103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4085 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4085  cytochrome c, class I  100 
 
 		 114 aa  227  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00138515  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4084  PT repeat-containing protein  69.44 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000901223  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1438  cytochrome c, class I  75.44 
 
 		 114 aa  157  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.423829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1401  cytochrome c, class I  74.44 
 
 		 116 aa  136  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.967818  normal  0.0543888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2736  cytochrome c, class I  58.97 
 
 		 122 aa  94.4  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.015229  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1337  cytochrome c class I  56.41 
 
 		 116 aa  93.2  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4077  cytochrome c, class I  55.7 
 
 		 109 aa  92.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00525992  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0408  cytochrome c class I  30.7 
 
 		 116 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4310  putative cytochrome c, class I  34.09 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  37.35 
 
 		 218 aa  57  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  36.25 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7662  cytochrome c, class I  34.19 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  34.31 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3458  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3130  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1476  cytochrome c class I  29.46 
 
 		 111 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1033  cytochrome c, class I  34.48 
 
 		 110 aa  50.4  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.30031  normal  0.50008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  32.71 
 
 		 101 aa  50.4  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  32.71 
 
 		 101 aa  50.4  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  29.07 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  34.19 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  34.83 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0728  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0783308 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1565  cytochrome c class I  29.89 
 
 		 179 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  31.46 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  30.85 
 
 		 984 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3321  cytochrome c, class I  34.15 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.344703  hitchhiker  0.0021347 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3583  cytochrome c, class I  34 
 
 		 153 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.309766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  32.04 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  34.48 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  42.25 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2906  cytochrome c class I  34 
 
 		 155 aa  47  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  31.13 
 
 		 105 aa  46.2  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0692  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  38.57 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06740  cytochrome c-551 precursor  27.91 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0200  cytochrome c class I  32.47 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  unclonable  0.00000000000521394 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0126  cytochrome c class I  28.89 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3888  cytochrome c class I  29.59 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148772  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0826  cytochrome c subfamily protein  30.86 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 800 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  45.65 
 
 		 355 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  33.82 
 
 		 918 aa  45.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0304  cytochrome c, class I  31.46 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.45467e-21  normal  0.0822288 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1006  cytochrome c, class I  42.37 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5011  cytochrome c, class I  34.25 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259324  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0342  cytochrome c, class I  32.14 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.16869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1386  cytochrome c551/c552-like protein  35.35 
 
 		 118 aa  45.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660069  normal  0.798955 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4930  cytochrome c family protein  35.38 
 
 		 229 aa  44.7  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  34.21 
 
 		 106 aa  44.7  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2222  cytochrome c class I  40.35 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0675  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.414538  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0344  cytochrome c, class I  30.28 
 
 		 102 aa  44.7  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0270928  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2336  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.1845  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2950  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.25349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1025  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.502837  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1650  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503452  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  31.71 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1852  cytochrome c, class I  30 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2463  cytochrome c, class I  30 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2468  cytochrome c class I  30 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  38.81 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  34.85 
 
 		 1151 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  27.37 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1179  cytochrome C552 precursor  31.25 
 
 		 171 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  28.28 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  34.57 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3635  putative cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 112 aa  42.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0559  cytochrome c551/c552  28.18 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.536891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0205  cytochrome c, class I  31.17 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  34.69 
 
 		 1182 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2493  cytochrome c class I  40 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291916  normal  0.0913133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2099  cytochrome c class I  30.86 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5794  cytochrome c, class I  34.04 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  43.48 
 
 		 404 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5197  putative cytochrome c  30.56 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00308424  normal  0.125409 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  28.28 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  28.28 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1018  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  28.28 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0219  cytochrome c class I  31.17 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2536  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0431  cytochrome c class I  35.24 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  5.40538e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2122  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  36.96 
 
 		 1143 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3346  cytochrome c, class I  29.36 
 
 		 100 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.817826  normal  0.315535 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  33.78 
 
 		 101 aa  41.6  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  36.96 
 
 		 360 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1724  cytochrome c class I  37.68 
 
 		 139 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20972  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3648  cytochrome c class I  29.21 
 
 		 135 aa  41.6  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5907  cytochrome c, class I  25.66 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0867069  normal  0.452961 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1579  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 185 aa  41.6  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00145947  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  31.94 
 
 		 941 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2380  cytochrome c class I  36.17 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2512  cytochrome c, class I  36.17 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1488  cytochrome c class I  41.3 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.02284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  27.71 
 
 		 909 aa  40.4  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3038  cytochrome c, class I  22.5 
 
 		 116 aa  40.4  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277662  normal  0.17422 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>