55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1960 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1960  hypothetical protein  100 
 
 		 249 aa  499  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0696001  normal  0.328417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2677  hypothetical protein  63.64 
 
 		 255 aa  330  9e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3086  hypothetical protein  63.24 
 
 		 253 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3126  hypothetical protein  62.85 
 
 		 253 aa  324  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121178  normal  0.557372 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2732  hypothetical protein  44.98 
 
 		 255 aa  197  9e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582474 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2818  hypothetical protein  45.69 
 
 		 271 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2499  conserved hypothetical membrane associated protein  44.3 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2105  conserved hypothetical membrane associated protein  43.86 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1025  hypothetical protein  44.05 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0724  hypothetical protein  43.9 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4155  hypothetical protein  43.78 
 
 		 260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1825  hypothetical protein  40.25 
 
 		 281 aa  168  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0471  hypothetical protein  38.49 
 
 		 266 aa  164  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2579  hypothetical protein  28.14 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.262093 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0297  hypothetical protein  32.72 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.094043  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5759  sulphur oxidation protein SoxZ  32.86 
 
 		 269 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356001  normal  0.420331 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1248  hypothetical protein  29.39 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5953  hypothetical protein  26.48 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5984  Sulphur oxidation protein SoxZ  31.43 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213982  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1933  secreted protein-like protein  30.41 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2590  hypothetical protein  30.41 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1474  putative secreted protein  31.35 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1777  sulphur oxidation protein SoxZ  29.38 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0268772  normal  0.263513 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0470  sulphur oxidation protein SoxZ  27.31 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1964  sulphur oxidation protein SoxZ  27.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2358  hypothetical protein  25.75 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3949  sulphur oxidation protein SoxZ  29.73 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2857  sulfur oxidation protein SoxY  34.38 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3185  sulphur oxidation protein SoxZ  25.68 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1736  Sulphur oxidation protein SoxZ  27.19 
 
 		 276 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0906906  normal  0.298027 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3455  sulfur oxidation protein SoxZ  31.91 
 
 		 151 aa  54.7  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2188  hypothetical protein  28.07 
 
 		 283 aa  53.1  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.327297  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3116  hypothetical protein  27.78 
 
 		 287 aa  53.1  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3111  sulphur oxidation protein SoxZ  26.86 
 
 		 277 aa  52.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1775  sulphur oxidation protein SoxZ  27.78 
 
 		 271 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.656223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2111  Sulphur oxidation protein SoxZ  27.78 
 
 		 271 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0330798  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2085  hypothetical protein  26.69 
 
 		 272 aa  51.6  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1521  sulfur oxidation protein SoxY  28.57 
 
 		 157 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1668  hypothetical protein  30.11 
 
 		 168 aa  48.1  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.615495 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1269  hypothetical protein  25.35 
 
 		 280 aa  46.6  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2763  sulfur oxidation protein SoxY  33.63 
 
 		 162 aa  46.6  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4960  sulfur oxidation protein SoxY  31.07 
 
 		 154 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0029  thiosulfate-binding protein SoxY  24.64 
 
 		 133 aa  46.2  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0009  thiosulfate-binding protein SoxY  23.66 
 
 		 145 aa  45.8  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.616931  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4255  sulfur oxidation protein SoxY  28.83 
 
 		 154 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.11078  normal  0.239592 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2856  hypothetical protein  24.78 
 
 		 280 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.967749  normal  0.0104603 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3044  secreted protein-like protein  24.19 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.906276  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1468  Sulphur oxidation protein SoxZ  30 
 
 		 109 aa  44.3  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00170779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0145  sulfur oxidation protein precursor SoxY domain-containing protein  25.35 
 
 		 162 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4371  sulfur oxidation protein SoxY  27.03 
 
 		 154 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3423  twin-arginine translocation pathway signal  26.42 
 
 		 151 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3045  hypothetical protein  32.61 
 
 		 104 aa  43.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3255  twin-arginine translocation pathway signal  25.47 
 
 		 151 aa  42.7  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.708018  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2858  Sulfur oxidation protein SoxZ  32.1 
 
 		 108 aa  42.7  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2997  thiosulfate-binding protein SoxY  27.27 
 
 		 157 aa  42.4  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000764918  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>