162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1876 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1876  hypothetical protein  100 
 
 
348 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237956  normal  0.342495 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3839  hypothetical protein  100 
 
 
295 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146112  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1451  hypothetical protein  97.29 
 
 
295 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.226366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1485  hypothetical protein  94.58 
 
 
295 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3978  hypothetical protein  89.49 
 
 
296 aa  544  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1783  hypothetical protein  84.41 
 
 
296 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3611  hypothetical protein  85.03 
 
 
296 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715293  normal  0.541783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27560  hypothetical protein  80.34 
 
 
296 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.818551  decreased coverage  0.00239701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2332  hypothetical protein  80.68 
 
 
296 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.389695  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15470  hypothetical protein  79.11 
 
 
293 aa  472  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1912  hypothetical protein  79.32 
 
 
296 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134898  normal  0.72221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0291  hypothetical protein  57.19 
 
 
290 aa  310  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2043  protein of unknown function DUF815  52.53 
 
 
299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153285  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2175  protein of unknown function DUF815  52.2 
 
 
295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1583  hypothetical protein  51.08 
 
 
299 aa  298  7e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.308519  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2931  hypothetical protein  51.04 
 
 
296 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3017  protein of unknown function DUF815  51.04 
 
 
297 aa  293  2e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2947  protein of unknown function DUF815  49.66 
 
 
300 aa  292  7e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.600856  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3124  protein of unknown function DUF815  50.69 
 
 
297 aa  292  7e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.561403  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2662  hypothetical protein  51.57 
 
 
289 aa  291  8e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1008  hypothetical protein  50 
 
 
299 aa  290  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3459  protein of unknown function DUF815  51.4 
 
 
296 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.394116  hitchhiker  0.000152293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0497  ATP/GTP-binding protein  51.4 
 
 
289 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1650  hypothetical protein  51.37 
 
 
291 aa  290  2e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0214  hypothetical protein  50.35 
 
 
295 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.752767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2860  hypothetical protein  52.43 
 
 
289 aa  288  8e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0853039  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0499  hypothetical protein  50.7 
 
 
289 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2571  hypothetical protein  50.53 
 
 
297 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  0.682441 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0474  hypothetical protein  50.7 
 
 
289 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3656  hypothetical protein  50.7 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.248757  normal  0.484946 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0089  hypothetical protein  51.05 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0571  hypothetical protein  51.05 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2825  hypothetical protein  51.05 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0541  hypothetical protein  51.05 
 
 
289 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.335372  normal  0.0868506 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3364  hypothetical protein  50.53 
 
 
299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.897739 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3938  protein of unknown function DUF815  48.94 
 
 
297 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00359477 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3660  protein of unknown function DUF815  53.29 
 
 
291 aa  282  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.703558  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3854  protein of unknown function DUF815  48.58 
 
 
297 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.256346  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0740  hypothetical protein  48.62 
 
 
293 aa  281  8.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0504917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0761  protein of unknown function DUF815  48.63 
 
 
292 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0751  hypothetical protein  49.31 
 
 
296 aa  280  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00011277  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0830  hypothetical protein  48.28 
 
 
291 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0798  hypothetical protein  48.62 
 
 
292 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257251  normal  0.35486 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1644  hypothetical protein  48.94 
 
 
294 aa  278  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00331204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2538  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1129  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0460  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.683593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1318  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3513  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3538  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3244  hypothetical protein  52.48 
 
 
289 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5495  hypothetical protein  50.34 
 
 
318 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428954  normal  0.220508 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2616  protein of unknown function DUF815  49.29 
 
 
294 aa  276  5e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000541258  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1443  hypothetical protein  52.05 
 
 
288 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0616469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2832  hypothetical protein  50.88 
 
 
294 aa  276  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.348034  normal  0.263317 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0180  hypothetical protein  50 
 
 
285 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.617171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2968  hypothetical protein  50.18 
 
 
298 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3077  protein of unknown function DUF815  50.17 
 
 
294 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2123  hypothetical protein  52.06 
 
 
294 aa  272  6e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.848786  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2712  protein of unknown function DUF815  50.17 
 
 
294 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0502  AAA ATPase family protein  49.33 
 
 
303 aa  271  9e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.252486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2909  hypothetical protein  47.44 
 
 
292 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1795  hypothetical protein  50 
 
 
284 aa  270  4e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0680699  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3926  hypothetical protein  48.11 
 
 
300 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0270172  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0543  hypothetical protein  49.83 
 
 
310 aa  267  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3687  hypothetical protein  47.93 
 
 
290 aa  264  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4230  protein of unknown function DUF815  46.39 
 
 
291 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0216148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3116  hypothetical protein  51.41 
 
 
303 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.709574  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3705  hypothetical protein  50.19 
 
 
296 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2231  hypothetical protein  47.93 
 
 
291 aa  259  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.306795  normal  0.283109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3688  hypothetical protein  52.31 
 
 
259 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1438  hypothetical protein  47.5 
 
 
292 aa  251  2e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140526  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6886  hypothetical protein  48.75 
 
 
325 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.231048  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1239  hypothetical protein  51.61 
 
 
297 aa  249  7e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.829737  normal  0.0705082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6775  hypothetical protein  47.33 
 
 
323 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1546  hypothetical protein  47.33 
 
 
323 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.597203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6283  hypothetical protein  47.33 
 
 
323 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633753  normal  0.604929 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0028  ATPase  46.32 
 
 
280 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2054  hypothetical protein  45.36 
 
 
297 aa  236  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0883112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2113  hypothetical protein  46.81 
 
 
296 aa  236  4e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.604292  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1719  hypothetical protein  45.45 
 
 
324 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.797394 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1540  hypothetical protein  45.45 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.293858 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1807  hypothetical protein  46.59 
 
 
296 aa  230  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0973461  normal  0.98572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0668  hypothetical protein  47.99 
 
 
287 aa  229  6e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0817  protein of unknown function DUF815  47.99 
 
 
287 aa  229  6e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1765  hypothetical protein  46.88 
 
 
296 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0416828 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0079  D-methionine ABC transporter, ATP-binding protein  45.45 
 
 
254 aa  227  2e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.895882  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1039  protein of unknown function DUF815  45.59 
 
 
296 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0639  hypothetical protein  43.08 
 
 
253 aa  216  4e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.486807  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1799  hypothetical protein  44.76 
 
 
292 aa  215  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0144353  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1227  hypothetical protein  42.69 
 
 
253 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1102  hypothetical protein  42.69 
 
 
253 aa  213  4.9999999999999996e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.83556  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1980  hypothetical protein  42.51 
 
 
278 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831237  normal  0.0452906 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0715  ABC transporter ATPase  42.75 
 
 
254 aa  211  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0689546  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2542  ATPase  42.51 
 
 
279 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1202  hypothetical protein  42.51 
 
 
279 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0539661 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2779  hypothetical protein  44.88 
 
 
325 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548946  normal  0.669492 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1797  hypothetical protein  45.67 
 
 
320 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.953486  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1172  hypothetical protein  42.07 
 
 
291 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818035  normal  0.230421 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3174  protein of unknown function DUF815  45.28 
 
 
329 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.535414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>