More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4004 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4004  proton/glutamate symporter, putative  100 
 
 		 408 aa  797    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3670  sodium:dicarboxylate symporter  94.32 
 
 		 414 aa  699    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.200681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3853  sodium:dicarboxylate symporter  93.83 
 
 		 414 aa  696    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000161512 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0642  sodium:dicarboxylate symporter  96.79 
 
 		 416 aa  718    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000153755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3378  sodium:dicarboxylate symporter  96.54 
 
 		 416 aa  716    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0671  sodium:dicarboxylate symporter  93.33 
 
 		 414 aa  687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0642  sodium:dicarboxylate symporter  96.54 
 
 		 416 aa  716    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3727  sodium:dicarboxylate symporter  93.83 
 
 		 414 aa  696    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0595  sodium:dicarboxylate symporter  83.7 
 
 		 414 aa  631  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.1634  normal  0.0311958 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3882  sodium:dicarboxylate symporter  80.15 
 
 		 424 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0719  sodium:dicarboxylate symporter  82.27 
 
 		 418 aa  617  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3781  sodium:dicarboxylate symporter  80.99 
 
 		 421 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0549433  hitchhiker  0.000150842 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2987  sodium:dicarboxylate symporter  81.48 
 
 		 417 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3115  sodium:dicarboxylate symporter  80.05 
 
 		 437 aa  597  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818363 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0598  sodium:dicarboxylate symporter  92.84 
 
 		 392 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0529  sodium:dicarboxylate symporter  82.22 
 
 		 373 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2949  sodium:dicarboxylate symporter  65.43 
 
 		 422 aa  497  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01133  hypothetical protein  60.84 
 
 		 424 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004292  proton/glutamate symport protein  58.87 
 
 		 424 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0413758  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1325  proton glutamate symport protein  60.44 
 
 		 427 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.151644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2227  sodium:dicarboxylate symporter  41.69 
 
 		 439 aa  316  6e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.49503  hitchhiker  0.00495377 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  40.8 
 
 		 442 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  41.29 
 
 		 436 aa  312  9e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  41.29 
 
 		 436 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04867  glutamate-aspartate symport protein  41.08 
 
 		 434 aa  299  5e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1319  sodium:dicarboxylate symporter  39.75 
 
 		 437 aa  299  6e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0460332  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  38.4 
 
 		 437 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1281  sodium/dicarboxylate symporter  40.59 
 
 		 434 aa  297  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  38.4 
 
 		 437 aa  297  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0052  proton/glutamate symporter  40.35 
 
 		 433 aa  296  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  38.15 
 
 		 437 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1194  putative proton/glutamate symporter  38.48 
 
 		 447 aa  296  6e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  38.4 
 
 		 440 aa  295  8e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2481  sodium:dicarboxylate symporter  39.15 
 
 		 436 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  38.15 
 
 		 440 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  38.15 
 
 		 440 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  38.9 
 
 		 437 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  38.15 
 
 		 440 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1338  proton/glutamate symporter  40.05 
 
 		 445 aa  293  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001114  proton/glutamate symporter  39.66 
 
 		 434 aa  290  4e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.602578  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2121  sodium:dicarboxylate symporter  40.35 
 
 		 457 aa  288  1e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.343777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1836  sodium/proton:dicarboxylate (glutamate) symporter  40.69 
 
 		 457 aa  287  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2359  sodium:dicarboxylate symporter  39.47 
 
 		 449 aa  285  8e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2253  sodium:dicarboxylate symporter  37.41 
 
 		 441 aa  273  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2331  sodium:dicarboxylate symporter  39.15 
 
 		 438 aa  271  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.712611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  36.72 
 
 		 444 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11810  Na+/H+ dicarboxylate symporter  37.71 
 
 		 440 aa  266  4e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0215347 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0366  sodium:dicarboxylate symporter  38.71 
 
 		 457 aa  266  4e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538008  hitchhiker  0.000704417 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  36.72 
 
 		 444 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  36.72 
 
 		 444 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  36.72 
 
 		 444 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  36.16 
 
 		 424 aa  259  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  36.23 
 
 		 443 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  35.91 
 
 		 435 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  35.91 
 
 		 440 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  35.91 
 
 		 440 aa  256  5e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1097  sodium:dicarboxylate symporter  38.52 
 
 		 452 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02356  putative proton/glutamate symporter  35.25 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.126636  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  35.96 
 
 		 430 aa  251  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  35.15 
 
 		 432 aa  249  7e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  35.66 
 
 		 433 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2349  sodium:dicarboxylate symporter  35.64 
 
 		 409 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0646  Na+/H+ - glutamate/aspartate symport protein  37.1 
 
 		 436 aa  245  9e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0510  sodium:dicarboxylate symporter  36.32 
 
 		 425 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.249513  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  37.47 
 
 		 449 aa  242  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0129  sodium:dicarboxylate symporter  37.29 
 
 		 417 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.957581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04780  Na+/H+ dicarboxylate symporter  36.68 
 
 		 445 aa  233  5e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.126443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3902  proton/glutamate symporter family protein  35.28 
 
 		 411 aa  231  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1547  proton/glutamate symporter family protein  35.19 
 
 		 411 aa  230  3e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0277859  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1300  proton/glutamate symporter family protein  35.04 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1273  sodium:dicarboxylate symporter family protein  35.04 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1274  sodium:dicarboxylate symporter family protein  35.04 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1311  sodium:dicarboxylate symporter  34.9 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1408  proton/glutamate symporter family protein  35.04 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1479  proton/glutamate symporter family protein  35.04 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1114  sodium:dicarboxylate symporter  35.57 
 
 		 411 aa  230  4e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.819191  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1904  sodium:dicarboxylate symporter  33.42 
 
 		 409 aa  229  8e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.374206 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1508  proton/glutamate symporter family protein  34.79 
 
 		 411 aa  228  1e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1441  proton/glutamate symporter family protein  35.04 
 
 		 411 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.221753  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0616  sodium:dicarboxylate symporter  35.66 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0681  sodium:dicarboxylate symporter family protein  34 
 
 		 409 aa  226  6e-58  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.442764  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1067  sodium:dicarboxylate symporter  35.36 
 
 		 410 aa  225  9e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000677504  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02547  proton/glutamate symporter  34.84 
 
 		 417 aa  222  7e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0148  sodium:dicarboxylate symporter  34.62 
 
 		 416 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.319254 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0157  proton/glutamate symporter  34.24 
 
 		 412 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4211  sodium:dicarboxylate symporter  34.62 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0147  sodium:dicarboxylate symporter  34.48 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0147  sodium:dicarboxylate symporter  34.62 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0144  sodium:dicarboxylate symporter  34.62 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0142  sodium:dicarboxylate symporter  34.24 
 
 		 409 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0142  sodium:dicarboxylate symporter  33.99 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2890  sodium:dicarboxylate symporter  36.78 
 
 		 424 aa  210  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3625  sodium:dicarboxylate symporter  36.29 
 
 		 408 aa  208  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003079  proton/glutamate symporter  34.41 
 
 		 419 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000289708  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1571  sodium:dicarboxylate symporter  32.35 
 
 		 402 aa  208  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000275384  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02764  hypothetical protein  34.41 
 
 		 419 aa  206  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1046  sodium:dicarboxylate symporter  34.22 
 
 		 408 aa  205  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0633  Sodium:dicarboxylate symporter  34.52 
 
 		 422 aa  204  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1116  sodium:dicarboxylate symporter  32.6 
 
 		 408 aa  203  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0956  sodium:dicarboxylate symporter  34.26 
 
 		 437 aa  203  5e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>