161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3116 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3116  hypothetical protein  100 
 
 
303 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.709574  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2968  hypothetical protein  91.16 
 
 
298 aa  563  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2712  protein of unknown function DUF815  89.69 
 
 
294 aa  540  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3077  protein of unknown function DUF815  89 
 
 
294 aa  537  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2832  hypothetical protein  88.32 
 
 
294 aa  530  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.348034  normal  0.263317 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3459  protein of unknown function DUF815  75.52 
 
 
296 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.394116  hitchhiker  0.000152293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0497  ATP/GTP-binding protein  75.17 
 
 
289 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2662  hypothetical protein  73.7 
 
 
289 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0541  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.335372  normal  0.0868506 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3656  hypothetical protein  74.13 
 
 
289 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.248757  normal  0.484946 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0089  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0571  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2825  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0474  hypothetical protein  73.43 
 
 
289 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0499  hypothetical protein  73.43 
 
 
289 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0180  hypothetical protein  71.63 
 
 
285 aa  422  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.617171  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2538  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1129  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0460  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.683593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1318  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3513  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3538  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3244  hypothetical protein  74.48 
 
 
289 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0830  hypothetical protein  65.49 
 
 
291 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2909  hypothetical protein  65.49 
 
 
292 aa  377  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0761  protein of unknown function DUF815  64.69 
 
 
292 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0740  hypothetical protein  64.91 
 
 
293 aa  376  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0504917 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0798  hypothetical protein  64.69 
 
 
292 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257251  normal  0.35486 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0502  AAA ATPase family protein  64.11 
 
 
303 aa  368  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.252486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4230  protein of unknown function DUF815  64.44 
 
 
291 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0216148  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5495  hypothetical protein  63.54 
 
 
318 aa  364  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428954  normal  0.220508 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3926  hypothetical protein  64.91 
 
 
300 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0270172  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3687  hypothetical protein  66.43 
 
 
290 aa  362  6e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0543  hypothetical protein  63.6 
 
 
310 aa  361  9e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3660  protein of unknown function DUF815  62.94 
 
 
291 aa  335  3.9999999999999995e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.703558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3705  hypothetical protein  63.02 
 
 
296 aa  325  6e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1008  hypothetical protein  57.95 
 
 
299 aa  316  3e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2231  hypothetical protein  58.33 
 
 
291 aa  316  3e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.306795  normal  0.283109 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2123  hypothetical protein  57.09 
 
 
294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.848786  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1443  hypothetical protein  54.86 
 
 
288 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0616469  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0291  hypothetical protein  56.9 
 
 
290 aa  301  8.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1546  hypothetical protein  54.77 
 
 
323 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.597203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6283  hypothetical protein  54.77 
 
 
323 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633753  normal  0.604929 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6775  hypothetical protein  56.65 
 
 
323 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1650  hypothetical protein  53.19 
 
 
291 aa  293  2e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1795  hypothetical protein  56.23 
 
 
284 aa  287  1e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0680699  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6886  hypothetical protein  56.15 
 
 
325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.231048  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1783  hypothetical protein  51.94 
 
 
296 aa  279  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2332  hypothetical protein  50.17 
 
 
296 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.389695  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3611  hypothetical protein  51.59 
 
 
296 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715293  normal  0.541783 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1876  hypothetical protein  51.41 
 
 
348 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237956  normal  0.342495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1485  hypothetical protein  51.24 
 
 
295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3839  hypothetical protein  51.41 
 
 
295 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146112  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27560  hypothetical protein  49.48 
 
 
296 aa  271  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.818551  decreased coverage  0.00239701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1451  hypothetical protein  50.35 
 
 
295 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.226366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1583  hypothetical protein  50.17 
 
 
299 aa  269  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.308519  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2947  protein of unknown function DUF815  50.35 
 
 
300 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.600856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3978  hypothetical protein  48.61 
 
 
296 aa  264  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2860  hypothetical protein  49.3 
 
 
289 aa  263  4e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0853039  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15470  hypothetical protein  49.49 
 
 
293 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2175  protein of unknown function DUF815  50.34 
 
 
295 aa  263  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0028  ATPase  53.08 
 
 
280 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2043  protein of unknown function DUF815  50.52 
 
 
299 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153285  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1912  hypothetical protein  49.83 
 
 
296 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134898  normal  0.72221 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3364  hypothetical protein  47.92 
 
 
299 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.897739 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2931  hypothetical protein  48.79 
 
 
296 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3017  protein of unknown function DUF815  48.96 
 
 
297 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3124  protein of unknown function DUF815  48.61 
 
 
297 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.561403  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2571  hypothetical protein  45.67 
 
 
297 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  0.682441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3688  hypothetical protein  50.19 
 
 
259 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0214  hypothetical protein  45.86 
 
 
295 aa  241  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.752767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2616  protein of unknown function DUF815  44.03 
 
 
294 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000541258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1438  hypothetical protein  46.92 
 
 
292 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140526  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1239  hypothetical protein  47.92 
 
 
297 aa  235  9e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.829737  normal  0.0705082 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1797  hypothetical protein  50.2 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.953486  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3938  protein of unknown function DUF815  42.91 
 
 
297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00359477 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0751  hypothetical protein  43.79 
 
 
296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00011277  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1644  hypothetical protein  43.1 
 
 
294 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00331204  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3854  protein of unknown function DUF815  42.12 
 
 
297 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.256346  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1719  hypothetical protein  42.3 
 
 
324 aa  230  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.797394 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2054  hypothetical protein  46.18 
 
 
297 aa  229  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0883112  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1346  protein of unknown function DUF815  45.85 
 
 
283 aa  229  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.225611 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1807  hypothetical protein  47.49 
 
 
296 aa  228  8e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0973461  normal  0.98572 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1799  hypothetical protein  42.72 
 
 
292 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0144353  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1771  hypothetical protein  48.8 
 
 
324 aa  227  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.338358  decreased coverage  0.00439264 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0668  hypothetical protein  50.57 
 
 
287 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0817  protein of unknown function DUF815  50.57 
 
 
287 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1980  hypothetical protein  43.82 
 
 
278 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831237  normal  0.0452906 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4749  protein of unknown function DUF815  43.88 
 
 
292 aa  226  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.118558 
 
 
-
 
NC_004310  BR0889  hypothetical protein  42.96 
 
 
288 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1540  hypothetical protein  43.11 
 
 
328 aa  224  1e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.293858 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0885  hypothetical protein  42.96 
 
 
288 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4408  putative ATPase family protein  47.98 
 
 
306 aa  223  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2488  hypothetical protein  45.23 
 
 
296 aa  222  7e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0509682 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1765  hypothetical protein  44.76 
 
 
296 aa  222  8e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0416828 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1172  hypothetical protein  46.21 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818035  normal  0.230421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4247  hypothetical protein  43.71 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2542  ATPase  42.76 
 
 
279 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2779  hypothetical protein  47.76 
 
 
325 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548946  normal  0.669492 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1202  hypothetical protein  42.76 
 
 
279 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0539661 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>