54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2105 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2105  conserved hypothetical membrane associated protein  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2499  conserved hypothetical membrane associated protein  99.34 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0471  hypothetical protein  51.56 
 
 		 266 aa  249  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0724  hypothetical protein  47.51 
 
 		 271 aa  242  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1825  hypothetical protein  50.21 
 
 		 281 aa  241  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2818  hypothetical protein  48.54 
 
 		 271 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1025  hypothetical protein  45.89 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1960  hypothetical protein  43.86 
 
 		 249 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0696001  normal  0.328417 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3086  hypothetical protein  41.13 
 
 		 253 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2677  hypothetical protein  41.13 
 
 		 255 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3126  hypothetical protein  40.34 
 
 		 253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121178  normal  0.557372 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4155  hypothetical protein  40.08 
 
 		 260 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2732  hypothetical protein  36.52 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582474 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2579  hypothetical protein  29.18 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.262093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1474  putative secreted protein  28.43 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2188  hypothetical protein  26.82 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.327297  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1964  sulphur oxidation protein SoxZ  25.26 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5953  hypothetical protein  30.43 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5984  Sulphur oxidation protein SoxZ  29.25 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213982  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5759  sulphur oxidation protein SoxZ  29.81 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356001  normal  0.420331 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0470  sulphur oxidation protein SoxZ  23.79 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1248  hypothetical protein  23.62 
 
 		 268 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3949  sulphur oxidation protein SoxZ  23.62 
 
 		 270 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2590  hypothetical protein  23.23 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3116  hypothetical protein  25.1 
 
 		 287 aa  52  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1933  secreted protein-like protein  26.52 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2085  hypothetical protein  27.4 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2436  thiosulfate-binding protein SoxY  29.21 
 
 		 156 aa  49.7  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3423  twin-arginine translocation pathway signal  30.48 
 
 		 151 aa  49.7  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3255  twin-arginine translocation pathway signal  29.52 
 
 		 151 aa  49.7  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.708018  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0603  sulfur oxidation protein SoxY-like  31.43 
 
 		 155 aa  49.7  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1668  hypothetical protein  33.7 
 
 		 168 aa  48.9  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.615495 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1269  hypothetical protein  26.51 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3129  hypothetical protein  31.48 
 
 		 156 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3457  hypothetical protein  31.48 
 
 		 156 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3716  thiosulfate-binding protein SoxY  28.12 
 
 		 156 aa  48.9  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3111  sulphur oxidation protein SoxZ  23.39 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1777  sulphur oxidation protein SoxZ  25.11 
 
 		 288 aa  47.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0268772  normal  0.263513 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3455  sulfur oxidation protein SoxZ  30.09 
 
 		 151 aa  47  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0297  hypothetical protein  28.28 
 
 		 270 aa  47  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.094043  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3091  hypothetical protein  26.17 
 
 		 157 aa  45.8  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1036  twin-arginine translocation pathway signal  25.71 
 
 		 150 aa  45.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.851465  normal  0.608263 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1941  transmembrane proetin, twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 		 161 aa  45.4  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.310048  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3185  sulphur oxidation protein SoxZ  24.81 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3044  secreted protein-like protein  28.93 
 
 		 164 aa  44.3  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.906276  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0803  twin-arginine translocation pathway signal  25.71 
 
 		 150 aa  44.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1775  sulphur oxidation protein SoxZ  24.27 
 
 		 271 aa  44.3  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.656223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2111  Sulphur oxidation protein SoxZ  24.27 
 
 		 271 aa  44.3  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0330798  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3259  hypothetical protein  29.3 
 
 		 163 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1521  sulfur oxidation protein SoxY  26.54 
 
 		 157 aa  43.5  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3132  hypothetical protein  24.76 
 
 		 155 aa  42.7  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0376986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1736  Sulphur oxidation protein SoxZ  24.27 
 
 		 276 aa  42.7  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0906906  normal  0.298027 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3782  hypothetical protein  29.52 
 
 		 152 aa  42.4  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0516  sulfur oxidation protein SoxY  21.85 
 
 		 155 aa  42.4  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000407688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>