85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4056 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 418 aa  872    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  71.46 
 
 		 417 aa  639    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  67.94 
 
 		 420 aa  610  1e-173  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  66.91 
 
 		 418 aa  593  1e-168  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  66.43 
 
 		 418 aa  589  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  63.16 
 
 		 419 aa  554  1e-156  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  65.86 
 
 		 413 aa  551  1e-156  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  59.95 
 
 		 422 aa  524  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  58.75 
 
 		 422 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  55.42 
 
 		 435 aa  479  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  56.69 
 
 		 420 aa  477  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  56.9 
 
 		 432 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  57.18 
 
 		 417 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  57.78 
 
 		 431 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  53.12 
 
 		 461 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  55.56 
 
 		 418 aa  468  9.999999999999999e-131  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  56.67 
 
 		 431 aa  461  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  55.23 
 
 		 420 aa  458  9.999999999999999e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  56.06 
 
 		 419 aa  457  1e-127  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  55.9 
 
 		 428 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  50 
 
 		 435 aa  443  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  53.27 
 
 		 415 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  54.84 
 
 		 429 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  53.37 
 
 		 420 aa  436  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  57.67 
 
 		 415 aa  437  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  49.54 
 
 		 502 aa  422  1e-117  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  48.84 
 
 		 434 aa  419  1e-116  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  51.86 
 
 		 397 aa  419  1e-116  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  54.19 
 
 		 414 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  53.39 
 
 		 413 aa  414  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  54.64 
 
 		 412 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  55.35 
 
 		 403 aa  411  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  51.34 
 
 		 425 aa  410  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  55.35 
 
 		 403 aa  411  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  51.97 
 
 		 410 aa  411  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  49.05 
 
 		 483 aa  411  1e-113  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  52.86 
 
 		 411 aa  408  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  52.89 
 
 		 412 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  54.83 
 
 		 403 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  54.22 
 
 		 410 aa  406  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  51.26 
 
 		 405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  53.66 
 
 		 421 aa  405  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  55.03 
 
 		 403 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  54.95 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  51.04 
 
 		 416 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  53.52 
 
 		 413 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  54.71 
 
 		 403 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  52.24 
 
 		 404 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  53.44 
 
 		 411 aa  404  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  52.88 
 
 		 406 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  52.22 
 
 		 414 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  54.47 
 
 		 409 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  52.88 
 
 		 406 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  52.9 
 
 		 423 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  51.64 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  55.2 
 
 		 416 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  52.08 
 
 		 414 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  53.25 
 
 		 414 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  55.35 
 
 		 406 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  54.93 
 
 		 406 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  54.67 
 
 		 406 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  53.39 
 
 		 406 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  44.14 
 
 		 469 aa  389  1e-107  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  54.85 
 
 		 439 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  53.79 
 
 		 406 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  48.19 
 
 		 434 aa  373  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.35 
 
 		 386 aa  371  1e-101  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  44.33 
 
 		 370 aa  330  4e-89  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  56.54 
 
 		 298 aa  310  4e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  41.71 
 
 		 384 aa  300  3e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  62.24 
 
 		 539 aa  259  8e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  40.21 
 
 		 377 aa  256  4e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  36.41 
 
 		 393 aa  226  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  35.12 
 
 		 393 aa  226  6e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  34.67 
 
 		 386 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  34.93 
 
 		 386 aa  199  9e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  35.1 
 
 		 372 aa  196  6e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  32.2 
 
 		 379 aa  193  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  36.42 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  33.93 
 
 		 348 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  22.3 
 
 		 330 aa  47.4  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2151  biotin synthase  28.99 
 
 		 354 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0394  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 		 322 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 		 331 aa  45.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0181  Radical SAM domain protein  26.09 
 
 		 349 aa  43.1  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>