82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_0909 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0909  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 406 aa  826    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.338541  normal  0.891076 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2234  DNA-binding protein  99.26 
 
 		 406 aa  819    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.62693  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2260  radical SAM domain-containing protein  93.6 
 
 		 406 aa  771    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.249916  normal  0.262865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2067  radical SAM family protein  70.66 
 
 		 411 aa  609  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.408571  normal  0.630296 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4606  radical SAM domain-containing protein  72.79 
 
 		 410 aa  588  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7467  hypothetical protein  68.29 
 
 		 410 aa  579  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2714  Radical SAM domain protein  66.59 
 
 		 414 aa  552  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2975  Radical SAM domain protein  66.59 
 
 		 414 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.0745419 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1759  radical SAM family protein  64.46 
 
 		 411 aa  527  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2984  hypothetical protein  65.11 
 
 		 412 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0923725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03047  elongator protein 3/MiaB/NifB  64.46 
 
 		 414 aa  514  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1900  radical SAM family protein  64.37 
 
 		 412 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.308107 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2580  radical SAM domain-containing protein  62.93 
 
 		 403 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20747  normal  0.542097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6622  radical SAM domain-containing protein  62.93 
 
 		 404 aa  508  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2003  Radical SAM domain protein  62.47 
 
 		 416 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2305  radical SAM domain-containing protein  62.93 
 
 		 403 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146682  hitchhiker  0.00602825 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2262  Radical SAM domain protein  63.41 
 
 		 403 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.625043  normal  0.275727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2501  radical SAM family protein  61.46 
 
 		 409 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152187  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2258  Elongator protein 3/MiaB/NifB  61.61 
 
 		 414 aa  498  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.231457  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2040  radical SAM family protein  61.07 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3540  radical SAM domain-containing protein  61.26 
 
 		 403 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1309  radical SAM domain-containing protein  59.61 
 
 		 423 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4849  radical SAM domain-containing protein  64.08 
 
 		 439 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2338  Radical SAM domain protein  58.77 
 
 		 402 aa  481  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.278935  normal  0.595723 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01933  Radical SAM  58.74 
 
 		 413 aa  481  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4146  radical SAM domain-containing protein  59.36 
 
 		 403 aa  478  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2768  radical SAM domain-containing protein  59.01 
 
 		 406 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.723195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2852  radical SAM domain-containing protein  59.31 
 
 		 406 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0978513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3584  radical SAM family protein  58.01 
 
 		 413 aa  472  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2365  radical SAM family protein  57.56 
 
 		 406 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229751  normal  0.414721 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2924  radical SAM domain protein  58.77 
 
 		 416 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4594  radical SAM domain-containing protein  59.11 
 
 		 434 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2123  radical SAM domain-containing protein  58.44 
 
 		 406 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0767294  normal  0.422246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3469  radical SAM family protein  57.99 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0194  Radical SAM domain protein  51.96 
 
 		 418 aa  419  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0826  radical SAM family protein  53.42 
 
 		 422 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.243039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0668  Radical SAM domain protein  53.65 
 
 		 419 aa  412  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.332892  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1787  radical SAM domain-containing protein  53.16 
 
 		 422 aa  410  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12078  hypothetical protein  52.65 
 
 		 420 aa  406  1.0000000000000001e-112  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1575  hypothetical protein  53.75 
 
 		 420 aa  404  1e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00249963  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0306  hypothetical protein  53.04 
 
 		 418 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0825598  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1202  Radical SAM domain protein  51.71 
 
 		 418 aa  400  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000160208  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4056  Radical SAM domain protein  54.55 
 
 		 418 aa  400  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0464079 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1724  Radical SAM domain protein  48.68 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.408853  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0228  hypothetical protein  51.55 
 
 		 417 aa  399  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2639  hypothetical protein  54.79 
 
 		 417 aa  397  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0176  radical SAM domain-containing protein  53.08 
 
 		 413 aa  393  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3382  radical SAM domain-containing protein  51 
 
 		 428 aa  383  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0246  hypothetical protein  54.31 
 
 		 420 aa  382  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0393  Radical SAM domain protein  48.29 
 
 		 397 aa  380  1e-104  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00226682  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0108  Radical SAM domain protein  51.2 
 
 		 429 aa  379  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0407  radical SAM family protein  49.74 
 
 		 435 aa  381  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00162852  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1282  radical SAM domain-containing protein  47.95 
 
 		 432 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0320  hypothetical protein  50.52 
 
 		 419 aa  374  1e-102  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05010  Radical SAM domain protein  51.84 
 
 		 415 aa  374  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0925  helix-hairpin-helix motif  49.29 
 
 		 425 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000510341 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0124  radical SAM family protein  48.07 
 
 		 431 aa  368  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0282893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1926  Radical SAM domain protein  45.17 
 
 		 415 aa  367  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000517647  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3695  Radical SAM domain protein  45.82 
 
 		 435 aa  368  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000234809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3329  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 		 431 aa  365  1e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1154  radical SAM family protein  45.98 
 
 		 502 aa  363  2e-99  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.848409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1155  Radical SAM domain protein  48.94 
 
 		 405 aa  358  9e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00303248  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15350  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif  46.21 
 
 		 434 aa  357  1.9999999999999998e-97  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000164569  normal  0.0902203 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09110  predicted DNA-binding protein with the helix-hairpin-helix motif protein  46.02 
 
 		 483 aa  350  2e-95  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.567211  normal  0.851078 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0347  hypothetical protein  50.52 
 
 		 420 aa  347  3e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1192  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.65 
 
 		 386 aa  325  1e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.052698  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0496  radical SAM family protein  40.94 
 
 		 469 aa  320  1.9999999999999998e-86  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0681  radical SAM domain-containing protein  42.56 
 
 		 370 aa  302  6.000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0554713  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1942  hypothetical protein  55.56 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1713  Radical SAM domain protein  39.71 
 
 		 384 aa  271  1e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00398016  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1798  Radical SAM domain protein  36.96 
 
 		 377 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0702083  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0818  radical SAM domain-containing protein  57.92 
 
 		 539 aa  238  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4389  radical SAM domain-containing protein  38.72 
 
 		 393 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.484216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3729  radical SAM domain-containing protein  39.33 
 
 		 393 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105628 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2166  radical SAM domain-containing protein  36.06 
 
 		 386 aa  206  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.978798  hitchhiker  0.00000549931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1467  radical SAM domain-containing protein  36.83 
 
 		 386 aa  196  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  32.99 
 
 		 379 aa  195  1e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0251  radical SAM domain-containing protein  33.85 
 
 		 372 aa  180  4e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.996674  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0388  radical SAM domain-containing protein  38.31 
 
 		 400 aa  159  6e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1032  hypothetical protein  32.72 
 
 		 348 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  28.46 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  27.08 
 
 		 331 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>