146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3171 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  100 
 
 
101 aa  202  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5011  cytochrome c, class I  80.52 
 
 
101 aa  133  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259324  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  61.76 
 
 
101 aa  124  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  61.76 
 
 
101 aa  124  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  59.8 
 
 
102 aa  116  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  63.16 
 
 
115 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0692  cytochrome c, class I  55.88 
 
 
104 aa  113  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  58 
 
 
106 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  59.55 
 
 
101 aa  110  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0304  cytochrome c, class I  53.61 
 
 
101 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.45467e-21  normal  0.0822288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06740  cytochrome c-551 precursor  52.94 
 
 
104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3321  cytochrome c, class I  56.38 
 
 
102 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.344703  hitchhiker  0.0021347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3346  cytochrome c, class I  60.64 
 
 
100 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.817826  normal  0.315535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  52.94 
 
 
104 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1488  cytochrome c class I  61.73 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.02284 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0344  cytochrome c, class I  62.5 
 
 
102 aa  108  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0270928  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  57.89 
 
 
101 aa  108  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  56.52 
 
 
105 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  57.47 
 
 
105 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  68 
 
 
101 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1386  cytochrome c551/c552-like protein  53.85 
 
 
118 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660069  normal  0.798955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  60.24 
 
 
102 aa  105  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  59.49 
 
 
108 aa  103  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  59.49 
 
 
108 aa  102  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5897  cytochrome c class I  55.56 
 
 
93 aa  99.8  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106259  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  52.69 
 
 
104 aa  98.6  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  54.32 
 
 
106 aa  97.8  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5794  cytochrome c, class I  55.84 
 
 
108 aa  95.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0318  cytochrome c class I  47.25 
 
 
114 aa  94.7  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00066919  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1852  cytochrome c, class I  57.14 
 
 
108 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2463  cytochrome c, class I  57.14 
 
 
108 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2468  cytochrome c class I  57.14 
 
 
108 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0826  cytochrome c subfamily protein  57.89 
 
 
107 aa  93.6  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0831  cytochrome c class I  58.44 
 
 
145 aa  92.8  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0675  cytochrome c family protein  56.58 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.414538  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2336  cytochrome c family protein  56.58 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.1845  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2950  cytochrome c family protein  56.58 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.25349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1025  cytochrome c family protein  56.58 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.502837  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1650  cytochrome c family protein  56.58 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503452  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1179  cytochrome C552 precursor  56.58 
 
 
171 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4310  putative cytochrome c, class I  45.26 
 
 
118 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2512  cytochrome c, class I  57.14 
 
 
109 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1018  cytochrome c family protein  56.58 
 
 
107 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2380  cytochrome c class I  57.14 
 
 
109 aa  90.9  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  45.36 
 
 
106 aa  90.5  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  51.19 
 
 
106 aa  89.7  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3130  cytochrome c class I  51.32 
 
 
115 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3458  cytochrome c class I  51.32 
 
 
115 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0200  cytochrome c class I  50.65 
 
 
123 aa  90.1  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  unclonable  0.00000000000521394 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2222  cytochrome c class I  44.55 
 
 
108 aa  89  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  54.67 
 
 
218 aa  88.6  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  50.65 
 
 
117 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  50.65 
 
 
117 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  50.65 
 
 
117 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3260  cytochrome C transmembrane protein  54.29 
 
 
141 aa  88.2  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.812906 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0205  cytochrome c, class I  50.65 
 
 
119 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2099  cytochrome c class I  52.56 
 
 
110 aa  88.2  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  55.26 
 
 
208 aa  87.8  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  49.35 
 
 
120 aa  87.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0408  cytochrome c class I  49.37 
 
 
116 aa  87  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0219  cytochrome c class I  49.35 
 
 
119 aa  86.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00518209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0987  cytochrome c class I  54.79 
 
 
112 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7662  cytochrome c, class I  48 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2493  cytochrome c class I  51.28 
 
 
110 aa  84.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291916  normal  0.0913133 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0342  cytochrome c, class I  43.75 
 
 
108 aa  84  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.16869  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3635  putative cytochrome c, class I  52.05 
 
 
112 aa  83.6  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4930  cytochrome c family protein  47.5 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0038  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1476  cytochrome c class I  48.68 
 
 
111 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5197  putative cytochrome c  46.67 
 
 
138 aa  82.8  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00308424  normal  0.125409 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  39.62 
 
 
111 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.25 
 
 
800 aa  82  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0021  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
121 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.042023  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1745  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
121 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3816  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
121 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3897  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
121 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3179  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
121 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2798  cytochrome c family protein  45.45 
 
 
111 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.023573  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1006  cytochrome c, class I  44.33 
 
 
112 aa  81.3  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  38.14 
 
 
249 aa  80.9  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  50.65 
 
 
360 aa  80.1  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  44.16 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0728  cytochrome c, class I  41.24 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0783308 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  40.79 
 
 
344 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2122  cytochrome c class I  46.84 
 
 
131 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2536  cytochrome c class I  48.68 
 
 
131 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0126  cytochrome c class I  44.74 
 
 
115 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3888  cytochrome c class I  44.94 
 
 
95 aa  77  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148772  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0629  putative oxidoreductase cytochrome C552 precursor signal peptide protein  50 
 
 
104 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1962  cytochrome c family protein  44.87 
 
 
91 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.017979  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0037  cytochrome c, class I  44 
 
 
117 aa  74.7  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000534033  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1630  cytochrome c class I  45.45 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000303587  hitchhiker  0.0000000150302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1693  cytochrome c class I  47.06 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.504006 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1163  cytochrome c class I  46.75 
 
 
197 aa  75.1  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000127727  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1037  cytochrome c class I  47.37 
 
 
96 aa  74.7  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.692369 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  41.98 
 
 
909 aa  74.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7278  cytochrome c class I  40.26 
 
 
138 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1576  cytochrome c-551 precursor  44.68 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.233841 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1033  cytochrome c, class I  40.38 
 
 
110 aa  72  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.30031  normal  0.50008 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5907  cytochrome c, class I  36.36 
 
 
111 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0867069  normal  0.452961 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>