 
 
 
131 aa  186  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  70.77 
 
 
135 aa  184  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2098  transcriptional regulator  64.39 
 
 
142 aa  183  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0880  cupin 2 domain-containing protein  65.91 
 
 
132 aa  182  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  67.67 
 
 
133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.340481  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0847  hypothetical protein  64.62 
 
 
132 aa  179  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166508  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6730  Cupin 2 conserved barrel domain protein  65.38 
 
 
131 aa  179  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2046  Cupin 2 conserved barrel domain protein  63.85 
 
 
131 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.090507  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2281  transcriptional regulator  64.12 
 
 
171 aa  177  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.853806 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0466  hypothetical protein  61.36 
 
 
132 aa  176  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2400  cupin 2 domain-containing protein  64.62 
 
 
131 aa  176  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.31 
 
 
131 aa  175  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188967 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  63.43 
 
 
137 aa  174  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6145  Cupin 2 conserved barrel domain protein  63.08 
 
 
131 aa  173  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0405  hypothetical protein  60.61 
 
 
132 aa  173  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2270  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.88 
 
 
131 aa  173  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0010273  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1435  cupin 2 domain-containing protein  59.26 
 
 
134 aa  172  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  60.45 
 
 
140 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.972022  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1052  cupin 2 domain-containing protein  62.12 
 
 
131 aa  170  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.379214 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  65.15 
 
 
132 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0911719  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2800  cupin 2, barrel  61.36 
 
 
135 aa  170  6.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.116084  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4794  cupin 2 domain-containing protein  61.36 
 
 
136 aa  169  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38060  hypothetical protein  62.31 
 
 
156 aa  169  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2919  cupin 2 domain-containing protein  64.39 
 
 
133 aa  169  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1351  cupin 2 domain-containing protein  64.39 
 
 
132 aa  168  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.300773  normal  0.281811 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.31 
 
 
131 aa  167  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2510  hypothetical protein  60.61 
 
 
131 aa  167  6e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.179837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4054  cupin 2 domain-containing protein  60 
 
 
131 aa  165  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5693  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.85 
 
 
131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.791628 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6791  cupin 2 domain-containing protein  59.09 
 
 
136 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.399896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  57.69 
 
 
131 aa  162  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670448  hitchhiker  0.00191403 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32560  Conserved hypothetical cupin family protein  57.69 
 
 
164 aa  161  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1414  cupin 2 conserved barrel domain protein  59.4 
 
 
141 aa  162  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1951  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.3 
 
 
131 aa  159  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.578106  normal  0.399763 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4635  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.72 
 
 
135 aa  159  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3255  cupin 2 domain-containing protein  58.33 
 
 
131 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.162447  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5714  cupin 2, conserved barrel domain protein  57.69 
 
 
134 aa  157  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.721902  normal  0.850928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3259  cupin 2 domain-containing protein  58.78 
 
 
167 aa  157  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0115338  normal  0.0903256 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  54.96 
 
 
387 aa  155  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3850  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.23 
 
 
131 aa  154  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226784  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2945  Cupin 2 conserved barrel domain protein  61.29 
 
 
165 aa  154  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3486  hypothetical protein  55.22 
 
 
133 aa  153  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3184  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.38 
 
 
134 aa  153  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.93212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  59.69 
 
 
298 aa  153  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3217  cupin 2 domain-containing protein  55.38 
 
 
141 aa  152  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349466  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3098  cupin 2 domain-containing protein  57.69 
 
 
131 aa  151  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0926795 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2013  Cupin 2 conserved barrel domain protein  59.23 
 
 
158 aa  152  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.706602  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  58.87 
 
 
396 aa  150  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8338  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.49 
 
 
157 aa  149  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2917  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.73 
 
 
158 aa  149  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.96 
 
 
164 aa  148  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.557763 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  57.81 
 
 
276 aa  148  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5748  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.39 
 
 
163 aa  148  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3909  cupin 2, barrel  54.26 
 
 
157 aa  144  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3088  cupin 2 domain-containing protein  52.31 
 
 
162 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2087  cupin domain-containing protein  54.62 
 
 
156 aa  140  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000586329  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2483  cupin domain-containing protein  54.62 
 
 
156 aa  140  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229564  normal  0.0414052 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04818  cupin domain  53.49 
 
 
141 aa  140  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1415  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.31 
 
 
219 aa  140  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2195  cupin 2 domain-containing protein  53.85 
 
 
156 aa  138  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  52.31 
 
 
398 aa  137  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2095  cupin 2 domain-containing protein  51.88 
 
 
132 aa  136  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.14 
 
 
174 aa  135  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2866  cupin family protein  48.51 
 
 
133 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105692  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6792  cupin 2 domain-containing protein  51.13 
 
 
158 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  0.518208 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0760  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  50.41 
 
 
134 aa  128  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.747507  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2099  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.1 
 
 
136 aa  126  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.24 
 
 
143 aa  125  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167413 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 
149 aa  124  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1697  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 
179 aa  122  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0295  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.93 
 
 
134 aa  122  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0148  cupin 2, barrel  53.54 
 
 
130 aa  121  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  56.3 
 
 
403 aa  121  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1695  cupin 2 domain-containing protein  46.92 
 
 
145 aa  120  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  44.62 
 
 
164 aa  118  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3051  cupin 2 domain-containing protein  53.04 
 
 
162 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2711  hypothetical protein  46.92 
 
 
170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4119  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.36 
 
 
141 aa  115  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.647155 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001033  hypothetical protein  44.53 
 
 
166 aa  113  6.9999999999999995e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35570  hypothetical protein  58.95 
 
 
105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467993  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  48.78 
 
 
268 aa  112  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0847  cupin 2 domain-containing protein  45.38 
 
 
153 aa  111  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0541373 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0625  cupin 2 domain-containing protein  48.78 
 
 
135 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.285367  decreased coverage  0.00129861 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5021  cupin region  48.78 
 
 
136 aa  110  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00533136  normal  0.0498556 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3276  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.29 
 
 
135 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  41.22 
 
 
238 aa  109  1.0000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24670  uncharacterized conserved protein, contains double-stranded beta-helix domain  44.44 
 
 
138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2716  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.72 
 
 
143 aa  105  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.41 
 
 
165 aa  105  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000592158  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1795  cupin 2 domain-containing protein  39.53 
 
 
135 aa  103  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00267571  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1618  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.59 
 
 
137 aa  103  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.184744 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3373  cupin 2 domain-containing protein  43.22 
 
 
138 aa  101  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.789757  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1740  cupin 2 domain-containing protein  39.53 
 
 
135 aa  101  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>