More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1588 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1588  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 
153 aa  307  4e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0204  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.59 
 
 
147 aa  141  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2547  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.48 
 
 
142 aa  135  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.758716  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3290  3-dehydroquinate dehydratase  47.01 
 
 
152 aa  134  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.267239  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1119  3-dehydroquinate dehydratase  48.63 
 
 
153 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1000  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.52 
 
 
146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.178462  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1544  3-dehydroquinate dehydratase  44.52 
 
 
166 aa  130  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5252  3-dehydroquinate dehydratase  52.41 
 
 
146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2300  3-dehydroquinate dehydratase  48.94 
 
 
148 aa  129  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.562117  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  50.75 
 
 
146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.72 
 
 
142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1538  3-dehydroquinate dehydratase  49.64 
 
 
145 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3022  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 
147 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00285164  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1223  3-dehydroquinate dehydratase  47.95 
 
 
151 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1714  3-dehydroquinate dehydratase  47.69 
 
 
145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.011115  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2796  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.04 
 
 
138 aa  127  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.396749  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0045  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.45 
 
 
144 aa  127  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.152368  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1028  3-dehydroquinate dehydratase  47.95 
 
 
151 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1707  3-dehydroquinate dehydratase  47.95 
 
 
146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0954  3-dehydroquinate dehydratase  46.9 
 
 
148 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0330586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5387  3-dehydroquinate dehydratase  49.31 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.435849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  49.64 
 
 
145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1789  3-dehydroquinate dehydratase  50.72 
 
 
145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1210  3-dehydroquinate dehydratase  49.29 
 
 
151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3500  3-dehydroquinate dehydratase  50.39 
 
 
155 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.651593 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3376  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 
147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0246  3-dehydroquinate dehydratase, type II  50 
 
 
156 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0123  3-dehydroquinate dehydratase  51.13 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.573144  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21280  3-dehydroquinate dehydratase  48.18 
 
 
150 aa  125  3e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.775201  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1436  3-dehydroquinate dehydratase  47.86 
 
 
151 aa  125  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.767902  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4097  3-dehydroquinate dehydratase, type II  48.2 
 
 
165 aa  124  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.517045  normal  0.0424658 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1094  3-dehydroquinate dehydratase  47.95 
 
 
191 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.280773  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0784  3-dehydroquinate dehydratase  44.9 
 
 
173 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.559355  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  46.32 
 
 
150 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0209  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
155 aa  124  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0306548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4902  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 
146 aa  124  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  48.61 
 
 
148 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1848  3-dehydroquinate dehydratase  48.2 
 
 
143 aa  123  9e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.690997  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2695  3-dehydroquinate dehydratase, type II  43.07 
 
 
145 aa  123  9e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.800528 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3467  3-dehydroquinate dehydratase  47.45 
 
 
149 aa  122  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0908  3-dehydroquinate dehydratase  48.46 
 
 
157 aa  123  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3145  3-dehydroquinate dehydratase  47.76 
 
 
146 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal  0.502836 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0904  3-dehydroquinate dehydratase  48.46 
 
 
176 aa  123  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1242  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.04 
 
 
145 aa  123  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1397  3-dehydroquinate dehydratase  46.1 
 
 
154 aa  122  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000192408  normal  0.601404 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0849  3-dehydroquinate dehydratase  43.8 
 
 
142 aa  122  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00904578  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1698  3-dehydroquinate dehydratase, type II  41.26 
 
 
145 aa  122  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3520  3-dehydroquinate dehydratase  41.1 
 
 
145 aa  122  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000267198  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0571  3-dehydroquinate dehydratase  44.06 
 
 
144 aa  122  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3916  3-dehydroquinate dehydratase  49.28 
 
 
150 aa  122  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.491166  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2433  3-dehydroquinate dehydratase  44.59 
 
 
149 aa  122  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.587468  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5319  3-dehydroquinate dehydratase  48.32 
 
 
149 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1913  3-dehydroquinate dehydratase  45.26 
 
 
152 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.643127  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0586  3-dehydroquinate dehydratase  44.06 
 
 
144 aa  122  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1050  3-dehydroquinate dehydratase  43.92 
 
 
147 aa  122  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000995076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1044  3-dehydroquinate dehydratase  47.55 
 
 
148 aa  121  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.983383  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3059  3-dehydroquinate dehydratase  51.85 
 
 
157 aa  121  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00663855  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0695  3-dehydroquinate dehydratase  40.14 
 
 
146 aa  121  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.114768  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7090  3-dehydroquinate dehydratase  47.76 
 
 
147 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0544  3-dehydroquinate dehydratase  42.22 
 
 
152 aa  120  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 
148 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0768  3-dehydroquinate dehydratase  43.71 
 
 
167 aa  120  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000317323  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1841  3-dehydroquinate dehydratase  47.48 
 
 
143 aa  120  7e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.226528  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3731  3-dehydroquinate dehydratase  45.71 
 
 
157 aa  120  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318206  hitchhiker  0.00144149 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1784  3-dehydroquinate dehydratase  49.28 
 
 
147 aa  120  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.851396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  46.72 
 
 
149 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
149 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  46.56 
 
 
151 aa  120  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1172  3-dehydroquinate dehydratase  45.45 
 
 
162 aa  119  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00149838  normal  0.362195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
152 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2178  3-dehydroquinate dehydratase  47.76 
 
 
148 aa  120  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0344  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
151 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.960001  normal  0.658958 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2867  3-dehydroquinate dehydratase  46.76 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15470  3-dehydroquinate dehydratase  48.91 
 
 
143 aa  119  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.363675  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1198  3-dehydroquinate dehydratase  41.91 
 
 
141 aa  120  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3174  3-dehydroquinate dehydratase  46.72 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.715681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.36 
 
 
184 aa  119  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1731  3-dehydroquinate dehydratase  42.55 
 
 
141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2628  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0941  3-dehydroquinate dehydratase  43.45 
 
 
178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  45.77 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0932  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2778  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1164  3-dehydroquinate dehydratase  48.25 
 
 
207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3860  3-dehydroquinate dehydratase  45.39 
 
 
148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0470796 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0211  3-dehydroquinate dehydratase  42.76 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.324309  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3392  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
158 aa  118  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5950  3-dehydroquinate dehydratase  47.76 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0375239  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5193  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4214  3-dehydroquinate dehydratase  47.79 
 
 
163 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392467  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4964  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
151 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0222066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3063  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
151 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.816098  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1276  3-dehydroquinate dehydratase  44.08 
 
 
158 aa  118  3e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000824277  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0695  3-dehydroquinate dehydratase  42.14 
 
 
144 aa  118  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0103169  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4665  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
151 aa  118  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5304  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
151 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4756  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 
141 aa  118  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1751  3-dehydroquinate dehydratase  42.48 
 
 
156 aa  118  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0911231  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2058  3-dehydroquinate dehydratase  44.59 
 
 
193 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0533  3-dehydroquinate dehydratase  45.77 
 
 
151 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>