144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0880 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0880  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 132 aa  268  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1345  Cupin 2 conserved barrel domain protein  77.1 
 
 		 133 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.960003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  75.57 
 
 		 133 aa  207  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.340481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6730  Cupin 2 conserved barrel domain protein  76.74 
 
 		 131 aa  199  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2510  hypothetical protein  71.76 
 
 		 131 aa  199  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.179837 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  74.42 
 
 		 131 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188967 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1052  cupin 2 domain-containing protein  71.76 
 
 		 131 aa  198  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.379214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2098  transcriptional regulator  74.05 
 
 		 142 aa  196  7e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1435  cupin 2 domain-containing protein  71.32 
 
 		 134 aa  194  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2046  Cupin 2 conserved barrel domain protein  70.54 
 
 		 131 aa  192  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.090507  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0466  hypothetical protein  70.99 
 
 		 132 aa  191  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32560  Conserved hypothetical cupin family protein  69.77 
 
 		 164 aa  190  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157773  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38060  hypothetical protein  70.54 
 
 		 156 aa  188  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2800  cupin 2, barrel  72.52 
 
 		 135 aa  188  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.116084  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2270  Cupin 2 conserved barrel domain protein  70.99 
 
 		 131 aa  188  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0010273  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0405  hypothetical protein  70.23 
 
 		 132 aa  188  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1414  cupin 2 conserved barrel domain protein  69.47 
 
 		 141 aa  187  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.92 
 
 		 137 aa  187  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  66.15 
 
 		 387 aa  186  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2281  transcriptional regulator  66.92 
 
 		 171 aa  185  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.853806 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1135  Cupin 2 conserved barrel domain protein  70 
 
 		 131 aa  186  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2400  cupin 2 domain-containing protein  70.54 
 
 		 131 aa  184  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6145  Cupin 2 conserved barrel domain protein  68.22 
 
 		 131 aa  184  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  68.22 
 
 		 131 aa  184  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  65.91 
 
 		 135 aa  184  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3850  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.67 
 
 		 131 aa  182  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226784  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  65.65 
 
 		 298 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2039  cupin 2, barrel  65.91 
 
 		 136 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.454361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4054  cupin 2 domain-containing protein  70.54 
 
 		 131 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2917  Cupin 2 conserved barrel domain protein  65.38 
 
 		 158 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4635  Cupin 2 conserved barrel domain protein  67.44 
 
 		 135 aa  181  3e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2919  cupin 2 domain-containing protein  68.7 
 
 		 133 aa  181  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4794  cupin 2 domain-containing protein  69.47 
 
 		 136 aa  181  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0847  hypothetical protein  66.67 
 
 		 132 aa  181  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166508  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8338  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.41 
 
 		 157 aa  178  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6791  cupin 2 domain-containing protein  67.94 
 
 		 136 aa  178  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.399896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  64.62 
 
 		 135 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4130  hypothetical protein  64.34 
 
 		 134 aa  176  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.830739 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5714  cupin 2, conserved barrel domain protein  65.12 
 
 		 134 aa  176  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.721902  normal  0.850928 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1500  cupin region  62.12 
 
 		 136 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0870616 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3098  cupin 2 domain-containing protein  65.12 
 
 		 131 aa  176  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0926795 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.67 
 
 		 140 aa  175  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.972022  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2945  Cupin 2 conserved barrel domain protein  67.48 
 
 		 165 aa  175  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  65.38 
 
 		 135 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5693  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.41 
 
 		 131 aa  174  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.791628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  67.18 
 
 		 132 aa  174  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0911719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2095  cupin 2 domain-containing protein  62.6 
 
 		 132 aa  174  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.6 
 
 		 164 aa  173  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.557763 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3217  cupin 2 domain-containing protein  62.02 
 
 		 141 aa  172  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1351  cupin 2 domain-containing protein  66.41 
 
 		 132 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.300773  normal  0.281811 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2013  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.34 
 
 		 158 aa  171  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.706602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  63.57 
 
 		 276 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3255  cupin 2 domain-containing protein  61.07 
 
 		 131 aa  169  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.162447  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6792  cupin 2 domain-containing protein  63.08 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699759  normal  0.518208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  62.02 
 
 		 131 aa  167  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670448  hitchhiker  0.00191403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  66.67 
 
 		 135 aa  167  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3909  cupin 2, barrel  58.14 
 
 		 157 aa  165  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3259  cupin 2 domain-containing protein  57.69 
 
 		 167 aa  165  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0115338  normal  0.0903256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3486  hypothetical protein  62.02 
 
 		 133 aa  164  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3088  cupin 2 domain-containing protein  58.14 
 
 		 162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1951  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.02 
 
 		 131 aa  161  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.578106  normal  0.399763 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5748  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.46 
 
 		 163 aa  161  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04818  cupin domain  63.41 
 
 		 141 aa  159  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2087  cupin domain-containing protein  55.81 
 
 		 156 aa  158  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000586329  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2483  cupin domain-containing protein  55.81 
 
 		 156 aa  158  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229564  normal  0.0414052 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2195  cupin 2 domain-containing protein  55.04 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2866  cupin family protein  53.85 
 
 		 133 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105692  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1415  Cupin 2 conserved barrel domain protein  58.14 
 
 		 219 aa  152  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  56.67 
 
 		 396 aa  148  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3184  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.92 
 
 		 134 aa  147  5e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.93212 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  52.71 
 
 		 398 aa  144  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1695  cupin 2 domain-containing protein  51.94 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3051  cupin 2 domain-containing protein  51.15 
 
 		 162 aa  137  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1697  cupin 2 domain-containing protein  54.26 
 
 		 179 aa  136  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  51.56 
 
 		 164 aa  135  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  59.13 
 
 		 403 aa  132  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0760  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  53.33 
 
 		 134 aa  131  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.747507  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.46 
 
 		 174 aa  130  5e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0847  cupin 2 domain-containing protein  52.71 
 
 		 153 aa  130  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0541373 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.17 
 
 		 143 aa  130  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167413 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2711  hypothetical protein  49.61 
 
 		 170 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0295  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 134 aa  127  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.69 
 
 		 149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35570  hypothetical protein  61.39 
 
 		 105 aa  127  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467993  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  44.62 
 
 		 238 aa  127  5.0000000000000004e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.51 
 
 		 165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000592158  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0625  cupin 2 domain-containing protein  52.46 
 
 		 135 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.285367  decreased coverage  0.00129861 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001033  hypothetical protein  45.31 
 
 		 166 aa  121  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  51.64 
 
 		 268 aa  121  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2099  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.2 
 
 		 136 aa  119  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0148  cupin 2, barrel  56.35 
 
 		 130 aa  119  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4119  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.54 
 
 		 141 aa  117  7e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.647155 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5021  cupin region  50.82 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00533136  normal  0.0498556 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1618  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.56 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.184744 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3373  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.789757  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2195  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.97 
 
 		 189 aa  105  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192313  decreased coverage  0.00112961 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1321  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.31 
 
 		 139 aa  104  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.185757 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0949  cupin 2 domain-containing protein  47.66 
 
 		 143 aa  104  4e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.379941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3139  hypothetical protein  45.16 
 
 		 135 aa  103  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2716  Cupin 2 conserved barrel domain protein  49.14 
 
 		 143 aa  103  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>