131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4077 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4077  cytochrome c, class I  100 
 
 		 109 aa  220  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00525992  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1337  cytochrome c class I  72.37 
 
 		 116 aa  116  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1401  cytochrome c, class I  57.14 
 
 		 116 aa  102  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.967818  normal  0.0543888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4084  PT repeat-containing protein  55.81 
 
 		 202 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000901223  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4085  cytochrome c, class I  55.7 
 
 		 114 aa  92.8  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00138515  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1438  cytochrome c, class I  44.95 
 
 		 114 aa  88.2  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.423829  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2736  cytochrome c, class I  48.65 
 
 		 122 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.015229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  44.74 
 
 		 106 aa  77  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  41.82 
 
 		 102 aa  68.2  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1006  cytochrome c, class I  37.17 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  41.9 
 
 		 105 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  44.32 
 
 		 115 aa  64.7  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0304  cytochrome c, class I  37.96 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.45467e-21  normal  0.0822288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  43.52 
 
 		 106 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  37.62 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  43.75 
 
 		 1143 aa  60.5  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  42.35 
 
 		 101 aa  60.1  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  44.68 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1386  cytochrome c551/c552-like protein  40.57 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660069  normal  0.798955 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  43.16 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  39.76 
 
 		 941 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  43.16 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2099  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 110 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0342  cytochrome c, class I  34.19 
 
 		 108 aa  58.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.16869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06740  cytochrome c-551 precursor  36.63 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2493  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291916  normal  0.0913133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3321  cytochrome c, class I  43.9 
 
 		 102 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.344703  hitchhiker  0.0021347 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  37.38 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4310  putative cytochrome c, class I  34.58 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0692  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 104 aa  57.4  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3346  cytochrome c, class I  35.24 
 
 		 100 aa  57.4  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.817826  normal  0.315535 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  40.91 
 
 		 106 aa  57  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  41.03 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3583  cytochrome c, class I  29.21 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.309766 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3130  cytochrome c class I  35 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3458  cytochrome c class I  35 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5011  cytochrome c, class I  42.47 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259324  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  31.13 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  35.4 
 
 		 1151 aa  55.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3260  cytochrome C transmembrane protein  38.67 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.812906 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2906  cytochrome c class I  29.21 
 
 		 155 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  37.25 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  41.98 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  38.27 
 
 		 218 aa  54.3  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  36.71 
 
 		 348 aa  54.3  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  45.9 
 
 		 984 aa  53.9  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 249 aa  53.9  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1488  cytochrome c class I  42.31 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.02284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  38.2 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  36.11 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  41.46 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0408  cytochrome c class I  30.63 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1852  cytochrome c, class I  30.28 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2463  cytochrome c, class I  30.28 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2468  cytochrome c class I  30.28 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3888  cytochrome c class I  32.53 
 
 		 95 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148772  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0826  cytochrome c subfamily protein  35.44 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2380  cytochrome c class I  35 
 
 		 109 aa  50.1  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2512  cytochrome c, class I  35 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  35.96 
 
 		 1135 aa  49.7  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  30.84 
 
 		 104 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0675  cytochrome c family protein  34.18 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.414538  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0038  cytochrome c family protein  32.14 
 
 		 228 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5794  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0344  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0270928  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2336  cytochrome c family protein  34.18 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.1845  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2950  cytochrome c family protein  34.18 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.25349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1025  cytochrome c family protein  34.18 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.502837  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1650  cytochrome c family protein  34.18 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503452  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2222  cytochrome c class I  33.98 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4930  cytochrome c family protein  43.75 
 
 		 229 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1565  cytochrome c class I  27.78 
 
 		 179 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0200  cytochrome c class I  31.4 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  unclonable  0.00000000000521394 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2798  cytochrome c family protein  31.4 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.023573  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  44 
 
 		 800 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0021  cytochrome c family protein  32.14 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.042023  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1745  cytochrome c family protein  32.14 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3816  cytochrome c family protein  32.14 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3897  cytochrome c family protein  32.14 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3179  cytochrome c family protein  32.14 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  26.92 
 
 		 120 aa  47.8  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1033  cytochrome c, class I  30.97 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.30031  normal  0.50008 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1576  cytochrome c-551 precursor  35.19 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.233841 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1179  cytochrome C552 precursor  34.18 
 
 		 171 aa  47.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  37.66 
 
 		 404 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  26.92 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  26.92 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  37.5 
 
 		 1142 aa  47  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1018  cytochrome c family protein  34.18 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  26.92 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0126  cytochrome c class I  30 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1163  cytochrome c class I  38.37 
 
 		 197 aa  47  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000127727  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0037  cytochrome c, class I  34.83 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000534033  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0831  cytochrome c class I  30.38 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  48.84 
 
 		 355 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2122  cytochrome c class I  52.63 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  31.25 
 
 		 106 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  32.56 
 
 		 1138 aa  45.4  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0318  cytochrome c class I  41.82 
 
 		 114 aa  45.4  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00066919  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2536  cytochrome c class I  52.63 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>