49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3949 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3949  sulphur oxidation protein SoxZ  100 
 
 
270 aa  549  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0470  sulphur oxidation protein SoxZ  60.38 
 
 
290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1248  hypothetical protein  50.19 
 
 
268 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2590  hypothetical protein  49.44 
 
 
268 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1933  secreted protein-like protein  48.12 
 
 
268 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5984  Sulphur oxidation protein SoxZ  47.7 
 
 
266 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213982  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5759  sulphur oxidation protein SoxZ  45.61 
 
 
269 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356001  normal  0.420331 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2358  hypothetical protein  48.75 
 
 
256 aa  206  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1777  sulphur oxidation protein SoxZ  44.73 
 
 
288 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0268772  normal  0.263513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5953  hypothetical protein  43.88 
 
 
278 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1964  sulphur oxidation protein SoxZ  42.44 
 
 
279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128179  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1736  Sulphur oxidation protein SoxZ  42.06 
 
 
276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0906906  normal  0.298027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1775  sulphur oxidation protein SoxZ  42.06 
 
 
271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.656223  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2111  Sulphur oxidation protein SoxZ  42.06 
 
 
271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0330798  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3185  sulphur oxidation protein SoxZ  38.91 
 
 
276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2085  hypothetical protein  38.59 
 
 
272 aa  155  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3111  sulphur oxidation protein SoxZ  38.33 
 
 
277 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0297  hypothetical protein  34.78 
 
 
270 aa  148  8e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.094043  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3116  hypothetical protein  34.91 
 
 
287 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0481  hypothetical protein  31.28 
 
 
270 aa  122  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2579  hypothetical protein  33.05 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.262093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2188  hypothetical protein  30 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.327297  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0471  hypothetical protein  27.66 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1825  hypothetical protein  27.02 
 
 
281 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2732  hypothetical protein  28.57 
 
 
255 aa  59.3  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.582474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1960  hypothetical protein  29.73 
 
 
249 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0696001  normal  0.328417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2818  hypothetical protein  26.67 
 
 
271 aa  56.6  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2105  conserved hypothetical membrane associated protein  23.73 
 
 
302 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.178772  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2499  conserved hypothetical membrane associated protein  23.73 
 
 
302 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0724  hypothetical protein  23.9 
 
 
271 aa  50.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1470  hypothetical protein  33.33 
 
 
162 aa  50.4  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3917  sulfur oxidation protein SoxY  34.74 
 
 
138 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.326737 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1025  hypothetical protein  26.51 
 
 
256 aa  48.9  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4155  hypothetical protein  26.77 
 
 
260 aa  47.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2997  thiosulfate-binding protein SoxY  25 
 
 
157 aa  47  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000764918  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1269  hypothetical protein  23.81 
 
 
280 aa  45.8  0.0008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790284  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1259  Sulphur oxidation protein SoxZ  34.18 
 
 
107 aa  45.8  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1987  sulfur compound-chelating protein SoxY  32 
 
 
148 aa  45.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229535  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2806  sulfur oxidation protein SoxY  33.33 
 
 
138 aa  45.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.283582 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1941  transmembrane proetin, twin-arginine translocation pathway signal  30.85 
 
 
161 aa  45.4  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.310048  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3716  thiosulfate-binding protein SoxY  30.28 
 
 
156 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143807  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0009  Sulphur oxidation protein SoxZ  32.91 
 
 
102 aa  44.3  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000324159  hitchhiker  0.00558497 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2072  sulfur oxidation protein SoxY-like protein  31.72 
 
 
156 aa  44.3  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4151  sulfur oxidation protein SoxY  30.17 
 
 
140 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.877124 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1908  thiosulfate-binding protein SoxY  30.53 
 
 
163 aa  43.9  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00695588  normal  0.0814173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3131  sulfur compound chelating protein SoxZ  30.38 
 
 
103 aa  42.4  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319235  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0516  sulfur oxidation protein SoxY  26.96 
 
 
155 aa  42.4  0.008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000407688  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0695  hypothetical protein  30.77 
 
 
103 aa  42.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4960  sulfur oxidation protein SoxY  32.98 
 
 
154 aa  42  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>