86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3782 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3782  hypothetical protein  100 
 
 
152 aa  304  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2436  thiosulfate-binding protein SoxY  74.19 
 
 
156 aa  229  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1474  putative secreted protein  50 
 
 
258 aa  151  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1668  hypothetical protein  58.28 
 
 
168 aa  150  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.615495 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3132  hypothetical protein  54.62 
 
 
155 aa  150  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0376986  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1036  twin-arginine translocation pathway signal  49.67 
 
 
150 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.851465  normal  0.608263 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0803  twin-arginine translocation pathway signal  50.33 
 
 
150 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2629  twin-arginine translocation pathway signal  46.75 
 
 
155 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593919  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2284  hypothetical protein  48.37 
 
 
162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0560175  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1667  hypothetical protein  48.37 
 
 
162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.90923  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3255  twin-arginine translocation pathway signal  45.64 
 
 
151 aa  128  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.708018  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1591  hypothetical protein  47.71 
 
 
162 aa  127  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3259  hypothetical protein  47.02 
 
 
163 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3423  twin-arginine translocation pathway signal  44.97 
 
 
151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0566  transmembrane proetin, twin-arginine translocation pathway signal  50.77 
 
 
155 aa  125  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000123827  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3457  hypothetical protein  47.02 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3129  hypothetical protein  47.02 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2072  sulfur oxidation protein SoxY-like protein  43.04 
 
 
156 aa  105  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3091  hypothetical protein  36.54 
 
 
157 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0037  sulfur oxidation protein SoxY-like protein  33.97 
 
 
155 aa  94.4  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2221  sulfur oxidation protein SoxY-like protein  33.97 
 
 
155 aa  94.4  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.558685  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0812  twin-arginine translocation pathway signal  35.76 
 
 
153 aa  93.6  9e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000529367  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0145  sulfur oxidation protein precursor SoxY domain-containing protein  44.35 
 
 
162 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0603  sulfur oxidation protein SoxY-like  39.39 
 
 
155 aa  93.2  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3675  sulfur oxidation protein  42.06 
 
 
165 aa  92  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.570689  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0696  sulfur oxidation protein precursor SoxY domain-containing protein  35.9 
 
 
164 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0123  transmembrane proetin, twin-arginine translocation pathway signal  35.44 
 
 
157 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3716  thiosulfate-binding protein SoxY  37.34 
 
 
156 aa  85.9  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143807  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0516  sulfur oxidation protein SoxY  37.66 
 
 
155 aa  84.7  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000407688  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1941  transmembrane proetin, twin-arginine translocation pathway signal  35.07 
 
 
161 aa  84.3  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.310048  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3044  secreted protein-like protein  36.36 
 
 
164 aa  83.6  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.906276  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1923  twin-arginine translocation pathway signal  35.76 
 
 
153 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.921102  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4157  sulfur oxidation protein SoxY  38.6 
 
 
156 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4151  sulfur oxidation protein SoxY  40.87 
 
 
140 aa  77.4  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.877124 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2058  sulfur oxidation protein  33.99 
 
 
150 aa  77.4  0.00000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000379196  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3672  sulfur oxidation protein SoxY  36.69 
 
 
150 aa  77  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316792  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1908  thiosulfate-binding protein SoxY  35.92 
 
 
163 aa  76.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00695588  normal  0.0814173 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1258  sulfur covalently-binding protein  37.91 
 
 
154 aa  74.3  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1521  sulfur oxidation protein SoxY  35.44 
 
 
157 aa  73.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2806  sulfur oxidation protein SoxY  43.14 
 
 
138 aa  71.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.283582 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3455  sulfur oxidation protein SoxZ  40.54 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1987  sulfur compound-chelating protein SoxY  42.53 
 
 
148 aa  69.3  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229535  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4371  sulfur oxidation protein SoxY  36.52 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1470  hypothetical protein  31.48 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000774521  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0261  thiosulfate-binding protein SoxY  33.97 
 
 
155 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00586003  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0008  thiosulfate-binding protein SoxY  36 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000479994  hitchhiker  0.00586011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4960  sulfur oxidation protein SoxY  33.88 
 
 
154 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3917  sulfur oxidation protein SoxY  39.36 
 
 
138 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.326737 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4255  sulfur oxidation protein SoxY  33.06 
 
 
154 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.11078  normal  0.239592 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2857  sulfur oxidation protein SoxY  33.12 
 
 
153 aa  61.2  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2188  hypothetical protein  32 
 
 
283 aa  58.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.327297  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0009  thiosulfate-binding protein SoxY  27.7 
 
 
145 aa  58.2  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.616931  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3116  hypothetical protein  32.12 
 
 
287 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0471  hypothetical protein  31.17 
 
 
266 aa  57  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5759  sulphur oxidation protein SoxZ  36.08 
 
 
269 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356001  normal  0.420331 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1025  hypothetical protein  36.94 
 
 
256 aa  53.9  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1269  hypothetical protein  32 
 
 
280 aa  53.9  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790284  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2085  hypothetical protein  31.45 
 
 
272 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0065  sulfur oxidation protein SoxY  33.04 
 
 
158 aa  51.6  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2997  thiosulfate-binding protein SoxY  29.32 
 
 
157 aa  51.6  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000764918  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5984  Sulphur oxidation protein SoxZ  31.96 
 
 
266 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2818  hypothetical protein  31.25 
 
 
271 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0297  hypothetical protein  30.93 
 
 
270 aa  50.8  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.094043  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1775  sulphur oxidation protein SoxZ  36.56 
 
 
271 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.656223  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2111  Sulphur oxidation protein SoxZ  36.56 
 
 
271 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0330798  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1736  Sulphur oxidation protein SoxZ  36.56 
 
 
276 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0906906  normal  0.298027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2763  sulfur oxidation protein SoxY  30.43 
 
 
162 aa  50.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1576  sulfur oxidation protein SoxY  30.72 
 
 
156 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5953  hypothetical protein  34.02 
 
 
278 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1777  sulphur oxidation protein SoxZ  37.11 
 
 
288 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0268772  normal  0.263513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7669  sulfur oxidation protein SoxY  28.83 
 
 
153 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3111  sulphur oxidation protein SoxZ  33.7 
 
 
277 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6957  sulfur oxidation protein SoxY  30.93 
 
 
153 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0029  thiosulfate-binding protein SoxY  26.55 
 
 
133 aa  48.5  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2358  hypothetical protein  30 
 
 
256 aa  47.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1964  sulphur oxidation protein SoxZ  34 
 
 
279 aa  47  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128179  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1681  thiosulfate-binding protein SoxY  25.6 
 
 
155 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3185  sulphur oxidation protein SoxZ  34.04 
 
 
276 aa  46.2  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0724  hypothetical protein  27.45 
 
 
271 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2590  hypothetical protein  26.36 
 
 
268 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1933  secreted protein-like protein  27.91 
 
 
268 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1156  hypothetical protein  28.57 
 
 
161 aa  42.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1248  hypothetical protein  25.58 
 
 
268 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1825  hypothetical protein  26.72 
 
 
281 aa  41.6  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2499  conserved hypothetical membrane associated protein  29.52 
 
 
302 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2105  conserved hypothetical membrane associated protein  29.52 
 
 
302 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178772  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>