100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3729 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 393 aa  773    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  87.28 
 
 		 393 aa  653    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  41.51 
 
 		 377 aa  292  7e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  38.52 
 
 		 417 aa  258  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  40.9 
 
 		 429 aa  256  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  36.88 
 
 		 415 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  38.52 
 
 		 420 aa  252  9.000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  33.49 
 
 		 425 aa  250  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  35.02 
 
 		 432 aa  250  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  35.64 
 
 		 435 aa  249  6e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  34.41 
 
 		 397 aa  249  8e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  34.72 
 
 		 420 aa  246  6e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.25 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  37.06 
 
 		 418 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  37.5 
 
 		 420 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  34.63 
 
 		 417 aa  243  3e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  35.54 
 
 		 418 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  37.11 
 
 		 411 aa  243  5e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  36.69 
 
 		 435 aa  243  5e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  35.93 
 
 		 419 aa  243  5e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  36.49 
 
 		 405 aa  242  7e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  33.78 
 
 		 415 aa  241  1e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  41.49 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  41.18 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  35.45 
 
 		 418 aa  239  8e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  35.12 
 
 		 418 aa  239  9e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  36.27 
 
 		 406 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  34.25 
 
 		 422 aa  236  4e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  39.02 
 
 		 431 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  39.01 
 
 		 431 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  36.62 
 
 		 461 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  39.33 
 
 		 406 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  39.32 
 
 		 406 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  37.74 
 
 		 384 aa  236  7e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  39.56 
 
 		 406 aa  236  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  36.76 
 
 		 403 aa  233  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  35.58 
 
 		 419 aa  233  5e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  36.59 
 
 		 502 aa  233  5e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  36.32 
 
 		 406 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  36.92 
 
 		 412 aa  232  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  37.63 
 
 		 409 aa  232  9e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  37.5 
 
 		 411 aa  232  1e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  32.82 
 
 		 413 aa  231  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  38.08 
 
 		 423 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  41.21 
 
 		 428 aa  229  5e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  40.59 
 
 		 404 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  35.34 
 
 		 412 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  34.31 
 
 		 379 aa  227  3e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  36.44 
 
 		 402 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  33.42 
 
 		 422 aa  226  6e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  37.5 
 
 		 406 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  36.89 
 
 		 406 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  36.29 
 
 		 416 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  37.7 
 
 		 410 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  37.56 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 370 aa  224  3e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  36.36 
 
 		 414 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  37.77 
 
 		 406 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  34.81 
 
 		 420 aa  223  6e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  37.5 
 
 		 416 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  35.42 
 
 		 413 aa  219  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  36.54 
 
 		 403 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  38.05 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  36.67 
 
 		 403 aa  218  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  36.61 
 
 		 403 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  35.01 
 
 		 483 aa  217  4e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  38.48 
 
 		 414 aa  216  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  36.56 
 
 		 434 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  35.25 
 
 		 414 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  37.65 
 
 		 414 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  35.32 
 
 		 413 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  34.34 
 
 		 434 aa  212  7.999999999999999e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  35.98 
 
 		 372 aa  209  5e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  34.03 
 
 		 469 aa  206  6e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  35.28 
 
 		 421 aa  203  5e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  36.14 
 
 		 439 aa  193  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  38.8 
 
 		 348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  40.74 
 
 		 400 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  36.02 
 
 		 298 aa  159  9e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  44.25 
 
 		 539 aa  144  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  27.22 
 
 		 331 aa  53.1  0.000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  27.11 
 
 		 330 aa  52.8  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1147  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.47 
 
 		 377 aa  49.7  0.00008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000413421  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.5 
 
 		 609 aa  45.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0074  thiazole biosynthesis protein ThiH  27.18 
 
 		 368 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.799799  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  35.38 
 
 		 181 aa  45.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1100  Radical SAM domain protein  23.65 
 
 		 364 aa  44.7  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00787041  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0144  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 		 352 aa  45.1  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000047373  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.85 
 
 		 181 aa  44.3  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0737  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.97 
 
 		 381 aa  44.3  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1188  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.97 
 
 		 381 aa  44.3  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0705  radical SAM domain-containing protein  21.69 
 
 		 283 aa  44.3  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1065  thiamine biosynthesis protein ThiH  26.97 
 
 		 381 aa  44.3  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0681  radical SAM domain-containing protein  20.34 
 
 		 283 aa  44.3  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0775  thiamine biosynthesis protein ThiH  33.03 
 
 		 370 aa  43.5  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1520  Radical SAM domain protein  21.01 
 
 		 310 aa  43.5  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1598  thiazole biosynthesis protein ThiH  23.91 
 
 		 383 aa  43.1  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4564  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.52 
 
 		 350 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0740318 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4860  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.52 
 
 		 350 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.861086  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4477  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.52 
 
 		 350 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>