144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3458 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3130  cytochrome c class I  100 
 
 
115 aa  225  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3458  cytochrome c class I  100 
 
 
115 aa  225  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3260  cytochrome C transmembrane protein  88.61 
 
 
141 aa  152  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.812906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4310  putative cytochrome c, class I  65.05 
 
 
118 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0408  cytochrome c class I  54.78 
 
 
116 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  67.31 
 
 
108 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  71.76 
 
 
108 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  61.05 
 
 
120 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0205  cytochrome c, class I  63.64 
 
 
119 aa  127  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0200  cytochrome c class I  66.27 
 
 
123 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  unclonable  0.00000000000521394 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  58.16 
 
 
117 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  58.16 
 
 
117 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  58.16 
 
 
117 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  58.42 
 
 
111 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0219  cytochrome c class I  62.5 
 
 
119 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00518209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0126  cytochrome c class I  65.88 
 
 
115 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0038  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
228 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0021  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
121 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.042023  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1745  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
121 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3816  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
121 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3897  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
121 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3179  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
121 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2798  cytochrome c family protein  62.65 
 
 
111 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.023573  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0037  cytochrome c, class I  50 
 
 
117 aa  107  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000534033  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  53.49 
 
 
106 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  61.11 
 
 
208 aa  102  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  47.78 
 
 
106 aa  100  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  51.09 
 
 
102 aa  99.8  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1006  cytochrome c, class I  54.72 
 
 
112 aa  99  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  45.1 
 
 
348 aa  97.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2099  cytochrome c class I  52.63 
 
 
110 aa  95.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0692  cytochrome c, class I  57.32 
 
 
104 aa  94.7  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1386  cytochrome c551/c552-like protein  49.46 
 
 
118 aa  94.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660069  normal  0.798955 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0342  cytochrome c, class I  48.72 
 
 
108 aa  94.4  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.16869  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  48 
 
 
344 aa  94  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  51.65 
 
 
102 aa  94  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2122  cytochrome c class I  50 
 
 
131 aa  93.6  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0304  cytochrome c, class I  57.14 
 
 
101 aa  93.2  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.45467e-21  normal  0.0822288 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3321  cytochrome c, class I  59.74 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.344703  hitchhiker  0.0021347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  47.57 
 
 
105 aa  92.8  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2493  cytochrome c class I  52.63 
 
 
110 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291916  normal  0.0913133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  50.45 
 
 
106 aa  92.8  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  54.55 
 
 
101 aa  92.8  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  54.55 
 
 
101 aa  92.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  54.55 
 
 
101 aa  92.8  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  50 
 
 
115 aa  90.9  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  39.22 
 
 
249 aa  90.9  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  48.81 
 
 
101 aa  90.9  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2536  cytochrome c class I  48.84 
 
 
131 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  50 
 
 
218 aa  90.1  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1488  cytochrome c class I  57.69 
 
 
101 aa  90.5  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.02284 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  48.94 
 
 
101 aa  89  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  45.74 
 
 
104 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  45.36 
 
 
105 aa  88.6  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  42.31 
 
 
106 aa  88.6  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  57.14 
 
 
101 aa  87  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5011  cytochrome c, class I  51.32 
 
 
101 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259324  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0344  cytochrome c, class I  45.26 
 
 
102 aa  85.9  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0270928  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  52.11 
 
 
360 aa  85.5  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  47.42 
 
 
104 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1037  cytochrome c class I  47.13 
 
 
96 aa  84.7  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.692369 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  44.32 
 
 
984 aa  84.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06740  cytochrome c-551 precursor  51.43 
 
 
104 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3346  cytochrome c, class I  43.68 
 
 
100 aa  82  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.817826  normal  0.315535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3888  cytochrome c class I  40 
 
 
95 aa  80.5  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148772  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2222  cytochrome c class I  39.6 
 
 
108 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  45.87 
 
 
355 aa  78.2  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3038  cytochrome c, class I  38.16 
 
 
116 aa  77.8  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277662  normal  0.17422 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1163  cytochrome c class I  44.58 
 
 
197 aa  78.2  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000127727  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1852  cytochrome c, class I  35.35 
 
 
108 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2463  cytochrome c, class I  35.35 
 
 
108 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2468  cytochrome c class I  35.35 
 
 
108 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5897  cytochrome c class I  44 
 
 
93 aa  77  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106259  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5794  cytochrome c, class I  37.18 
 
 
108 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0987  cytochrome c class I  46.58 
 
 
112 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5907  cytochrome c, class I  35.85 
 
 
111 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0867069  normal  0.452961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1693  cytochrome c class I  44.44 
 
 
118 aa  75.1  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.504006 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  35.4 
 
 
1143 aa  74.7  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0826  cytochrome c subfamily protein  38.46 
 
 
107 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2512  cytochrome c, class I  37 
 
 
109 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  39.58 
 
 
918 aa  73.6  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0629  putative oxidoreductase cytochrome C552 precursor signal peptide protein  42.67 
 
 
104 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0675  cytochrome c family protein  37.18 
 
 
107 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.414538  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2336  cytochrome c family protein  37.18 
 
 
107 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.1845  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2950  cytochrome c family protein  37.18 
 
 
107 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.25349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1025  cytochrome c family protein  37.18 
 
 
107 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.502837  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1650  cytochrome c family protein  37.18 
 
 
107 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503452  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1179  cytochrome C552 precursor  37.18 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1018  cytochrome c family protein  37.18 
 
 
107 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0728  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
110 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0783308 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0831  cytochrome c class I  37.18 
 
 
145 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2380  cytochrome c class I  38.46 
 
 
109 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3635  putative cytochrome c, class I  43.24 
 
 
112 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3648  cytochrome c class I  41.1 
 
 
135 aa  71.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4930  cytochrome c family protein  45.61 
 
 
229 aa  70.5  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  42.86 
 
 
1151 aa  70.5  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3583  cytochrome c, class I  40.23 
 
 
153 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.309766 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0318  cytochrome c class I  42.68 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00066919  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2906  cytochrome c class I  40.23 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
800 aa  68.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>