85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2258 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  82.61 
 
 
412 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  100 
 
 
414 aa  845    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  81.4 
 
 
412 aa  693    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  81.29 
 
 
416 aa  700    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  68.81 
 
 
411 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  64.42 
 
 
434 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  63.66 
 
 
414 aa  530  1e-149  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  63.68 
 
 
410 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  61.41 
 
 
423 aa  502  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  64.91 
 
 
406 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  61.65 
 
 
402 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  65.58 
 
 
439 aa  498  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  60.68 
 
 
411 aa  497  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  65.03 
 
 
421 aa  490  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  61.11 
 
 
406 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  61.99 
 
 
414 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  61.74 
 
 
410 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  62.14 
 
 
414 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  60.87 
 
 
416 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  60.77 
 
 
403 aa  483  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  60.77 
 
 
403 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  61.14 
 
 
404 aa  481  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  60.87 
 
 
406 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  62.31 
 
 
403 aa  482  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  59.95 
 
 
403 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  60.63 
 
 
406 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  59.62 
 
 
406 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  58.7 
 
 
406 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  61.56 
 
 
406 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  59.66 
 
 
409 aa  478  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  59.66 
 
 
403 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  61.31 
 
 
406 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  57.28 
 
 
413 aa  467  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  56.04 
 
 
413 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  54.62 
 
 
417 aa  429  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  52.07 
 
 
418 aa  422  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  52.27 
 
 
418 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  53.81 
 
 
422 aa  420  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  54.19 
 
 
418 aa  414  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  53.63 
 
 
419 aa  409  1e-113  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  53.1 
 
 
428 aa  409  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  54.07 
 
 
422 aa  410  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  52.36 
 
 
420 aa  407  1.0000000000000001e-112  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  51.7 
 
 
435 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  53.85 
 
 
420 aa  402  1e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  49.03 
 
 
461 aa  402  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  53.49 
 
 
417 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  52.97 
 
 
419 aa  398  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  54.55 
 
 
420 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  52.7 
 
 
418 aa  395  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  53.39 
 
 
431 aa  396  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  50.39 
 
 
432 aa  398  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  50.5 
 
 
413 aa  394  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  51.78 
 
 
502 aa  389  1e-107  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  48.66 
 
 
435 aa  389  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  50.89 
 
 
425 aa  387  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  51.82 
 
 
431 aa  387  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  52.74 
 
 
415 aa  382  1e-105  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  50.13 
 
 
483 aa  373  1e-102  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  49.28 
 
 
429 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  51.81 
 
 
420 aa  367  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  49.12 
 
 
434 aa  367  1e-100  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  47.91 
 
 
415 aa  367  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  49.25 
 
 
405 aa  355  7.999999999999999e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  48.18 
 
 
397 aa  355  7.999999999999999e-97  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.51 
 
 
386 aa  343  2.9999999999999997e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  43.43 
 
 
469 aa  343  5e-93  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  42.97 
 
 
370 aa  312  5.999999999999999e-84  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  40.2 
 
 
384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  55.05 
 
 
298 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  41.78 
 
 
377 aa  271  2e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  38.9 
 
 
393 aa  232  7.000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  53.66 
 
 
539 aa  232  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  36.51 
 
 
393 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  37.82 
 
 
386 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  34.26 
 
 
379 aa  212  7.999999999999999e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  37.85 
 
 
386 aa  211  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  36.58 
 
 
372 aa  197  3e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  38.34 
 
 
400 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  32.07 
 
 
348 aa  149  7e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1577  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.82 
 
 
339 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.187872  normal  0.347401 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2052  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.53 
 
 
344 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.128137 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1555  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.33 
 
 
348 aa  44.3  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0700995  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2073  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.19 
 
 
344 aa  43.5  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292381  normal  0.516517 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0124  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.14 
 
 
338 aa  43.1  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.592578  normal  0.0245829 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>