More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2072 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2072  ABC transporter related  100 
 
 		 249 aa  517  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0159024  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2465  ABC transporter related  97.19 
 
 		 249 aa  500  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2260  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  93.17 
 
 		 249 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal  0.463936 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0693  ABC transporter-related protein  90.53 
 
 		 249 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.413615  normal  0.685528 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4041  ABC transporter related  78.14 
 
 		 247 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.662899  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2913  glutamine ABC transporter, ATP-binding protein  68.05 
 
 		 245 aa  353  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6373  ABC transporter related  68.85 
 
 		 254 aa  351  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535484  normal  0.530942 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1428  ATPase  67.22 
 
 		 242 aa  345  5e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2585  ABC transporter related  67.36 
 
 		 244 aa  344  6e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4546  ABC transporter related  66.94 
 
 		 254 aa  340  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.141129 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2152  ABC transporter related  65.56 
 
 		 242 aa  338  5.9999999999999996e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.104649 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2217  ABC transporter related  67.92 
 
 		 243 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565902  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3151  ABC transporter related  65.98 
 
 		 242 aa  335  5e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0859723 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0916  ABC transporter related  65.56 
 
 		 242 aa  333  2e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2028  ABC transporter related  64.02 
 
 		 242 aa  332  4e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00425116  hitchhiker  0.0013644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0894  ABC transporter related  67.63 
 
 		 242 aa  329  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213179  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3745  ABC transporter related  64.29 
 
 		 259 aa  327  8e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0335  ABC transporter related  63.75 
 
 		 249 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.739682  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2788  ABC transporter related  65.42 
 
 		 243 aa  325  3e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7665  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  65.98 
 
 		 255 aa  325  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302467  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1477  ABC transporter related  63.6 
 
 		 242 aa  325  6e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6371  ABC transporter related  67.62 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2805  ABC transporter related protein  64.02 
 
 		 242 aa  323  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2763  ATPase  66.39 
 
 		 243 aa  322  5e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05401  amino-acid ATP-binding ABC transporter protein  67.49 
 
 		 244 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0817  ABC transporter related  62.4 
 
 		 244 aa  319  1.9999999999999998e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.251466  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4549  ABC transporter related  63.09 
 
 		 258 aa  319  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3926  putative amino acid transport protein, ATP-binding protein  62.08 
 
 		 247 aa  319  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296191  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0737  ABC transporter-like  62.92 
 
 		 246 aa  318  3.9999999999999996e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5511  ABC transporter related  63.18 
 
 		 247 aa  318  6e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.233836  decreased coverage  0.000387504 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9237  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  61.25 
 
 		 242 aa  317  9e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185509  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1116  ABC transporter related  61.76 
 
 		 267 aa  317  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5873  ABC transporter related  62.61 
 
 		 273 aa  317  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0996004  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1488  ABC transporter related  62.76 
 
 		 265 aa  317  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.32333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3704  ABC transporter related  62.08 
 
 		 253 aa  316  3e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310389  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0739  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.92 
 
 		 269 aa  315  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1105  ABC transporter related  60.5 
 
 		 258 aa  315  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.750493 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6440  ABC transporter related  60.5 
 
 		 258 aa  315  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02364  ABC-type polar amino acid transport system, ATPase  61.51 
 
 		 249 aa  314  6e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0125  ABC transporter related protein  58.16 
 
 		 246 aa  314  8e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.525287  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3860  ABC transporter related  62.34 
 
 		 253 aa  313  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.192175  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0972  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.67 
 
 		 251 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000308614  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2054  general L-amino acid transport ATP-binding subunit  61.51 
 
 		 249 aa  313  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.3926  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3557  ABC transporter related  61.09 
 
 		 253 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.233351 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0226  ABC transporter related  61.67 
 
 		 253 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.942715  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3416  ABC transporter related  59.92 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003414  ABC-type polar amino acid transport system ATPase component  61.09 
 
 		 249 aa  312  2.9999999999999996e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000616788  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5456  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (amino acid)  61.09 
 
 		 252 aa  312  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1560  ABC transporter related  59.24 
 
 		 257 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.643949 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1757  ABC transporter related  58.82 
 
 		 257 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.931252  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0745  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.5 
 
 		 249 aa  311  5.999999999999999e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0230  ABC transporter related protein  61.25 
 
 		 253 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0862  ABC transporter related  61.92 
 
 		 248 aa  311  6.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.94848 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1075  ABC transporter  61.09 
 
 		 254 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.520778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0976  ABC transporter-like  61.09 
 
 		 254 aa  310  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2846  ABC transporter related  63.03 
 
 		 251 aa  310  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.92934  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2909  ABC transporter related  61.51 
 
 		 246 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.530548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0055  general L-amino acid transport ATP-binding protein  60.94 
 
 		 268 aa  310  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1750  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, ATPase subunit bztD  58.82 
 
 		 262 aa  309  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0396  ABC transporter related  58.82 
 
 		 262 aa  309  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.254108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2561  ABC transporter related  61.09 
 
 		 246 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2554  ABC transporter related  60.08 
 
 		 269 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0405384  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2500  ABC transporter related  59.24 
 
 		 262 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0972134  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1258  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.67 
 
 		 254 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1461  ABC transporter related  61.51 
 
 		 246 aa  309  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0907  ABC transporter related  60.67 
 
 		 254 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2068  ABC transporter related  61.92 
 
 		 247 aa  309  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1702  ABC transporter related  62.66 
 
 		 253 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.478201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2835  ABC transporter related  60.67 
 
 		 246 aa  308  4e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.950118  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2554  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (amino acid)  60.94 
 
 		 256 aa  308  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20723  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1826  ABC transporter related  60.67 
 
 		 247 aa  308  4e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0836397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1526  ABC transporter, ATPase subunit  60.25 
 
 		 247 aa  308  5e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.529546  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0502  ABC transporter related  60.58 
 
 		 244 aa  308  5e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03129  predicted amino-acid transporter subunit  59.83 
 
 		 252 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0435  ABC transporter related protein  59.83 
 
 		 252 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03080  hypothetical protein  59.83 
 
 		 252 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0435  ABC transporter related  59.83 
 
 		 252 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.337414 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3466  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.83 
 
 		 252 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0172997  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1300  general amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.25 
 
 		 254 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4549  ABC transporter related  60.25 
 
 		 254 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4425  ABC transporter related  60.25 
 
 		 254 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.329357 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0321  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport ATP-binding  59.24 
 
 		 258 aa  307  9e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal  0.457002 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4592  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.83 
 
 		 252 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.723887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3566  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.83 
 
 		 252 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.836501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3710  ABC transporter related  59.83 
 
 		 252 aa  307  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.110417 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6378  ABC transporter related  60.92 
 
 		 273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.324634  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5082  ABC transporter related  61.34 
 
 		 244 aa  307  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.27733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3757  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.83 
 
 		 252 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0539181  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4510  ABC transporter related  60.5 
 
 		 266 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00592633  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0630  ABC transporter related  58.82 
 
 		 263 aa  306  2.0000000000000002e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3655  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.83 
 
 		 252 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1551  ABC transporter related protein  63.6 
 
 		 264 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.019793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2552  ABC transporter related  60.67 
 
 		 245 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0221216  normal  0.68713 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3464  ABC transporter related  60 
 
 		 253 aa  305  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3478  ABC transporter related  63.33 
 
 		 242 aa  306  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0297  ABC transporter related  59.24 
 
 		 263 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0591  ABC transporter related  60.67 
 
 		 255 aa  305  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0291942  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3404  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  61.51 
 
 		 240 aa  304  9.000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0452934  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1001  ABC transporter component  59.41 
 
 		 267 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.217472  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0447  amino acid transporter ATP-binding protein  57.44 
 
 		 248 aa  304  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0253286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>