60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3111 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3111  sulphur oxidation protein SoxZ  100 
 
 		 277 aa  553  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2085  hypothetical protein  50.42 
 
 		 272 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3116  hypothetical protein  44.2 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0297  hypothetical protein  43.23 
 
 		 270 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.094043  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2188  hypothetical protein  39.23 
 
 		 283 aa  188  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.327297  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1736  Sulphur oxidation protein SoxZ  40.42 
 
 		 276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0906906  normal  0.298027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2111  Sulphur oxidation protein SoxZ  40 
 
 		 271 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0330798  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1775  sulphur oxidation protein SoxZ  40 
 
 		 271 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.656223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5759  sulphur oxidation protein SoxZ  41.67 
 
 		 269 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356001  normal  0.420331 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5984  Sulphur oxidation protein SoxZ  41.84 
 
 		 266 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213982  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1777  sulphur oxidation protein SoxZ  41.8 
 
 		 288 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0268772  normal  0.263513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5953  hypothetical protein  37.69 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3185  sulphur oxidation protein SoxZ  37.01 
 
 		 276 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1964  sulphur oxidation protein SoxZ  37.23 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2358  hypothetical protein  40.25 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0470  sulphur oxidation protein SoxZ  38.17 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3949  sulphur oxidation protein SoxZ  37.45 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2590  hypothetical protein  38.66 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1248  hypothetical protein  37.82 
 
 		 268 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1933  secreted protein-like protein  36.32 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2579  hypothetical protein  26.77 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.262093 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0481  hypothetical protein  30.08 
 
 		 270 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0471  hypothetical protein  25.67 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2732  hypothetical protein  27.42 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1825  hypothetical protein  26.67 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1474  putative secreted protein  31.02 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0724  hypothetical protein  27.04 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2857  sulfur oxidation protein SoxY  37.76 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3716  thiosulfate-binding protein SoxY  30.72 
 
 		 156 aa  54.7  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2818  hypothetical protein  26.94 
 
 		 271 aa  53.5  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2997  thiosulfate-binding protein SoxY  26.76 
 
 		 157 aa  52.4  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000764918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3455  sulfur oxidation protein SoxZ  32.37 
 
 		 151 aa  52.8  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1960  hypothetical protein  27.27 
 
 		 249 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0696001  normal  0.328417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3126  hypothetical protein  27.14 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121178  normal  0.557372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1025  hypothetical protein  25 
 
 		 256 aa  50.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2499  conserved hypothetical membrane associated protein  23.85 
 
 		 302 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0009  Sulphur oxidation protein SoxZ  30.68 
 
 		 102 aa  48.9  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000324159  hitchhiker  0.00558497 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0803  twin-arginine translocation pathway signal  32 
 
 		 150 aa  48.9  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3782  hypothetical protein  33.7 
 
 		 152 aa  48.9  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3091  hypothetical protein  31.73 
 
 		 157 aa  48.1  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2105  conserved hypothetical membrane associated protein  23.39 
 
 		 302 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3086  hypothetical protein  26.21 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1259  Sulphur oxidation protein SoxZ  40 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1036  twin-arginine translocation pathway signal  31.96 
 
 		 150 aa  48.1  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.851465  normal  0.608263 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2677  hypothetical protein  25.81 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1668  hypothetical protein  32.99 
 
 		 168 aa  46.6  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.615495 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0009  Sulphur oxidation protein SoxZ  26.37 
 
 		 98 aa  45.8  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1470  hypothetical protein  30 
 
 		 162 aa  45.8  0.0007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2436  thiosulfate-binding protein SoxY  32.61 
 
 		 156 aa  45.8  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2629  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 155 aa  45.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1269  hypothetical protein  24.26 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3255  twin-arginine translocation pathway signal  29.9 
 
 		 151 aa  43.9  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.708018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0144  sulphur oxidation protein SoxZ  32.5 
 
 		 103 aa  43.5  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3423  twin-arginine translocation pathway signal  31.18 
 
 		 151 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0262  sulfur compound chelating protein SoxZ  25.93 
 
 		 111 aa  43.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000855271  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2998  sulfur compound chelating protein SoxZ  25.88 
 
 		 111 aa  43.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000490791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3457  hypothetical protein  33 
 
 		 156 aa  42.7  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0516  sulfur oxidation protein SoxY  28.57 
 
 		 155 aa  42.7  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000407688  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1908  thiosulfate-binding protein SoxY  29.17 
 
 		 163 aa  42.7  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00695588  normal  0.0814173 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3129  hypothetical protein  33 
 
 		 156 aa  42.7  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>