83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2166 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  85.23 
 
 
386 aa  637    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
386 aa  783    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  40.68 
 
 
377 aa  271  1e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  41.91 
 
 
393 aa  233  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  41.38 
 
 
393 aa  231  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  39.71 
 
 
372 aa  229  5e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  38.3 
 
 
412 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  42.63 
 
 
400 aa  227  2e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  37.56 
 
 
412 aa  226  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.07 
 
 
414 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  37.17 
 
 
435 aa  222  7e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  37.72 
 
 
416 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 
419 aa  221  9.999999999999999e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  35.32 
 
 
420 aa  221  1.9999999999999999e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  35.45 
 
 
417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  35.81 
 
 
418 aa  220  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  37.82 
 
 
423 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  36.81 
 
 
402 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  35.51 
 
 
418 aa  218  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  35.94 
 
 
419 aa  217  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  37.63 
 
 
431 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  33.6 
 
 
432 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  36.19 
 
 
384 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  36.22 
 
 
397 aa  216  7e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  35.96 
 
 
405 aa  215  9.999999999999999e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  37.11 
 
 
431 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  36.03 
 
 
420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.49 
 
 
386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  37.2 
 
 
406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  35.68 
 
 
414 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  40.36 
 
 
429 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  34.81 
 
 
435 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  38.42 
 
 
403 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  37.63 
 
 
406 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  39.79 
 
 
409 aa  212  9e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  34.11 
 
 
422 aa  211  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  35.54 
 
 
420 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  35.26 
 
 
415 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  34.73 
 
 
420 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  36.71 
 
 
483 aa  210  3e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  38.3 
 
 
404 aa  210  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  36.32 
 
 
406 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  35.51 
 
 
411 aa  210  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  37.2 
 
 
428 aa  209  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  35.66 
 
 
411 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  36.57 
 
 
406 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  37 
 
 
370 aa  208  1e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  34.31 
 
 
418 aa  209  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  34.86 
 
 
434 aa  208  1e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  37.16 
 
 
413 aa  208  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  36.78 
 
 
502 aa  207  3e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  34.82 
 
 
417 aa  207  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  37.66 
 
 
406 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  37.7 
 
 
406 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  37.92 
 
 
406 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  37.17 
 
 
434 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  35.19 
 
 
418 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 
415 aa  204  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  37.5 
 
 
416 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  35.28 
 
 
425 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  37.99 
 
 
403 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  37.4 
 
 
410 aa  204  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  35.35 
 
 
414 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  36.32 
 
 
406 aa  202  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 
413 aa  202  9e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  36.65 
 
 
403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  36.65 
 
 
403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  33.07 
 
 
422 aa  200  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  34.6 
 
 
414 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  33.24 
 
 
379 aa  199  6e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  34.95 
 
 
413 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  36.68 
 
 
403 aa  197  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  33.51 
 
 
461 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  36.5 
 
 
439 aa  196  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  32.64 
 
 
410 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  34.11 
 
 
421 aa  186  6e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  33.25 
 
 
469 aa  180  4e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  36.53 
 
 
348 aa  179  1e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  34.25 
 
 
298 aa  146  5e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  41.11 
 
 
539 aa  123  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0437  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.82 
 
 
477 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.809757  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0709  radical SAM domain protein  28.87 
 
 
291 aa  45.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173731  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0230  hypothetical protein  20.92 
 
 
343 aa  43.9  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>