161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3854 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3854  protein of unknown function DUF815  100 
 
 
297 aa  616  1e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.256346  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3938  protein of unknown function DUF815  98.32 
 
 
297 aa  608  1e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00359477 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1644  hypothetical protein  85.71 
 
 
294 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00331204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2571  hypothetical protein  81.48 
 
 
297 aa  513  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  0.682441 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2616  protein of unknown function DUF815  82.53 
 
 
294 aa  509  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000541258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0214  hypothetical protein  81.16 
 
 
295 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.752767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0751  hypothetical protein  78.98 
 
 
296 aa  499  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00011277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2043  protein of unknown function DUF815  59.45 
 
 
299 aa  375  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153285  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2175  protein of unknown function DUF815  58.7 
 
 
295 aa  371  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1583  hypothetical protein  57.53 
 
 
299 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.308519  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3364  hypothetical protein  58.16 
 
 
299 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.897739 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3124  protein of unknown function DUF815  57 
 
 
297 aa  361  1e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.561403  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2931  hypothetical protein  57 
 
 
296 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3017  protein of unknown function DUF815  56.66 
 
 
297 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2947  protein of unknown function DUF815  55.78 
 
 
300 aa  344  8e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.600856  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2332  hypothetical protein  48.96 
 
 
296 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.389695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27560  hypothetical protein  48.95 
 
 
296 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.818551  decreased coverage  0.00239701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3978  hypothetical protein  48.21 
 
 
296 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1783  hypothetical protein  49.64 
 
 
296 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1876  hypothetical protein  48.58 
 
 
348 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237956  normal  0.342495 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1451  hypothetical protein  48.59 
 
 
295 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.226366 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3611  hypothetical protein  48.93 
 
 
296 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715293  normal  0.541783 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3839  hypothetical protein  48.58 
 
 
295 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146112  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1485  hypothetical protein  47.89 
 
 
295 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15470  hypothetical protein  45.1 
 
 
293 aa  272  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1912  hypothetical protein  48.58 
 
 
296 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134898  normal  0.72221 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2860  hypothetical protein  45.61 
 
 
289 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0853039  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1443  hypothetical protein  46.55 
 
 
288 aa  259  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0616469  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0089  hypothetical protein  45.99 
 
 
289 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0571  hypothetical protein  45.99 
 
 
289 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0541  hypothetical protein  45.99 
 
 
289 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.335372  normal  0.0868506 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2123  hypothetical protein  47.81 
 
 
294 aa  258  7e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.848786  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3656  hypothetical protein  45.64 
 
 
289 aa  257  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.248757  normal  0.484946 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2825  hypothetical protein  45.64 
 
 
289 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0474  hypothetical protein  44.83 
 
 
289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0499  hypothetical protein  44.83 
 
 
289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3705  hypothetical protein  49.42 
 
 
296 aa  251  8.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2909  hypothetical protein  44.76 
 
 
292 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1650  hypothetical protein  41.7 
 
 
291 aa  251  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3926  hypothetical protein  44.91 
 
 
300 aa  249  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0270172  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0798  hypothetical protein  44.91 
 
 
292 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257251  normal  0.35486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0761  protein of unknown function DUF815  44.91 
 
 
292 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0497  ATP/GTP-binding protein  43.66 
 
 
289 aa  246  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3660  protein of unknown function DUF815  47 
 
 
291 aa  246  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.703558  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2662  hypothetical protein  43.79 
 
 
289 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3459  protein of unknown function DUF815  43.66 
 
 
296 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.394116  hitchhiker  0.000152293 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1795  hypothetical protein  45.61 
 
 
284 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0680699  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0830  hypothetical protein  44.75 
 
 
291 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0291  hypothetical protein  44.4 
 
 
290 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1008  hypothetical protein  44.56 
 
 
299 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3688  hypothetical protein  47.94 
 
 
259 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3077  protein of unknown function DUF815  42.81 
 
 
294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2832  hypothetical protein  42.62 
 
 
294 aa  239  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.348034  normal  0.263317 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0502  AAA ATPase family protein  43.96 
 
 
303 aa  239  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.252486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0740  hypothetical protein  43.75 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0504917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2968  hypothetical protein  42.23 
 
 
298 aa  237  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2712  protein of unknown function DUF815  42.47 
 
 
294 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0543  hypothetical protein  42.66 
 
 
310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0180  hypothetical protein  43.16 
 
 
285 aa  232  6e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.617171  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0028  ATPase  44.17 
 
 
280 aa  231  8.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2538  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1129  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0460  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.683593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1318  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3513  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3538  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3244  hypothetical protein  44.6 
 
 
289 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5495  hypothetical protein  42.56 
 
 
318 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428954  normal  0.220508 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2231  hypothetical protein  40.34 
 
 
291 aa  228  8e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.306795  normal  0.283109 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3687  hypothetical protein  44.84 
 
 
290 aa  228  9e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4230  protein of unknown function DUF815  42.56 
 
 
291 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0216148  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1765  hypothetical protein  43.46 
 
 
296 aa  224  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0416828 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2054  hypothetical protein  43.21 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0883112  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0668  hypothetical protein  43.89 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0817  protein of unknown function DUF815  43.89 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3116  hypothetical protein  42.12 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.709574  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6886  hypothetical protein  43.64 
 
 
325 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.231048  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6775  hypothetical protein  42.56 
 
 
323 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1546  hypothetical protein  40.83 
 
 
323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.597203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6283  hypothetical protein  40.83 
 
 
323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633753  normal  0.604929 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2542  ATPase  39.5 
 
 
279 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1202  hypothetical protein  39.5 
 
 
279 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0539661 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1980  hypothetical protein  39.5 
 
 
278 aa  211  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831237  normal  0.0452906 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1039  protein of unknown function DUF815  41.64 
 
 
296 aa  210  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4230  hypothetical protein  38.91 
 
 
296 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4600  protein of unknown function DUF815  39.25 
 
 
296 aa  206  5e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0977338  normal  0.320113 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0079  D-methionine ABC transporter, ATP-binding protein  40.71 
 
 
254 aa  206  5e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.895882  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1799  hypothetical protein  39.86 
 
 
292 aa  205  6e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0144353  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4749  protein of unknown function DUF815  39.04 
 
 
292 aa  205  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.118558 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1227  hypothetical protein  41.9 
 
 
253 aa  204  1e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0639  hypothetical protein  41.9 
 
 
253 aa  204  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.486807  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1438  hypothetical protein  39.22 
 
 
292 aa  203  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140526  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2113  hypothetical protein  39.93 
 
 
296 aa  203  3e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.604292  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4247  hypothetical protein  38.54 
 
 
298 aa  201  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1102  hypothetical protein  41.5 
 
 
253 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.83556  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0395  protein of unknown function DUF815  41.61 
 
 
290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.457963  normal  0.522501 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1239  hypothetical protein  42.91 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.829737  normal  0.0705082 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2852  protein of unknown function DUF815  37.41 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0924763 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1807  hypothetical protein  41.86 
 
 
296 aa  199  3e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0973461  normal  0.98572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2488  hypothetical protein  38.3 
 
 
296 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0509682 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>