More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4549 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1300  general amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  100 
 
 		 254 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0907  ABC transporter related  99.61 
 
 		 254 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4425  ABC transporter related  100 
 
 		 254 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.329357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4549  ABC transporter related  100 
 
 		 254 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0976  ABC transporter-like  96.06 
 
 		 254 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1258  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  90.55 
 
 		 254 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1075  ABC transporter  90.94 
 
 		 254 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.520778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3557  ABC transporter related  87.8 
 
 		 253 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.233351 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0226  ABC transporter related  83.82 
 
 		 253 aa  437  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.942715  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3704  ABC transporter related  81.71 
 
 		 253 aa  437  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310389  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4592  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.95 
 
 		 252 aa  434  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.723887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3757  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.95 
 
 		 252 aa  434  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0539181  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03129  predicted amino-acid transporter subunit  77.56 
 
 		 252 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0435  ABC transporter related protein  77.56 
 
 		 252 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0435  ABC transporter related  77.56 
 
 		 252 aa  433  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.337414 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3655  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.95 
 
 		 252 aa  432  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3466  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.56 
 
 		 252 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0172997  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0230  ABC transporter related protein  82.57 
 
 		 253 aa  433  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3860  ABC transporter related  81.3 
 
 		 253 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.192175  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3566  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.17 
 
 		 252 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.836501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03080  hypothetical protein  77.56 
 
 		 252 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0739  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  79.03 
 
 		 269 aa  430  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1757  ABC transporter related  78.86 
 
 		 257 aa  427  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.931252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2554  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (amino acid)  81.67 
 
 		 256 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20723  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0745  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  79.03 
 
 		 249 aa  428  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1105  ABC transporter related  78.54 
 
 		 258 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.750493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4549  ABC transporter related  77.29 
 
 		 258 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6440  ABC transporter related  78.54 
 
 		 258 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2554  ABC transporter related  80.42 
 
 		 269 aa  425  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0405384  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1560  ABC transporter related  78.86 
 
 		 257 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.643949 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3710  ABC transporter related  76.77 
 
 		 252 aa  425  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.110417 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1750  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, ATPase subunit bztD  74.62 
 
 		 262 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135417  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1116  ABC transporter related  79.84 
 
 		 267 aa  423  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0396  ABC transporter related  74.62 
 
 		 262 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.254108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2500  ABC transporter related  78.51 
 
 		 262 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0972134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1001  ABC transporter component  77.96 
 
 		 267 aa  418  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.217472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5873  ABC transporter related  80 
 
 		 273 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0996004  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6378  ABC transporter related  80.42 
 
 		 273 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.324634  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0796  ABC transporter related  77.14 
 
 		 257 aa  415  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0630  ABC transporter related  78.1 
 
 		 263 aa  412  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0297  ABC transporter related  77.42 
 
 		 263 aa  413  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0055  general L-amino acid transport ATP-binding protein  75.79 
 
 		 268 aa  408  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0972  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.59 
 
 		 251 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000308614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4396  ABC transporter related  75.1 
 
 		 259 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2054  general L-amino acid transport ATP-binding subunit  75.93 
 
 		 249 aa  405  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.3926  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02364  ABC-type polar amino acid transport system, ATPase  75.93 
 
 		 249 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003414  ABC-type polar amino acid transport system ATPase component  75.93 
 
 		 249 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000616788  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4510  ABC transporter related  76.73 
 
 		 266 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00592633  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0321  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport ATP-binding  76.03 
 
 		 258 aa  403  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal  0.457002 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7857  ABC transporter related  73.79 
 
 		 261 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0123  ABC transporter related  72.33 
 
 		 255 aa  398  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2846  ABC transporter related  75 
 
 		 251 aa  394  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.92934  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3416  ABC transporter related  76.45 
 
 		 251 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1959  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  72.92 
 
 		 251 aa  387  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0443525  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1885  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  72.5 
 
 		 251 aa  384  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00643068  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2909  ABC transporter related  73.33 
 
 		 246 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.530548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2327  ABC transporter related  71.2 
 
 		 252 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.653691  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2561  ABC transporter related  73.33 
 
 		 246 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4427  ABC transporter related  73.64 
 
 		 254 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.120026  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0335  ABC transporter related  72.65 
 
 		 249 aa  384  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.739682  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2987  ABC transporter related  74.17 
 
 		 257 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.715624  normal  0.638101 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1526  ABC transporter, ATPase subunit  71.37 
 
 		 247 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.529546  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2835  ABC transporter related  72.08 
 
 		 246 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.950118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3926  putative amino acid transport protein, ATP-binding protein  71.37 
 
 		 247 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296191  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1488  ABC transporter related  71.2 
 
 		 265 aa  377  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.32333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3950  AABC amino acid transporter, ATPase subunit  72.92 
 
 		 250 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2552  ABC transporter related  69.83 
 
 		 245 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0221216  normal  0.68713 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1702  ABC transporter related  69.57 
 
 		 253 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.478201 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3674  ABC transporter related  74.38 
 
 		 265 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2821  ABC transporter for amino acids ATP-binding protein  70.25 
 
 		 248 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.668457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2825  ABC transporter for amino acids ATP-binding protein  69.83 
 
 		 248 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0478677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5511  ABC transporter related  68.75 
 
 		 247 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.233836  decreased coverage  0.000387504 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3745  ABC transporter related  71.43 
 
 		 259 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2068  ABC transporter related  71.37 
 
 		 247 aa  365  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1599  ABC transporter related  73.97 
 
 		 261 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.920866 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1075  ABC transporter related  67.6 
 
 		 250 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1152  ABC transporter related  69.64 
 
 		 252 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3332  ABC transporter related  71.19 
 
 		 261 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.269585  normal  0.16412 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5456  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (amino acid)  68.75 
 
 		 252 aa  361  5.0000000000000005e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4870  ABC transporter related  69.58 
 
 		 256 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3464  ABC transporter related  69.58 
 
 		 253 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1741  ABC transporter related  70.78 
 
 		 267 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3584  ABC transporter related  64.03 
 
 		 255 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.34638  normal  0.0302261 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5082  ABC transporter related  70.12 
 
 		 244 aa  355  3.9999999999999996e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.27733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0737  ABC transporter-like  66.94 
 
 		 246 aa  353  2e-96  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2525  ABC transporter-like protein protein  68.33 
 
 		 246 aa  353  2e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7087  ABC transporter related  68.57 
 
 		 254 aa  351  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3597  amino acid ABC transporter ATP-binding protein  67.22 
 
 		 260 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.345291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2175  ABC transporter related  67.22 
 
 		 260 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.240046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2319  ABC transporter related  67.22 
 
 		 260 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.328452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1457  ABC transporter related  66.01 
 
 		 253 aa  349  3e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.830633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0519  ABC transporter related  69.29 
 
 		 247 aa  348  7e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5947  ABC transporter related  68.6 
 
 		 254 aa  346  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.274478  normal  0.0218631 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0536  ABC transporter related  68.88 
 
 		 247 aa  346  2e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.80387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2139  ABC transporter-related protein  67.35 
 
 		 251 aa  345  4e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00346625 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2001  ABC transporter related  67.36 
 
 		 258 aa  342  5e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2581  ABC transporter related  64.23 
 
 		 255 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.507078  normal  0.289132 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0985  ABC transporter related  64.73 
 
 		 247 aa  340  1e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.178128 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3400  hypothetical protein  66.67 
 
 		 244 aa  339  2e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0818421  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2812  ABC transporter related  65.56 
 
 		 260 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.844738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>