65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2157 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2157  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  269  9e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2002  2-methylcitrate dehydratase  43.75 
 
 		 488 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.213723 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6862  2-methylcitrate dehydratase  37.33 
 
 		 483 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.195603  normal  0.185199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2902  2-methylcitrate dehydratase  38.67 
 
 		 483 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0404  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0422  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.649578  normal  0.0549377 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0410  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282165 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0402  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000295232 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4353  2-methylcitrate dehydratase  37.33 
 
 		 483 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0655  2-methylcitrate dehydratase  37.33 
 
 		 483 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.781921  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3272  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3291  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  57  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0399  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  57  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0358  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  57  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0405  2-methylcitrate dehydratase  40.28 
 
 		 483 aa  57  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0871  2-methylcitrate dehydratase  39.73 
 
 		 483 aa  57  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000221374  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0799  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1754  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.723906  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0494  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2339  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2477  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1824  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 483 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1616  2-methylcitrate dehydratase  42.86 
 
 		 502 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0464  2-methylcitrate dehydratase  37.5 
 
 		 483 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0004098  hitchhiker  0.00000887617 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0365  2-methylcitrate dehydratase  38.89 
 
 		 483 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4654  2-methylcitrate dehydratase  36 
 
 		 484 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0172434  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00288  2-methylcitrate dehydratase  38.89 
 
 		 483 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2157  2-methylcitrate dehydratase  34.67 
 
 		 483 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3306  2-methylcitrate dehydratase  34.67 
 
 		 483 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.494444 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3024  2-methylcitrate dehydratase  35.53 
 
 		 486 aa  52.8  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3822  2-methylcitrate dehydratase  34.67 
 
 		 483 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.238522 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1507  2-methylcitrate dehydratase  35.62 
 
 		 482 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.371923  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3929  2-methylcitrate dehydratase  36.36 
 
 		 483 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3599  2-methylcitrate dehydratase  36.36 
 
 		 483 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.464722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4438  2-methylcitrate dehydratase  36.36 
 
 		 483 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1486  2-methylcitrate dehydratase  32.47 
 
 		 482 aa  48.1  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1497  2-methylcitrate dehydratase  32.47 
 
 		 482 aa  48.1  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1572  2-methylcitrate dehydratase  34.25 
 
 		 481 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.342813  normal  0.548797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0651  2-methylcitrate dehydratase  32.88 
 
 		 485 aa  46.2  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0799  2-methylcitrate dehydratase  33.78 
 
 		 481 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0923  2-methylcitrate dehydratase  38.33 
 
 		 495 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.855648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2601  2-methylcitrate dehydratase  33.33 
 
 		 484 aa  45.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000141042  decreased coverage  0.0000146252 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2207  2-methylcitrate dehydratase  31.71 
 
 		 483 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.50931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1768  2-methylcitrate dehydratase  36.07 
 
 		 494 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0512259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1162  2-methylcitrate dehydratase  28.57 
 
 		 474 aa  44.3  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.696099  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1032  2-methylcitrate dehydratase  28.57 
 
 		 474 aa  43.9  0.0006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2349  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1725  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3009  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.51966 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2368  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2316  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2112  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2126  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2189  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2157  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2451  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0986896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2377  2-methylcitrate dehydratase  30.56 
 
 		 478 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.470978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1662  2-methylcitrate dehydratase  32.26 
 
 		 492 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.414028  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06639  2-methylcitrate dehydratase (Eurofung)  35.59 
 
 		 635 aa  42.4  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.738113  normal  0.139435 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2402  2-methylcitrate dehydratase  28 
 
 		 470 aa  42.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.290074  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54000  2-methylcitrate dehydratase  31.67 
 
 		 494 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1302  2-methylcitrate dehydratase  34.43 
 
 		 500 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4727  2-methylcitrate dehydratase  31.67 
 
 		 494 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.234183  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2419  2-methylcitrate dehydratase  32.79 
 
 		 494 aa  40.4  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00018845  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1070  2-methylcitrate dehydratase  27.03 
 
 		 481 aa  40.4  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327536  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>