More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3882 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3115  sodium:dicarboxylate symporter  87.83 
 
 
437 aa  672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000818363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0719  sodium:dicarboxylate symporter  86.03 
 
 
418 aa  642    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3781  sodium:dicarboxylate symporter  93 
 
 
421 aa  700    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0549433  hitchhiker  0.000150842 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3882  sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 
424 aa  824    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3670  sodium:dicarboxylate symporter  80.73 
 
 
414 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.200681 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4004  proton/glutamate symporter, putative  80.15 
 
 
408 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3853  sodium:dicarboxylate symporter  80.73 
 
 
414 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  unclonable  0.0000161512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3727  sodium:dicarboxylate symporter  80.73 
 
 
414 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0642  sodium:dicarboxylate symporter  80 
 
 
416 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0671  sodium:dicarboxylate symporter  80.49 
 
 
414 aa  598  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0642  sodium:dicarboxylate symporter  79.51 
 
 
416 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000153755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3378  sodium:dicarboxylate symporter  79.27 
 
 
416 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00033988 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0595  sodium:dicarboxylate symporter  79.95 
 
 
414 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.1634  normal  0.0311958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2987  sodium:dicarboxylate symporter  76.76 
 
 
417 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0529  sodium:dicarboxylate symporter  79.28 
 
 
373 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2949  sodium:dicarboxylate symporter  66.42 
 
 
422 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0598  sodium:dicarboxylate symporter  77.91 
 
 
392 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01133  hypothetical protein  58.39 
 
 
424 aa  457  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004292  proton/glutamate symport protein  57.48 
 
 
424 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0413758  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1325  proton glutamate symport protein  57.04 
 
 
427 aa  425  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.151644  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  41.32 
 
 
436 aa  306  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  41.04 
 
 
436 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0052  proton/glutamate symporter  41.5 
 
 
433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04867  glutamate-aspartate symport protein  41.56 
 
 
434 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  39.56 
 
 
442 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  40.55 
 
 
437 aa  298  2e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1281  sodium/dicarboxylate symporter  40.34 
 
 
434 aa  297  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2359  sodium:dicarboxylate symporter  39.95 
 
 
449 aa  295  7e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  39.9 
 
 
437 aa  295  9e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  40.05 
 
 
440 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  40.05 
 
 
440 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  40.05 
 
 
440 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  39.8 
 
 
440 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  39.9 
 
 
437 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1194  putative proton/glutamate symporter  39.48 
 
 
447 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17283  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2227  sodium:dicarboxylate symporter  40.2 
 
 
439 aa  293  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.49503  hitchhiker  0.00495377 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001114  proton/glutamate symporter  40.34 
 
 
434 aa  294  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.602578  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  39.9 
 
 
437 aa  293  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2481  sodium:dicarboxylate symporter  39.4 
 
 
436 aa  292  6e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1319  sodium:dicarboxylate symporter  39.4 
 
 
437 aa  290  3e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0460332  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1338  proton/glutamate symporter  38.97 
 
 
445 aa  281  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2253  sodium:dicarboxylate symporter  38.81 
 
 
441 aa  271  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2331  sodium:dicarboxylate symporter  39.9 
 
 
438 aa  269  8e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.712611  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2121  sodium:dicarboxylate symporter  39.01 
 
 
457 aa  266  5e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.343777  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1836  sodium/proton:dicarboxylate (glutamate) symporter  38.77 
 
 
457 aa  265  2e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0366  sodium:dicarboxylate symporter  38.14 
 
 
457 aa  261  1e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538008  hitchhiker  0.000704417 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02356  putative proton/glutamate symporter  37.17 
 
 
448 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.126636  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0510  sodium:dicarboxylate symporter  37.41 
 
 
425 aa  257  3e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.249513  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11810  Na+/H+ dicarboxylate symporter  37.11 
 
 
440 aa  255  1.0000000000000001e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0215347 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1097  sodium:dicarboxylate symporter  37.99 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0646  Na+/H+ - glutamate/aspartate symport protein  36.74 
 
 
436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1508  proton/glutamate symporter family protein  37.35 
 
 
411 aa  244  3e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1547  proton/glutamate symporter family protein  37.35 
 
 
411 aa  244  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0277859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1441  proton/glutamate symporter family protein  37.59 
 
 
411 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.221753  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3902  proton/glutamate symporter family protein  37.35 
 
 
411 aa  243  5e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2349  sodium:dicarboxylate symporter  35.82 
 
 
409 aa  243  5e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1300  proton/glutamate symporter family protein  37.12 
 
 
411 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1273  sodium:dicarboxylate symporter family protein  37.12 
 
 
411 aa  241  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1274  sodium:dicarboxylate symporter family protein  37.12 
 
 
411 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1408  proton/glutamate symporter family protein  37.12 
 
 
411 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1479  proton/glutamate symporter family protein  37.12 
 
 
411 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  33.64 
 
 
444 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  33.64 
 
 
444 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  33.64 
 
 
444 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  33.64 
 
 
444 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1311  sodium:dicarboxylate symporter  36.66 
 
 
411 aa  237  3e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  32.92 
 
 
424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  32.68 
 
 
435 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  32.68 
 
 
440 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  32.68 
 
 
440 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04780  Na+/H+ dicarboxylate symporter  36.43 
 
 
445 aa  233  6e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.126443  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  33.33 
 
 
443 aa  230  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0129  sodium:dicarboxylate symporter  36.24 
 
 
417 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.957581  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1114  sodium:dicarboxylate symporter  36.01 
 
 
411 aa  229  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.819191  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  34.96 
 
 
432 aa  229  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  34.96 
 
 
433 aa  227  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  35.95 
 
 
430 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  32.99 
 
 
449 aa  224  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0681  sodium:dicarboxylate symporter family protein  33.5 
 
 
409 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.442764  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1904  sodium:dicarboxylate symporter  32.38 
 
 
409 aa  220  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.374206 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1067  sodium:dicarboxylate symporter  33.88 
 
 
410 aa  218  2e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000677504  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4211  sodium:dicarboxylate symporter  34.27 
 
 
416 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0148  sodium:dicarboxylate symporter  34.27 
 
 
416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.319254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0144  sodium:dicarboxylate symporter  34.02 
 
 
416 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0147  sodium:dicarboxylate symporter  34.02 
 
 
416 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0147  sodium:dicarboxylate symporter  34.3 
 
 
409 aa  216  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2890  sodium:dicarboxylate symporter  33.98 
 
 
424 aa  215  9e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0142  sodium:dicarboxylate symporter  34.04 
 
 
409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0142  sodium:dicarboxylate symporter  33.77 
 
 
409 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02547  proton/glutamate symporter  34.39 
 
 
417 aa  212  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0616  sodium:dicarboxylate symporter  35.24 
 
 
413 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0157  proton/glutamate symporter  33.77 
 
 
412 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1571  sodium:dicarboxylate symporter  33.66 
 
 
402 aa  209  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000275384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1116  sodium:dicarboxylate symporter  34.21 
 
 
408 aa  208  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400391  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02764  hypothetical protein  35.61 
 
 
419 aa  207  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0145  sodium:dicarboxylate symporter  33.59 
 
 
416 aa  206  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003079  proton/glutamate symporter  34.9 
 
 
419 aa  206  7e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000289708  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1046  sodium:dicarboxylate symporter  35.19 
 
 
408 aa  205  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176022  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0956  sodium:dicarboxylate symporter  34.77 
 
 
437 aa  204  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3625  sodium:dicarboxylate symporter  35.08 
 
 
408 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>