More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0320 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0320  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 724 aa  1471    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.804033  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0706  helix-turn-helix domain-containing protein  48.88 
 
 		 716 aa  678    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0691  helix-turn-helix domain-containing protein  48.88 
 
 		 716 aa  678    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1972  AraC family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 701 aa  101  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000433091  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2405  helix-turn-helix domain-containing protein  26.89 
 
 		 701 aa  88.6  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.269245  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2452  helix-turn-helix domain-containing protein  26.89 
 
 		 701 aa  88.6  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0494728  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 686 aa  68.2  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 686 aa  68.2  0.0000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 309 aa  66.6  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  23.9 
 
 		 745 aa  66.2  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 301 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3152  sigma-54 factor, interaction region  32.32 
 
 		 440 aa  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  23.9 
 
 		 745 aa  66.2  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  25 
 
 		 316 aa  66.6  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 322 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  20.5 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1772  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  30.36 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  30.21 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  30.21 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  31.31 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  31.31 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  31.31 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  31.31 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 276 aa  63.5  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  30.3 
 
 		 304 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 299 aa  63.5  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000031891  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 291 aa  63.9  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 319 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  25 
 
 		 255 aa  62.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 427 aa  63.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  26.47 
 
 		 299 aa  62.8  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 335 aa  62.4  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2238  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 297 aa  62  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4523  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 494 aa  62  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.027207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  30.3 
 
 		 497 aa  62  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  30.21 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 344 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 409 aa  61.6  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 773 aa  61.6  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  23.33 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 288 aa  60.1  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 319 aa  60.1  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  22.5 
 
 		 318 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 289 aa  59.7  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 287 aa  60.1  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  29.17 
 
 		 307 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  32 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 362 aa  59.7  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  21.63 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 359 aa  59.7  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  32.04 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  32.04 
 
 		 283 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  23.04 
 
 		 272 aa  58.9  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 349 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  32.04 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 289 aa  58.9  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 259 aa  59.3  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  32.04 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1007  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114104 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 532 aa  58.9  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2404  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0717  AraC family transcriptional regulator  21.6 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 519 aa  58.5  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>